1917年1月4日，蔡元培開始到校執行校長職務。
蔡元培是一位具有革新精神、又有民主作風的人，他的到來，給暮氣很深的北大帶來了新的氣息。他到校的那一天，校役們也排隊在門口恭恭敬敬地向他行禮表示歡迎，他即脫下禮帽，規規矩矩地向他們鞠躬還禮。北大校長當時是所謂由大總統任命的簡任官，過去是從不理睬校役的；蔡元培的這個行動使歡迎的師生和校役們感到驚訝和新鮮。此後，他每天出入校門，校警向他行禮，他都脫帽鞠躬。蔡元培和學生之間的關係也十分密切、融洽。從前學生有事和校長接洽，須寫呈文，校長批示之後，張貼在告示牌上。蔡元培厭惡這種衙門作風，他到校後立即出布告此後學生對校長應用公函，不得再用呈文。學生對學校有改進建議時，他就把提案送登校刊，擇其可行者付諸實行。他和學生之間還常有文字交往，研討學術，為學生的著述和發行的刊物題簽寫序。一位學生為其祖母八十大壽請他題字，他也欣然命筆，寫了“美意延年”四個大字。
蔡元培是當時國內學術界的領袖人物。他在清末就已有《哲學要領》、《中國倫理學史》、《倫理學原理》等譯著刊行於世。他的學問和道德修養，為學術界所推重，也深受青年知識分子的景仰。他在就任北京大學校長的演說中，講述了“抱定宗旨”、“砥礪德行”和“敬愛師友”三項要求，闡明大學的性質：“大學者，研究高深學問者也。”指出“大學生當以研究學術為天職，不當以大學為升官發財之階禪。”他特別強調大學生要有正大的宗旨，“宗旨既定，自趨正軌。諸君肄業於此，或三年，或四年，時間不為不多，苟能愛惜分明，孜孜求學，則其造詣，容有底止。若徒誌在做官發財，宗旨既乖，趨向自異。平時則放蕩冶遊，考試則熟讀講義，不問學問之有無，維爭分數之多寡；試驗既終，書籍束之高閣，毫不過問，敷衍三四年，潦草塞責，文憑到手，即可借此活動於社會，豈非與求學初衷大相背馳乎？”所以他把“抱定宗旨，為求學而來”，放在首要的位置。正是在這種宗旨下，他開始了對學校的管理體製、科係設置、課程建設、教師隊伍以及學生課外活動等方麵，進行了全麵改革。
蔡元培出任校長的這一年，北大進行了一次紀念校慶二十周年的活動。由於北大是誕生於外侮日深，民族危機達到極點的清朝末年，它的成長幾經波折，幾度停辦，因此校慶紀念日，是采取揉合京師大學堂成立的1898年和1902年複校的12月17日而定的。據記載，這是北大曆史上第一次校慶紀念。蔡元培在這次校慶紀念會上曾發表演說，介紹了德國大學的情形，提出：“本校二十年之曆史，僅及柏林大學五分之一，來比錫大學二十五分之一，苟能急起直追，何嚐不可與為平行之發展。”他惋惜當時國家百事停滯不進，未能有此好現象，但又說：“本校當二十年前創設時，僅有仕學、師範兩館，專為應用起見。其後屢屢改革，始有八科之製，即經學、政法、文學、格致、造科、農科、工科、商科是也。民國元年，始並經科於文科，與德國新大學不設神學科相類。本年改組，又於文、理兩科特別注意，亦與德國大學哲學科相類。所望內容以漸充實，能與彼國之柏林大學相頡頏耳。”對北大的進步寄予了厚望。
二十周年校慶時，製作了一首紀念歌，歌詞是：
棫樸樂英材，試語同儕：追想遜清時創立此堂齋，景山麗日開，舊家主第門桯改，春明起講台，春風盡異材。
滄海動風雷，弦誦無妨礙。到如今費多少，桃李栽培；喜此時幸遇先生蔡。從頭細揣算，匆匆歲月，已是廿年來。“喜此時幸遇先生察”，反映了師生對蔡元培的歡迎和希望。北大的曆史確是從此進入了一個新階段。
§§第三章 銳意改革 整頓學校