作為一次有組織、有計劃的大規模屯墾，“綏西屯墾”的組織管理製度對屯墾成功與否至關重要。本節主要從“綏西屯墾”的人員管理、經費管理、分班競賽製、合作組織四個方麵進行探討。
一、人員管理
各部隊長官及指導員督飭隊員的事項包括：勿誤灌溉空地，每連隊灌地麵積以達70頃以上為標準；勿誤壓青秋耕，自耕地畝至少須達15頃以上、20頃左右，愈多愈好，並督飭花戶竭力耕犁；收割青草在立秋至處暑間，須收打青草三萬斤以上，留備冬日飼養牲畜，以便繁殖役用；嚴飭官兵按時自行收割夏秋田，必要時可準酌雇人工協助，並須注意收割清潔而免拋棄遺失；在生長優良的夏秋田中選擇若幹畝另行收割堆積處理，以作來年種子；籌備農產比賽，挑選生長優異的園蔬及夏秋禾，收集、保存、留備參加農產比賽之用；擴大各墾地中心工作區；注意收集儲積人畜糞尿及製造堆肥，以備施用。
二、經費管理
（一）綏區屯墾督辦辦事處會計暫行辦法
辦事處會計由總務處經理科承辦；會計經營辦事處出納款項事宜，所用賬簿遵照太原綏靖公署的規定，分為三種，即現金出納簿、分錄簿、現金出納日報簿；會計記賬法除遵照太原綏靖公署頒發登記法外，以國帑銀元為本位，用五舍六入法至厘為止，他種貨幣均按時價折合計算；辦事處向太原綏靖公署領到經費、旅雜費、臨時費及各種款項時應即登記現金出納簿，並按類分別登入分錄簿；辦事處經收各種款項須查照數目核收，收據分別登簿；辦事處與銀行往來須用經理科名義，取款時須由科長在支票內簽名、蓋章；款項支出應由坐辦批準，辦事處所規定的支款及支款證由科長核閱後方得支付，分別登簿，若無單據，一概免支；收支款項每月總計一次送請會坐辦核閱備查；員役薪餉的開餉單應先送由主管長官核閱後，依一定程序辦理；收支款項應每月分類結算一次，造具各月計算書表，若有臨時收支款項應隨時結算造具臨時計算書表；支出計算書表造就後，由科長送請會坐辦核閱、蓋章，並即備文呈送。
（二）綏區屯墾督辦辦事處支援借支薪俸限製辦法
辦事處各職員如無婚喪疾病等事，一概不得支借薪俸；辦事處各職員必須借支薪俸時，須將事由及借支數目依照員役支款單送該主管處長查實，轉呈會坐辦批準後方得支借；職員支借薪俸數目每月不得超過月薪五分之一，但經會坐辦特別準許者不在此限；各職員借支薪俸每月以兩次為限；辦事處如無存餘款項時得免借支。
（三）軍官屯墾隊領發維持費暫行辦法
該辦法遵照《失業軍官墾殖優待辦法》第十一條之規定辦理。軍官屯墾各隊須依照下列各款規定請領維持費：第一年每人維持費100元，分四季領發；第二年每人維持費60元，分春夏秋三季領發；第三年每人維持費40元，分春夏二季領發；各隊第一年第一季維持費自1932年6月起核計領發，以後按年季遞推；各隊應領維持費經辦事處核計確數，呈向太原綏靖公署後分發；各隊軍官應領維持費由各隊長按年季核計數目具名請領，由處派員會同點發；各隊請領維持費必須備具加蓋騎縫領單及請領軍官維持費花名清冊，於每季初送處彙呈辦事處；點發委員會接到各隊收據冊及付領時，應依冊一一點發、監視簽章，各軍官印章必須與原報印章冊核付，隨即填注點發日期、署名、蓋章連同付領彙呈本處；點發委員倘發覺軍官中有印章不符或冒領情況時，應即免發，並將情形分別填注收據冊備考欄內；各隊軍官倘遇有病故、假革及逃亡的情況，各隊長應會同該管分隊長、組長將已領維持費詳悉列表具報；各種冊式由辦事處訂印分發。
三、分班競賽製的倡辦
為更好地進行屯墾與管理指揮士兵，辦事處決定一切屯墾計劃俱以連隊為單位，如劃分墾地、購買牛馬農具等均以連隊為單位，農事經營亦以連隊為合作耕種單位。參加屯墾的官兵雖服從命令，但缺乏工作的自主性，為激發士兵積極自動地投入到屯墾工作中，辦事處創立了分班競賽製，以示鼓勵。辦事處決定選擇人地適宜的4個連隊進行試驗，即在五原的屯墾第一隊、409團6連以及在臨河的屯墾第六隊、410團4連。