研究所國學門正式成立於1922年1月。國學門的研究對象，包括中國的文學、史學、哲學、語言學、考古學等方麵。國學門內設編輯室（分輯、編、譯三部分）、考古研究室、歌謠研究會，風俗調查會、明清史料整理會，方言調查會等機構，並在圖書館內開設供研究用的特別閱覽室。設研究所國學門委員會，委員長由蔡元培兼任，委員有顧孟餘、沈兼士、胡適、馬裕藻、錢玄同、李大釗、朱希祖、周作人等。沈兼士任國學門主任。受聘為國學門導師的有：王國維、陳垣、鋼和泰、伊鳳閣、陳寅恪、柯劭態等；蘿叔蘊受聘為考古學通信導師。
改組後的研究所（實際隻有國學門）比原來的較為正規化，但基本上仍反映了資產階級高等教育的自由主義特色。研究題目、研究方向和範圍完全由教授自由選定；有的研究課題，由教授隨時提出，在日刊上公布，有興趣的學生可自由報名，經導師同意即可入所研究。原來評議會通過的研究所組織大綱規定研究生以本校畢業生及未畢業生之有特別研究成績者為限，在國學門委員會討論時，沈兼士提出不應限於大學一校之畢業生，蔡元培也認為：實在程度相當者，亦不能拒絕，應有規則限製。可照本校未畢業生辦法，限於曾作研究，已有成績者。後同意胡適的，提議，研究生對象包括“校外學者”。這樣，北大研究所成為麵向校內外的研究機構。我們從下述國學門研究規則中，可以看到當時研究生的培養製度：
1.凡本校畢業生有專門研究之誌願及能力者，未畢業之學生及校外學者曾作特別研究已有成績者，皆可隨時到本學門登錄室報名，填寫研究項目，有著作者並送交著作，一並由本學門委員會審查；其審查結果合格者，得領研究證到所研究。
2.凡本校畢業生及校外學者不能到校而有研究之誌願者，得通信研究；其報名及審査手續均照上條辦理。
3.研究生須將關於研究之經過及其成績隨時報告，以便在本學門所辦之雜誌發表，或刊入叢書。
4.研究生遇必要時，可要求本學門主任與有關係之各學係教授會代請本校教員及國內外專門學者指導研究。
5.本校教員可以自由進所研究。
6.本校教員可以提出問題，召集研究生入所指導，或共同研究。
7.本學門隨時聘請國內外學者為專門講演；其公開與否，臨時定之。
這時研究所的各項製度也比過去完善。為鼓勵研究工作的進行，建立了獎學金製度，研究所設獎學金若幹名，獎學金的授與，由研究所委員會根據本年度研究生的成績，以占委員四分之三以上的表決通過，擬定應得獎學金的研究生名單，並附著作，函請所長決定。獎學金不分學科，但為特別提倡某種學科起見，可由研究所委員會指定一部分金額，為某種學科的獎學金。此外還為貧苦學生設立了六個助學金名額。研究生研究論文的評定分甚優、優良、合格三等，不合格者不給證書。
研究所國學門成立後就開始招收研究生，如鄭天挺、容庚、馮淑蘭（女）、羅庸、商承祚、張煦、魏建功等，都是這一時期的研究生。研究的課題，由導師隨時提出，在日刊上公布，有興趣的學生可自由報名，經導師同意入所研究。這一時期導師提出的研究題目，諸如伊鳳閣的“西夏國文學與西夏國文化”，陳寅恪的“長慶唐蕃會盟碑藏文之研究”、“鳩摩羅什之研究”、“中國古代天文星曆諸問題之研究”以及搜集滿洲文學史材料等。林玉堂曾在1924年下學期開設《中國比較發音學》研究班，招收二十人，每周研究二小時，目的為考定中國重要方言中所有的音聲。同時，他還在國學門主辦《標音原則》班，講解用國際音標注國語及方言的方法，具普及的性質。
除了指導研究生從事研究外，這一時期研究所國學門主要進行了如下幾方麵的工作：
出版定期刊物。開始時出版《歌謠周刊》，後改為《研究所國學門周刊》，不久改為月刊。蔡元培很重視創辦學術刊物的工作，以為研究者提供發表論著的園地。他曾提議以研究所四學門為基本，每一學門出一種雜誌，經國學門委員會議決，由研究所四學門分任編輯，每年每學門共分配負責三期；外國文學、自然科學和社會科學三門未成立以前，由各相關學係分組擔任。《國學門季刊》由胡適任主任編輯。這個刊物發表了一些關於中國的文學、史學、哲學、語言學以及考古學等方麵的研究成果，取得一定的成績。
整理、摘采明清檔案史料。明末及清代內閣一部分檔案，原堆積在午門城樓無人整理。1922年夏，經學校交涉撥歸北大整理。蔡元培很重視這項工作，經他提議，由國學門和史學係組織明清史料整理會負責。這批檔案是以題本和報銷冊為大宗，其間有不少珍貴史料；經過分朝代、摘由、內容整理等步驟，為專門學者提供分類研究材料。該會出版了《要件陳列室目錄》，整理的“明季關於關東邊事及流寇之題稿”千餘件摘錄也在《北大日刊》上陸續公布，整理的還有《明季兵科題行稿摘要彙編》、《清九朝京省報銷冊目錄》等，但未刊行。
進行考古調查和纂著考古方麵書籍。研究所國學門成立時曾設立考古研究室及陳列室，後又組織古跡古物調查會。1923年5月24日，北大考古學會成立，馬衡為會長，先後進行過多次考古調查和發掘工作，如河南新鄭孟津兩縣出土的周代銅器，北京官山明代古跡，洛陽北邙山出土文物，甘肅敦煌古跡調查等。纂著考古方麵的書籍，已印行的有《封泥存真》，成稿待印的有《甲骨刻辭》、《古明器圖錄》、《金石書目》、《綴遺齋彝器款識考釋》、《藝風堂所藏金石文字增訂目》、《大同雲岡石刻》、《興化寺壁畫考》、《甘肅調査古物古跡之各種攝影》等。1922年3月和9月，國學門委員會還抗議已遜位的清室企圖出賣《四庫全書》和古物，並發表公開消息，阻止盜賣活動。國學門還多次向國內呼籲和宣傳保護古物，對保護祖國文化遺產起過一定作用。