魯迅是稍後一點到北大任教的，而他與北大的關係卻早已十分密切。魯迅和蔡元培之間有著真摯的友誼。辛亥革命後不久，魯迅就應蔡元培的邀請到南京教育部供職。當時向蔡推薦魯迅的許壽裳，後來曾記述了這件事：“我被蔡先生邀至南京幫忙，草擬各種規章，目不暇給，乘間向蔡先生推薦魯迅，蔡說：‘我久慕其名，正擬馳函延請。現在就托先生——蔡先生對我，每直稱先生——代函敦勸，早日來京。’我即連寫兩封信給魯迅，說蔡先生殷勤延攬之意”。魯迅應邀到南京臨時政府教育部任職。隨後，蔡元培隨政府北遷而來到北京後，即電催魯迅北上。從這時起，魯迅即開始和北大一些教授，如錢玄同、朱希祖、馬敘倫、沈尹默、沈兼士等人有往來。1917年1月4日，蔡元培出任北大校長職務，1月7日，魯迅由紹興省親返抵北京，三天後他就往北大訪晤了察元培，此後他們之間時通音問，常相過從。蔡元培曾說，自魯迅供職教育部後，他們“始常常見麵”。此後二十餘年間，他們的友誼一直在延續和發展著，特別是在三十年代，他們共同為保障民權而戰鬥，更增進了他們之間的關係。
蔡元培對北大進行的改革，魯迅是關注的。1917年8月，魯迅應蔡元培的要求為北大設計了校徽圖樣。他巧妙地將北大二字組成一個圓形圖案，這個圖樣後被采用作校徽而為北大學生長期佩帶。1918年6月25日，《北大日刊》刊登了魯迅的《新出土呂超墓誌銘考證》的考古論文（署名周樹人，後以《南齊〈呂超墓誌〉跋》為題收入《集外集拾遺》）。這是魯迅在北大刊物上最早發表的一篇文章。從1918年起，魯迅和北大的一些新派教授，一道參加了《新青年》的編輯工作，並在《新青年》先後發表了白話小說《狂人日記》、《孔乙己》、《藥》、《風波》和《故鄉》等不朽名作。這些現實主義的傑作，顯示了文學革命的實績，為中國新文學的發展奠定了堅實的基礎。對於這一時期魯迅的文學創作活動，蔡元培曾譽之“為新文學開山”。而這時北大學生中出現的進步社團組織，也引起魯迅的注意，如文學團體新潮社及其出版的《新潮》雜誌，曾得到魯迅的讚許，並向友人作過推薦。在五四前夕發生的新舊思潮激戰時，魯迅堅定地和北大新派教授站在一起，他在這時寫的《敬告遺老》、《舊戲的威力》、《現在的屠殺者》、《人心很古》等幾篇雜文中，以匕首般的犀利，尖銳批判了林紓等的複古守舊派。1920年8月2日，北大正式聘請魯迅為文科講師，講授中國小說史。8月6日魯迅在日記中載：“晚馬幼漁來送聘書。”即指應聘北大事。馬幼漁即馬裕藻，時任北大中國文學係主任。魯迅受聘後，於這一年12月24日起，開始到北京大學兼職授課，直至1926年8月，前後達六年之久。北大成為魯迅任教時間最長的一所學校。魯迅在北大任教期間，積極支持進步學生運動，熱情關懷進步文學社團如新潮、淺草、沉鍾、春光等，大力獎掖文學後進，成為北大學生敬愛的一位導師。
魯迅在國文係講授《中國小說史》，是一門選修課。魯迅以他淵博的學識、鞭辟入裏的精湛分析和密切聯係實際的教授法，使這門課成為聽講的人最多、最受學生歡迎的一門課。當年一位聽講的學生曾這樣描述魯迅講課時的情景：“每次每次，當魯迅先生仰著冷靜蒼白的麵孔，走進北大的教室時，教室裏兩人一排的座位上，總是擠著四五個人，連門邊走道都站滿了校內的和校外的正式的和非正式的學生。教室裏主宰著極大的喧鬧，但當魯迅先生一進門，立刻安靜得隻剩下呼吸的聲音。”“他敘述著極平常的中國小說史實，用著極平常的語句，……然而教室裏卻突然爆發笑聲了。他的每句極平常的話幾乎都被迫停頓下來，中斷下來。每個聽眾的眼前赤裸裸地顯出了美與醜，善與惡，真實與虛偽，光明與黑暗，過去、現在和將來。大家在聽他的《中國小說史》的講述，卻仿佛聽到了全人類的靈魂的曆史，每一事態的甚至是人心的重重疊疊的外套都給他連根撕掉了。於是教室裏的人全笑了起來。笑聲裏混雜著歡樂與悲哀，愛戀與憎恨，羞慚與憤怒……於是大家的眼前浮露出來了一盞光耀的明燈，燈光下映出了一條寬闊無邊的大道。……大家抬起頭來，見到了魯迅先生蒼白的冷靜的麵孔上，浮動著慈祥親切的光輝，像是嚴冬的太陽。”
