進德會是以提倡培養個人高尚道德為宗旨的，這個組織的出現，反映了當時中國知識分子對上層社會道德墮落、生活腐朽的不滿，對北大部分知識分子個人道德的提高產生過較好的影響。但同時它也反映了中國知識分子的超政治思想和走“道德救國”之路的幻想，這顯然是不可能實現的。
蔡元培不僅注重提倡個人道德的自我修養，同時也注意對學生的紀律要求。當時學校章程規定：“各科得選品行敦篤學問優長之學生為優待生。”受免繳一年學費的優待。“班長或舍長在一學年內能恪守校規堪為同學之表率者，學年終酌給以獎品。”而“學生品行不修學業荒廢者，大學校長及各科學長得譴責之，或命其停學或退學。”如：“對於職員無禮者”，“屢次請假者”，“與同學交惡者”，“辱罵夫役人等不顧行檢者”，都要受學長譴責命其悛改。而上述之一情節較重或經譴責而不改者，以及“在校內或齋宿滋生事端破環秩序者”，“一學期內曠課至十小時以上者”，則要受記過處分。對“所習各科功課有敷衍塞責屢戒不悛者”，任課教員認為必要時可命其對所授功課暫時停學。而對有“不法行為校長認為與本校秩序或名譽有重大關係者”，“學年內記過三次者”，“每學期由開學起二十日以上未曾到校亦未請假或假滿至一月以上而不續假者”等，則令其退學。雖然這些規定並沒有完全認真實行，但蔡元培對那些嚴重違反校規，特別是損害學校名譽的學生，是堅持原則的。
蔡元培經常教育學生要珍視集體榮譽，反對因個人放蕩而損害集體。他認為群體之間有著休戚相關的關係，“世界之休戚，國家之休戚隨之。國家之休戚，學校之休戚隨之。學校之休戚，學生之休戚隨之”。1918年第一次世界大戰結束時，北京舉行慶祝提燈會，蔡元培對此十分重視，專門出布告要求學生全體參如，對少數不準備參加的則警告說：“一班之中有一二人焉，明知他班全體整齊愉快之狀況，而忍使本班不免有缺點焉；此其人即不屑以世界眼光，國家觀念等繩之，而第即其對於本校及本班之無情，亦必為同班諸生所不齒。故本校不複為按名稽核之舉，而僅記何班是否全到。苟有規避不到者，請本班同學自檢舉之，然後施以相當之懲戒。同班諸生，決不恕此無情之同學，而為之容隱，此本校職員所深信不疑者也。”在他看來，維護團體榮譽是每一個人應有的高尚情感，也是一個團體的向心力的重要保證，而這不但要通過個人的修養來培育，同時還要靠紀律來維係。
蔡元培還主張師生之間，同學之間，開誠布公，互相尊重，反對匿名揭帖，彼此攻訐。原先，北大學生生活自由漫散，互不相關，偶而發生問題就寫揭帖貼在牆上。這種揭帖往往無中生有，匿名攻擊。蔡元培很反對這種風氣，他曾說：“種種揭帖，教人看了難受。要是看的人信了他們的話，那對麵的人幾乎不能做人了。設身處地，又當如何？”他多次在日刊上布告，“禁止匿名揭帖”，要求“攻訐同學，以後一律除去”，對於教員，“諸生無論有任何意見，隨時均可與教員正式通信或麵談，絕無寫匿名信之必要。”蔡元培作風民主，學生可隨時向學校或他本人去函，提出自己的建議或要求；但對不具名的或籠統具某係某年級全體學生的，則一般不予受理。
由於蔡元培的提倡和引導，原先盛行的匿名揭帖逐漸銷聲匿跡了，代之的是師生和同學之間的開誠相見，互相切磋，形成了民主、融洽的氣氛。傅斯年在《我所景仰的蔡先生之風格》一文中，曾記述了當年蔡元培反對匿名揭帖的情景，他說蔡先生到北大的第一年中，有一個同學，長成一副小官僚的麵孔，又做些不滿人意的事，於是同學某某在西齋壁上貼了一張‘討伐’的告示。兩天之內，滿牆上出了無窮的匿名文件，把這個同學罵了個‘不亦樂乎’。其中也有我的一件，因為我也極討厭此人，而我的匿名揭帖之中，表麵上都是替此君抱不平，深的語意，卻是挖苦他。為同學們賞識，在其上濃圈密點，批評狼藉。這是一時學校中的大笑話。過了幾天，蔡先生在一大會中演說，最後說到此事，大意是說：“諸位在牆壁上攻擊某某君的事，是不合做人的道理的。諸君對某君有不満，可以規勸，這是同學的友誼。若以為不可規勸，盡可對學校當局說。這才是正當的辦法。至於匿名揭帖，受之者縱有過，也決不易改悔，而施之者則為損失品性之開端。凡作此事者，以後都要痛改前非，否則這種行動，必是品性沉淪之漸。……受了此番教訓，方才大徹大悟，從此做事，決不匿名，決不推自己的責任。大家聽蔡先生這一段話之後印象如何我不敢知，但北大的匿名‘壁報文學’從此減少，幾至絕了跡”。而對於學生的缺點，蔡元培總是以滿腔熱情循循善誘，誠意相待，從不嫌棄。傅斯年還回憶蔡到德國考察時，“有一次，一個同學給蔡先生一個電報，說是要從來比錫來看蔡先生，這個同學出名的性情荒謬，一麵痛罵，一麵要錢，我以為他此行必是來要錢，而蔡先生正是窮得不得了，所以與三四同學主張去電謝絕，以此意陳告先生。先生沉吟一下說《論語》上有幾句話，‘人潔己以進與其潔也，不保其往也，與其進也，不與其退也，唯何甚’。你說他無聊，但這樣拒人於千裏之外，他能改了他的無聊嗎？”這個例子很說明蔡元培的為人和與人為善的誠懇態度。