蔡元培首先按照教授治校和歐美各國資產階級民主製的原則，對學校的領導體製進行了改革。
蔡元培是近代中國學習西方教育的資產階級先進代表。他曾多次到歐美各國留學、考察，著重考察和研究西方資產階級國家的政治製度和文化教育製度。他接受西方資產階級的哲學思想影響，在政治製度上，他讚成議會製和內閣製，反對專製獨裁；在學校體製上，他反對校長權力的過分集中，主張民主辦學，成為國內提倡教授治校最早的一個人。1912年由蔡元培主持起草頒行的《大學令》中，就規定了大學要建立評議會、教授會的組織，並對它的權限作了相應的規定。
作為北大前身的京師大學堂，實行的是與封建文化專製相適應的學監製，學校設有總監督，各科有監督，他們多是封建官僚。一切校務均秉承總監督辦理，使學校如同衙門。這種專製流毒影響很深。1915年11月，北大曾根據《大學令》建立了評議會，處理學校行政事宜；但評議會原定的權限沒有得到很好實施，學校權力仍然集中在少數幾個人手裏，許多重大校務的進行，都隻由校長、學監主任和庶務主任幾個人辦理，甚至連各科學長也未能參與，形成了校長等少數人大權獨攬的局麵。這如蔡元培說：“我初到北京大學，就知道以前的辦法是，一切校務都由校長與學監主任、庶務主任少數人總理，並學長也沒有與聞的。我以為不妥，所以第一步組織評議會，給多數教授的代表議決立法方麵的事；恢複學長權限，給他們分任行政方麵的事。但校長與學長仍是少數，所以第二步組織各門教授會，由各教授與所公舉的教授會主任分任教務。將來更要組織行政會議，把教務以外的事務，均取會議製。並要按事務性質，組織各種委員會來研討各種事務。”這是他改革領導體製的出發點和設想，並逐步在北大得到實現。
1917年，蔡元培在北京大學主持設立了評議會，作為全校的最高立法機構和權力機構。評議會由評議員若幹人組成。校長和各科學長為當然評議員，教授代表，這時按文、理、法、工各科的本科和預科分別推舉兩人。1919年後改為每五名教授得選評議員一人，一年改選一次；可以開會選舉，也可以在選票上寫好被選人姓名，寄給評議會，然後由評議會定期當眾開票。校長為評議會的當然議長，負責評議會的召集和主持評議會的改選事宜。評議會製定和審核學校的各種章程、條令，凡大學立法均須經評議會通過；決定學科的廢立；審核教師的學銜和學生的成績；提出學校的預決算費用，擁有很大的權力。
1917年設立的第一屆評議會由下列人員組成：校長蔡元培，文科學長陳獨秀，理科學長夏元瑮，法科學長王建祖，工科學長溫宗禹；教授代表：文本科胡適、章士釗，文預科沈尹默、周思敬，理本科秦汾、俞同奎，理預科張大椿、胡濬濟，法本科陶履恭、黃振聲，法預科朱錫齡、韓述祖，工本科孫瑞林、陳世璋。校長為評議會議長。
評議會設立時，曾有同學提出要有學生代表參加，蔡元培認為教職員對校務是負專責的，是時時接洽的。“若參入不接洽又不負責任的學生，必不免紛擾。沒有同意。故評議會主要由教授組成，實際上是一個教授會，因而它也是教授治校的重要體現。評議會作為全校最高審議機關，較好地體現了教授治校的精神，凡大學立法均須評議會討論通過以容納眾人意見”，具有民主討論的風氣。李書華教授後來回憶這一時期評議會工作情景時曾說：“我曾被選作過評議員，目睹開會時對於各種議案的爭辯，有時極為激烈。”
由於蔡元培革命民主主義立場的影響，也由於他大量引進的新派人物在評議會中占有相當數量，因此這一時期北大評議會在政治上曾起過較好的進步作用。它曾多次發表過反對北洋軍閥政府的宣言，在一定時候和一定程度上支持過學生的愛國運動，並曾幾次宣布和北京政府教育部脫離關係。這些當時在校內和社會上都產生了積極的影響。
1917年12月，經學校評議會議決通過了各學科教授會組織法，隨後由蔡元培主持分別按學門成立教授會。當時教員分教授、講師、助教三種，除助教外均為教授會會員。教授會主任由會員誰舉，任期二年。1918年全校共成立了國文、哲學、英文、法文、德文、法律、經濟、政治、數學、化學、物理共十一個學門教授會。經過各學門教授選舉，國文門教授會主任為沈尹默，數學門教授會主任為秦汾，化學門教授會主任為俞同奎，政治門教授會主任為陶履恭，經濟（包括商業）門教授會主任為馬寅初，德文門教授會主任為顧孟餘，英文門教授會主任為胡適，物理門教授會主任為何育傑，法律門教授會主任為周家彥，哲學門教授會主任為陶履恭，法文門教授會主任為賀之才。稍後，還成立了地質門教授會，主任為何傑；中國史學門教授會，主任為康心孕。