詩人馮至也回憶說：“魯迅每周一次的講課，與其他枯燥沉悶的課堂形成對照，這裏沸騰著青春的熱情和蓬勃的朝氣。這本是國文係的課程，而坐在課堂裏聽講的，不隻是國文係的學生，別係的學生，校外的青年也不少，甚至還有從外地特地來的。那門課名義上是《中國小說史》，實際講的是對曆史的觀察，對社會的批判，對文藝理論的探索。有人聽了一年課之後，第二年仍繼續去聽，一點也不覺得重複。”“我們聽他的課，和讀他的文章一樣，在引人入勝，娓娓動聽的語言中蘊蓄著精辟的見解，閃爍著智慧的光芒。”
魯迅在北大的教學和文學革命活動，使他成為青年學生最敬重的導師和諍友。當有人問起他是否對上課有興趣時，他曾說：“那配教什麼哩，不過很喜歡年輕人，他們也還沒有討厭自己，所以一點鍾也是還樂於去做的。”他非常愛護青年，為了“造出大群的新戰士”，在青年身上傾注了他的心血，確是做到了“肩住了黑暗的閘門，放他們到寬闊光明的地方去；此後幸福的度日，合理的做人”。魯迅的寓所經常接待一批又一批登門求教的學生，他們之間雖然年齡相差很大，而魯迅總是像朋友一樣親切接待、交談；夜深了，他親自端著煤油燈送出門外，而偏僻的小巷早已沒有人聲人影了。這種“和藹若朋友然”的接觸和交談，和他的講課一樣，給學生的教益和印象都十分深刻。這正如他的一位學生說的：“我走過許多紳士、老爺、教授、名流和學者的書齋，在此地我才看見知識和人凝結在一起的典型。”和魯迅一夕交談得到的勉勵和啟示，“已把我從小地主的狹籠中解放了出來，我嚐到自由的美味了”。
當1925年12月北大校慶二十七周年的時候，魯迅出席了紀念會，並應學生會征文請求，寫了《我觀北大》一文，發表在《北大學生會周刊》上。他公開回答了當時一些幫閑文人、無聊政客散布魯迅利用北大搞派別活動的流言蜚語，說：“我向來也不專以北大教員自居，因為另外還與幾個學校有關係。然而不知怎的，一也許是含有神妙的用意的罷，今年忽而頗有些人指我為北大派。我雖然不知道北大可真有特別的派，但也就以此自居了。北大派麼？就是北大派！怎麼樣呢？”又說：“我覺得北大也並不壞。如果真有所謂派，那麼，被派進這派裏去，也還是也就算了。理由在下麵：……第一，北大是常為新的，改進的運動的先鋒，要使中國向著好的，往上的道路走。雖然很中了許多喑箭，背了許多謠言，教授和學生也都逐年地有些改換了，而那向上的精神還是始終一貫，不見得弛懈，自然，偶爾也免不了有些很想勒轉馬頭的，可是這也無傷大體，‘萬眾一心’，原不過是書本子上的冠冕話。第二，北大是常與黑暗勢力抗戰的，即使隻有自己。”這是魯迅對蔡元培長校時期北大的正確評價，它也反映了魯迅和北大的密切關係。
北大新派教授除了這些《新青年》的編者們外，蔡元培在文理科教員中，都引進了一些思想新進、讚同革新的人物，如顧孟餘、朱希祖、馬裕藻、陳大齊、周作人、吳虞、沈兼士、沈士遠、高一涵、周鯁生、陳啟修、馬寅初、陶孟和、徐寶璜、李四光、顏任光、朱家驊、李書華等。著名物理學家，相對論學者夏元琛繼續留任理科學長。這使北大教師隊伍發生了很大的變化，也使整個學校氣象一新。