曆史上從事漕運的專用船隻數量都很大，而建造和維修這些漕船，同樣是古代社會的一項沉重負擔。如北宋僅汴河上常年就有6000餘艘漕船，長江、黃河及其他幾條運河上也有幾千艘漕船。明代全國漕船總數達一萬數千艘。清代初年，漕船總數為1萬多艘，清中葉時減至六七千艘。為了建造並及時更換這些漕船，曆代封建政府動用了大量的人力物力，常年修造漕船。如北宋至道年間，歲造漕船3337艘，後雖有所減少，但仍有二千數百隻之多。另如明代常年造船達一千數百艘。清代修造漕船的費用則是“年糜國帑數十百萬”。難怪蘇轍尖銳地指出：“山林之木盡於舟楫。”
其次，為了駕船挽舟和管理漕務，封建政府組織了龐大的運輸隊伍，建立了一定規模的管理組織。早在西漢時，就有數萬之眾的專業漕卒；北宋全國漕卒、漕夫的人數則超過10萬；明代專業運軍的人數始終保持在12萬人左右；清代運丁、募夫的人數，常年也達到了七八萬人以上。大量的人力資源被長期消耗於漕運之中。唐代以前，封建中央和地方機構中就有不少理漕的官吏。此後，更逐漸形成了專職的漕務機關和官吏。如北宋各漕運線上都設有發運司、輦運司及其官吏，同時還有人數更多的押運官；明清時期，建立了漕運總督以下龐大的漕務衙門，漕務官吏的人數又遠過於以往。維持漕運組織，豢養漕務官吏，成為封建王朝財政的一項重要負擔。
第三，在古代航道狀況和航運手段落後的情況下，漕運存在著嚴重而巨額的損耗現象。如在唐代及其以前的關鍵航道――黃河上，這個問題就很突出。黃河水情變化頗大，對行船有相當大的威脅，特別是三門峽險阻，更是通航的鬼門關。但統治者為了東西向漕運，不惜付出巨大代價維持這一漕路。因此，黃河上船毀人亡的現象屢見不鮮。早在秦漢時，就有漕船在三門峽“敗亡甚多”的記載。唐代漕船毀於三門峽一帶的更多，以至於河道中竟出現了穀堆、米山。唐憲宗時，甚至“覆船敗?，至者不得十之四五”。其他河道也存在著船物損耗的現象。如唐代汴渠等運河中沉積有大量的漕米，災荒之時，饑民紛紛到河中打撈，黴爛的漕糧竟成為他們度荒的寶貴食品，故有“聖米”之稱。明清時期，運河在徐州附近有呂梁、百步諸洪，漕船經此有“過洪”之險，敗舟亡人也不少見。漕船渡淮及穿行鄱陽湖等處，又有“過淮”、“湖溜”諸險，等等。故明代官僚說：“漕之苦，苦在漂流。”如隆慶五年，黃河潰溢運河，北上的漕船有800餘艘漂毀，運軍溺死近千人，損失漕糧約40萬石。清代漕督毓奇也針對本朝情況說：“軍船冒險進行，恒有漂沒之虞。”
第四，在保管不善和積壓普遍存在的情況下，漕運中的損耗乃至浪費現象進一步加重。由於漕運糧物數額巨大，古代漕運長期采用散裝，在漫長的運輸過程中，貨物不免經常受到河浪、雨水的侵襲，發生黴爛。尤其是在明中葉以前，漕運盛行分段轉運，漕糧等貨物在途中要多次轉換、裝卸，落後的裝卸手段更增加了運物的損耗。唐代江南“漕米亡耗於路頗多”。明人也指出，散裝之米不僅易受潮腐爛，而且幾經裝卸，“剝淺之費廣”矣。
與此同時，封建王朝為了保證國庫、太倉的充實，總是在漕運中貫徹廣運多儲的原則，造成了普遍而嚴重的積壓、浪費。如西漢時廣漕關東之糧，而“太倉之粟陳陳相因，充溢露積於外，至腐敗不可食”。其後，太倉充溢、粟腐的現象不僅不會遭到譴責，反而被當政者視為國富的象征。如宋人歌頌聖政的詩賦雲：“千箱所運，億廩所露。入既夥而委積，食不給而紅腐。如坻如京，如岡如阜。”這種所謂的“國富”景象，難道不是建立在巨大積壓、浪費的基礎之上嗎？現代對隋含嘉倉的考古發掘，發現了大量的炭化穀物，也證明了這一點，明清時期，封建政府考慮到倉儲損耗的問題，便規定在征收漕糧正額之外，加收耗糧。如明南京各衛糧倉“初以地濕氵邑爛，每石議一尖一平收，約餘八升”，後加耗不斷提高。清代規定“凡漕糧皆隨以耗費，耗皆以米”，一石加耗至數鬥，“以供京、通各倉並漕運折耗之用”。加耗乃至浮收又成為擾民的一大漕弊。明人徐貞明說：“今者早運而久積之，儲蓄信有賴矣，然運早而收之不及熟，有氵邑損之患。久積而發之，恒過其期，有紅腐之憂”，就道出了漕運不可避免地存在著浪費的危害。
