據史料記載，在康熙後期水手的結幫活動中，還出現了“庵堂”的組織形成，即幫會水手集資在江南一些碼頭購置土地，修建供奉羅祖等神位的庵堂，既作為傳教授徒的場所，也作為停運時無家水手的棲身之所，另外，還附設水手墓地。傳教守庵者多為年老水手，平時“皆賴耕種餘地以資糊口”，並向徒眾收取香火、夥食錢，“籍沾微利”。居住庵堂內的水手每日須交四分夥食銀，如暫時無錢，也可以後補交。這種庵堂以杭州最多，雍正時曾達二十餘所。另外，蘇州等地也有許多所。李衛任浙江巡撫時，對杭州的水手庵堂加以查禁。但到以後，又再度出現。乾隆三十三年，清政府又一次對杭州、蘇州等地的水手庵堂予以折毀，對庵堂主持者及成員分別處刑。經過這次沉重的打擊，水手庵堂一時似乎消聲匿跡，不過，水手的各種幫會活動卻並未停止。如乾隆五十年，浙江處州頭幫至九幫的一千多名水手就因工錢問題與清兵發生了衝突，出現了“各船水手聞知，一呼百應”的現象，幫會在其中發揮的組織作用，是不言而喻的。嘉慶五年的一份上諭也說：船幫水手勾結地方無賴，“勒加身工錢兩”，甚至聚眾打船鬧事。道光以後，官僚們指出：水手“結黨傳徒，動輒糾眾滋事，近年以來雖屢經懲辦，而獷悍之風總未盡息”。鹹豐時，沈葆楨進一步指出：船幫中“獷悍遊食之徒萌□其間，所謂青皮黨、安清道友者，引類呼群，持眾把持，成固結不可解之勢”。沈氏所說的安清道友及青皮黨即是水手幫會。可見道光及其以後，水手結幫活動已成普遍現象，其勢力已根深蒂固於船幫之中。值得注意的是，乾隆時遭到查禁的庵堂，到道光時又在茶館酒店外衣的掩護下再度興起。如道光中一份上諭就指出：浙江船幫水手以開茶、酒鋪為名，設置“老堂”、“經堂”，號令徒眾，“客留丁舵匪徒”，並積存贓物。道光十六年，蘇州地方官查封的一家“得勝軒”茶館，實際上就是一處水手幫會的堂口，對內稱“合智堂”，成員主要是興武幫水手。道光以後，水手幫會在運河碼頭或自開店鋪、或控製飲食店家，形成了其特有的組織聯絡形式，遺風一直延續到民國時期。
清代水手結幫活動之所以能長期存在，並在清中葉後迅速發展，細究其原因，主要有以下幾方麵：
其一，互濟共助。貧困、孤單的水手視結幫為解危救難的唯一途徑，即一人有難，眾人相助。清前期的水手庵堂就是這種願望的一種產物，水手們參加教門，並從自己微薄的收入中拿出錢集資購地修庵，正是為了給自己在停運時和老弱病殘時保有一條生路，所謂“創設各庵，俾生者可以托足，死者有地掩埋”。這一點也是水手們結幫的最原始、最基本的動機。
其二，增強與官府的抗爭能力。水手們為了提高工錢，並對付貪官汙吏的勒索行為，有必要組成團體力量，以壯大自身的戰鬥力。據記載，船幫水手經常集體展開“勒加工錢”的鬥爭，打船傷兵的現象也不少見，官府雖不時派兵彈壓，但隻能收一時之效。運官、運丁不得不在水手的壓力下，經常額外付給一些工錢。清中葉以後，水手這方麵的活動就更為普遍，“不但旗丁受其箝製，即該管之丞□運弁，亦以人役無多，莫敢過問”。這無疑極大地鼓舞了水手們，刺激、推動了他們的結幫活動。
其三，尋求精神安慰。對於生活在社會底層的、大多數又是單身的水手來說，結幫形成的團體組織給他們創造了某種家庭氣氛，帶來了一種安全感，並減弱了他們的孤獨感。至於以宣揚輪回報應、神祖保佑為主要內容的粗淺宗教，雖然也給他們苦難的心靈帶來了一些寄托，但水手們更注重的則是教門內的師徒、兄弟關係。查封羅教的官員便指出：羅教經卷大都抄自一些佛經，皆“鄙俚辭語”，“皈教之人有吃素念經者，亦有不吃素不念經者”，甚至許多守庵主持者也“並不識字，不能念誦”。可見宗教在幫會內的實際意義不大。
其四，流氓勢力的發展和對幫會的控製。水手在結幫活動中因受自身流氓無產者習氣的影響，使得幫會內逞強鬥狠之風盛行，幫會首領以他們那個階層認同的殘忍手段對成員加以控製，逐漸建立嚴厲的等級服從關係，實施野蠻的幫規教律，這又反過來擴大了幫會在船幫中的勢力和影響。雍正時，清政府就發現船幫中存在幫會成員“一切任其教主指使，捆縛燒灸，截耳割筋，毫無忌憚”的現象。同一份資料還記載了這樣一個實例：江淮衛七幫嚴姓水手因本船幫會頭目孟氏苛扣工錢，逐與孟氏發生衝突。以後幫會首領、嘉興幫水手劉把式便指派徒弟毆打嚴氏，並割去其左耳。嚴氏受到懲罰後，不敢報官，隻得逃匿。由此可見，水手幫會內流氓作風橫行，幫會頭子可以肆意處罰普通成員。水手一旦加入幫會，就很難擺脫其控製，他們寧可得罪官府，也不敢冒犯幫規教律。這實際上反映出，到清中葉以後，水手幫會的共濟互助意義雖仍存在，但已逐漸淡化，以幫會頭子為代表的流氓勢力則完全控製了幫會。普通水手懼怕其勢眾，為保護自己，也紛紛參加幫會。由於船幫及水手來自各地，於是也形成了以地域為背景的眾多幫會勢力。
清代漕運水手幫會內流氓勢力的膨脹，不僅造成了水手“均由習教之老管師父招雇上船，各分黨羽，恃眾逞強”的現象，水手不參加幫會，就難以在船幫中立足；而且出現了水手幫會與運河沿岸流氓勢力勾結的局麵，從而對廣大運河沿線地區造成了極大的危害，所謂“朋比為奸，水手視遊匪為爪牙，遊匪恃水手為包庇”，沿途地痞無賴犯案後，“皆以糧船為逋逃淵藪”。