蔡元培主持北大進行革新之際,正是中國新民主主義的政治和文化的發端時期。這時,蔡元培的革命民主主義思想也有了進一步的發展。他支持日益興盛的新文化運動,提倡白話文,讚成文學革命,反對封建複古主義的舊思想,倡導以科學和民主為內容的新思潮,這在當時對北大,對整個文化思想界都發生了很大的影響。
蔡芫培曾是清季名翰林,舊學根底很好。他是光緒十八年壬辰科第二甲第三十四名進士,壬辰科主考官翁同龢曾稱讚他年少通經,文極古藻,雋材也。他青年時能為駢體文,喜用古字,文章古奧,“常人幾不能讀”。但他思想新穎,追求進步,反對專己守殘。他在清末辦學時,就開始提倡新思想,支持新派教員,並因此遭到舊派的攻擊和排擠。對中國固有的文化,他主張用科學的方法加以整理,按照現代生存的需要,來重新估定其價值。他認為“處今之世而無變古之俗,殆矣!”他在1902年曾編選《文變》一書,他在序文中說道:“先儒有言,‘文以載道’。道不變也;而見道之識,隨世界之進化而屢變;則載道之言,與夫載道之言之法,皆不得不隨之而變。”對於自唐以來纂錄、評選的古文典籍,他認為:“自今日觀之,其所謂體格,所謂義法,糾纏束縛,徒便摹擬,而不適於發揮新思想之用;其所載之道,亦不免有迂謬窒塞,貽讀者以麻木腦筋,風痹手足之效者焉。先入為主,流弊何已!”這裏,蔡元培不僅認為載道之識之法,應隨社會進步而變化,而且對所載之道,也有所否定,這在當時無疑是一個卓越的見識。
1915年9月,由陳獨秀編輯創刊的《青年雜誌》(第二卷起更名《新青年》),標誌著新文化運動的興起。它一開始就舉起了民主主義的大旗,向封建主義思想發動了猛烈的攻擊。其時,蔡元培正在法國從事著譯,直至1916年底回國止;從當時的情況判斷,他在這段時間還不可能在國外看到這本雜誌。從現有的材料說明,蔡元培最早接觸《新青年》,是在他回國以後。當時他對北大的改革是以文科為重點的,而他所以聘請陳獨秀負主持文科的重任,除了因友人的介紹外,還有一個重要的因素:“又翻閱了《新青年》,決意聘他。”因翻閱《新青年》而決定聘請,這說明了他對這個刊物的欣賞和支持。他還建議陳獨秀可以把《新青年》“帶到學校來辦”。1917年11月,《新青年》編輯部隨陳獨秀由上海遷至北京。直至1920年9月複返上海出啤止,《新青年》和北京大學完全結合起來了。自1918年1月起,經蔡元培引進的北大新派教授李大釗、胡適、錢玄同、劉半農、沈尹默、高一涵等,都參加到編輯部中來。魯迅也參加了這一工作。從這一年起,《新青年》也全部用白話文發表文章,並且宣布原來的“投稿章程,業已取消,所有撰譯,悉由編輯部同人公同擔任,不另購稿”。從此,北大文科中的新派教員,在五四時期就以《新青年》為主要陣地,向封建文化思想發起猛烈攻擊,積極傳播新文化新思想。而《新青年》雜誌也由於編輯力量的大大加強,又有蔡元培這樣在學術界有重大影響人物的支持和北京大學做為後盾,其聲譽和影響也大大加強了。《新青年》創刊時,每期隻印一千份,銷售量不大,而這時銷數大增,最高額達一萬五六千份。顯然,北京大學成為新文化運動的中心,是和蔡元培的提倡和培育分不開的。
