歌謠的征集和刊印。蔡元培十分重視民間文學的采集、整理和研究工作，早在1918年2月1日，他就以自己名義在北大日刊上刊登《校長啟事》，征集全國歌謠，啟事說：“本校現擬征集全國近世歌謠，除將簡章登載日刊，敬請諸君幫同搜集材料外，所有內地各處報館、學會及雜誌社等，亦祈各就所知，將其名目、地址函交文科劉複君，以便郵寄簡章，請其登載。”同時還刊登了征集簡章，征集的歌謠包括：一、有關一地方、一社會，或一時代之人情、風俗、政教沿革者；二、寓意深遠，有類格言者；三、征夫、野老、遊女、怨婦之辭，不涉淫褻，而自然成趣者；四、童遙、讖語，似解非解，而有天然之神韻者。它特別強調記錄要忠實存真的原則，“歌詞文俗一仍其真，不可加以潤飾，俗語亦不可改為官話。”“有其音無其字者當在其原處地位畫一空格，而以羅馬字或音標注其音，並詳注字義以便考證”；“歌謠通行於某社會、時代當注明之”；“歌謠中有關曆史地理或地方風物之辭句當注明其所以”“歌謠之有音樂者當附注樂譜”。簡章說明歌謠征集由“沈尹默”主任一切並編輯“選粹”，劉複擔任來稿之初次審訂並編輯“彙編”，錢玄同、沈兼士考訂“方言”。同年北大成立了歌謠征集處。1920年10月10日，歌謠研究會成立，1922年研究所成立後歸並入國學門。於是，作為民間文學的歌謠，正式成為北大研究所的一個重要研究項目，這是蔡元培的一項富有創見的開拓性工作，對新文化運動是一個有力的推動。當時應征的人很踴躍。先是在北大日刊上每日刊載一首歌謠，1922年12月17日創辦了《歌謠周刊》，作為北大日刊的附張，其中有采集，也有研究討論；到1926年收集了一萬三千九百多首歌謠，經整理、研究彙集成書的有：題為《吳歌集》、《北京歌謠》、《河北歌謠》、《山歌一千首》、《南陽歌謠》、《昆明歌謠》等歌謠叢書八種；題為《看見她》、《北京歇後語》等歌謠小叢書四種，以及《孟薑女故事歌曲甲集》、《孟薑女故事研究集》等故事叢書兩種。顧頡剛等人參加了歌謠的編輯工作。這件具有開風氣意義的工作，推動了采集、整理和研究民謠、民歌和民間故事的工作，這對於保存和發揚民間文學，確立民間文學應有的地位，都起了重要的作用。
方言調查。因整理歌謠引起方言研究的必要，1924_年1月26日方言調查會成立，林玉堂為主席。曾經試用方音字母草案音標調查過十五種方音，並準備進行廣泛的方音調查，以編製“中國方音地圖”。此外還在《歌謠周刊》出過一期方言研究專號。1925年劉複主持國文係與國學門合設的語音樂律實驗室，對語音樂律進行過一些科學實驗工作，並用實驗語音學方法對漢語四聲進行了一些科學研究，曾發表過《四聲實驗錄》。
風俗調查。1923年5月24日成立了風俗調查會，調查各地的風俗習慣，如征集過各地關於舊曆新年的風俗物品，並曾計劃籌辦風俗陳列館。
舉辦月講。規定每月5日為專門學術講演會，定名為研究所國學門月講，以劉複為月講幹事。
此外，國學門還纂輯了一些學術研究參考的工具書，已印行的有《慧琳一切經音義引用書目錄》，已成稿的有《藝文類聚引用書籍目錄》、《太平禦覽引用書籍增訂目錄》、《太平禦覽引用書細目》、《太平廣記引用書籍增訂目錄》、《希麟續一切經音義引用書細目》等。同時還編輯了一些引用書目、分類書目、學術年表以及諸子所用哲學名詞索引等。
應當說，“國學”是一個涵義不明確、十分籠統的概念，它研究的對象幾乎涉及文、史、哲、語言、考古等各方麵。但國學門的研究工作當時取得了一定的成績，為舊中國的學術界培養了一批研究國學的人材。1926年10月，蔡元培在《十五年來我國大學教育之進步》一文中，回顧了國學門所取得的成績，他說：“五年以來，其中編輯室、考古學研究室，明清史料整理會、風俗調查會、歌謠研究室、方言調查會等，已著有不少的成績。所著錄研究生三十二人，也已有十二人貢獻心得的著作。”研究生中，如商承祚的《殷墟甲骨文字彙編》、容庚的《金文編》、羅庸的《尹文子校釋》、張煦的《公孫龍子注》等著作，都是他們研究的成果。導師陳垣編著的《中西國曆對照二十四史朔閏表》也在這時出版，為研究二十四史提供了重要工具書。當然，這些學術研究活動，由於受到當時條件的限製，還不夠廣泛和深入，研究的成果主要是整理和收集資料方麵，而且也不夠係統和完整。
當時北大除研究所外，還設有國史編纂處，是一個屬於研究和編纂性質的機構。還在袁世凱當政時，聘湖南名士王閽運主持成立了一個國史館。王死後，機構徒有虛名。蔡元培長校後，援各國大學的成例，經北京政府準許，將國史館改隸北京大學，改稱國史編輯處，蔡元培兼任處長。移交時，除一塊木牌、幾包卷宗外，有關國史材料一篇也沒有。蔡元培親自籌劃，擬訂編纂略例，將該處分征輯及編纂兩股，聘請葉瀚、屠寄、張相文、劉師培等史學係教授分任各股負責人。當時還擬訂了頗具規模的編纂計劃，分通史、民國史兩部。通史部分為政治史長編（包括年表、大事記及誌三類）、文明史即專史（分為經濟、風俗、宗教、科學、哲學、文學、美術等類），同時還要編一部包括人名、地名、職官、器物、方言等類的詞典。民國史則編纂前五年的長編。蔡元培主張編史從長編入手，然後由專門史學家編為通史。編纂工作從二十四史等原始史料做起，每月提出工作報告，由蔡元培親加校閱，取得一些成績。屠寄的專著《蒙兀兒史》也是在這時完成的。但到1919年五四運動發生，蔡元培離京出走，徐樹錚乘機向國務院提出取消北大國史編纂處，收回直屬國務院，仍稱國史館，致使這項工作被迫中斷。