蔡元培對《新青年》始終是關心和支持的。1917年1月出版的《新青年》第二巻第五號上,就曾以記者的名義,刊登了《蔡孑民先生在信教自由會之演說》、《蔡孑民先生之歐戰觀》等報道。他的《以美育代宗教說》、《洪水與猛獸》等重要文章,也都在這個刊物發表。五四前夕,《新青年》同人又創辦了《每周評論》。這個周刊在北大創立,同樣得到蔡元培的支持,和北大關係也十分密切。它主要刊登介紹和評論國內外形勢的、短小精悍的文章,它和《新青年》一起,在五四時期發揮了重大作用。蔡元培在他的晩年,仍然對五四時期的《新青年》懷念不已,仍然給予了高度的評價。1934年6月,他在《吾國文化運動之過去與將來》一文,認為《新青年》在五四時期以文學革命為出發點,以科學和民治(民主)為歸宿點,它所提倡的語體文、語體詩等,“都是以現代的人說現代的話,打破摹仿盲從的舊習”,具有“民族思想解放的特征”;認為《新青年》盛行,五四運動勃發,在當時“軒然起一大波,其波動至今未已。”1935年8月,他為亞東圖書館及求益書社的《新青年》重印本題詞:“《新青年》雜誌為五四運動時代之急先鋒,現傳本漸稀,得此重印本,使研討吾國人最近思想變遷者有所依據。甚可嘉也”。
初期新文化運動的中心口號是民主和科學。《新青年》創刊後,大力宣傳民主自由,反對專製,提倡科學,反對迷信。針對當時嚴重泛濫的尊孔複古逆流,新文化運動的鬥爭鋒芒,很快地指向了民主和科學的大敵——孔家店。雖然蔡元培批孔的立言沒有新文化運動的戰士們那麼激烈,但態度是鮮明的。早在民國元年他任教育總長時,在教育宗旨上,就取消了清季學部規定的忠君與尊孔;後又在臨時教育會議上提出“學校不應拜孔子案”。當時會議曾對這個提案進行了熱烈辯論,許多人認為如此激烈主張必引起社會風波,最後采取調和的辦法,即在學校規程中對此不作任何規定,使其自然消失。這個提案雖然沒有通過,而蔡元培卻因此受到舊勢力的指責。1916年他從歐洲回國後,在各地發表的講演中,又批判了複古派要以孔教為國教的謬論。12月11日,他在江蘇省教育會的演說詞中,“力斥提倡孔教之妄說”,在說到中國自古以來輕視農、工、商,“而士獨尊”的原因時,表示:“吾不得不犯眾怒,歸咎於人人尊崇的孔子。”12月26日,信教自由會在北京中央公園開會,討論國教問題,蔡元培應邀到會發表演說,他從科學的角度解釋了宗教的起源,掃除封建迷信和愚昧的觀念,他指出,孔子的學說是關於教育、政治和道德方麵的學說,孔子與宗派自劃界限,從不言鬼神事,曾自稱“未能事人,焉能事鬼?”“未知生,焉知死?”他特別指出:“宗教是宗教,孔子是孔子,國家是國家,各有範圍,不能並作一淡”。“孔教不成名詞,國教亦不成名詞,然則所謂‘以孔教為國教’者,實不可通之語”。駁斥了那些“今日尊孔之徒”。他痛感中國長期封建專製思想統治所造成的嚴重後果,他在1919年1月致黃郛信中就指出:“吾國承秦始皇、漢武帝以來之習慣,於相對世界持絕對主義,執一而排其他,凡政治之紛爭,社會百業之停滯,無不由此。鶩新與篤舊,學理與職業,幹渉與放任,在教育界斷斷然相持不決者,不知凡幾”。1919年3月,蔡元培在題為《科學之修養》的講演中,又進一步用發展的觀點,批判了複古派把古代典籍奉為萬古不變之教條的錯誤觀點,他說:“乃若古聖先賢之格言嘉訓,雖屬人造,要亦不外由時代經驕歸納所得之公律,不能不隨時代之變遷而異其內容。吾人今日所見為嘉言懿行者,在日後或成故紙;欲求其能常係人之信仰,實不可能。”這對於人們打破封建教條的束縛,解放思想,是一個很好的啟迪。