曆代漕運中還普遍存在著漕官、運夫以及倉官、閘吏等官役的侵漕現象。他們或貪汙，或偷盜，或勒索，也在一定程度上加重了漕運的負擔。有關這方麵的記載，可說貫穿於整個漕運史中，如唐代有“漕吏狡蠹，敗溺百端”的記載；北宋有官卒勾結侵盜，漕糧虧損“歲不減二十萬斛”的記錄；清人曾痛心地說道“試起而問，今之有轄於漕者，自上及下有不取‘常例’（即陋規）於運軍乎？運軍之常例有絲毫不出於斯民之膏血者乎？”
正是在以上諸種自然、人為因素的影響下，漕運出現了驚人、罕見的高消耗和高代價的後果。早在秦漢時，已有“率十餘鍾致一石”、用數十錢而獲一錢的說法。唐朝時，“民間傳言用鬥錢運鬥米，其糜耗如此”。熙寧八年，北宋政府核算當年漕運運費為：運米一百萬石，“費約三十七萬緡”，這還不包括修治運河、維持漕官運卒等各方麵的開支。明代時，有“粟之入也，石費五倍”的記載。清代道光初年，魏源對蘇鬆道轄區的漕運成本作過粗略的統計：這一地區每年漕運糧食約150萬石，而例給旗丁運費銀36.99萬兩，米41.1893萬石（折銀93.6759萬兩）。這僅是朝廷支出的費用，至於蘇、鬆地方上“津貼幫船者，殆不啻再倍過之”。道、鹹之後，漕弊愈深，費用也愈巨。據馮桂芬估計，運米一石，耗銀21兩。漕運代價之高，令人難以置信。在如此高的消耗下，漕運確實成為古代社會肌體上的一大毒瘤。難怪康有為驚呼：“中國政府之失固多，而未有若漕運之甚者矣！”
三
在中國古代，封建政府為了保證漕運的正常進行，采取了一係列旨在“保運”的水利措施。這些措施的實行，使得運河流經廣大地區的水利完全服從於漕運的需要，從而嚴重地影響了這些地區廣大人民的生產和生活。
一方麵，為了使運河擁有足夠通航的水量，曆代王朝都采取了廣收水源、以濟運河的措施。這就掠奪了農田灌溉所需的寶貴水源，嚴重地幹擾了農業生產。如唐宋時期，汴渠的基本水源是黃河，但由於旱季黃河水量銳減，不足以滿足運河通航需要，所以，封建政府又在運河沿線開挖了眾多河渠，將周圍河、塘諸水引入運河，並嚴禁旱季民間引水灌田。春夏缺水時節，唐政府便派遣專官監臨汴河，“察盜灌溉者”。北宋除繼續保持汴河沿線引渠設施外，又在汴河上遊修建了房家、黃家及孟家三座巨大陂塘，加上其餘36處陂塘，廣蓄諸水，以接濟汴渠。這些措施的實行，不僅侵占了大片農田，而且極大地影響了農田灌溉。同一時期，對江南丹陽的練湖也嚴加控製，禁止農民引用湖水，對私自引水灌田者，即處以死刑。宣和時，淮南及兩浙等地連年大旱，宋政府為了增加運河水位，不顧農田也急需用水的緊迫現實，竟多次下令征調民夫“車水濟運”，這無疑大大地加劇了當時的旱情。
明清時期，南北運河的水源幾乎全靠人工提供，運漕也就在更大程度上影響了農業用水。明王朝曾公開規定：“舟楫、砑豈碾不得與灌田爭利，灌田者不得與轉漕爭利”，在水利服務的對象上，首先考慮和保證的即是漕運。特別是在山東境內，汶水、泗水及大小湖泉之水皆歸屬運河，官府對這些水源控製極嚴，甚至在諸泉設專官監管，農田用水受到極大的限製。即使河南境內的衛河，也因屬於山東運河的上源而官府有“引水灌田之禁”。對於江南的水利，明王朝同樣規定“江南水利當以漕河為先”。在清代，官府繼續采取嚴控運河沿線諸水的措施。如山東微山湖“為運河水櫃，最關緊要”，稍遇旱情，官府便以此廣收河泉之水，專以濟運。另如河南衛河水量減少時，也實行“三日濟運，一日灌田”之法。嚴重缺水時，則禁止引水灌田，將官渠、閘所蓄之水全部放入衛河，並“暫行封閉”民間渠閘。清人沈葆楨曾說，每當旱季來臨時，官府便關閉運河泄水涵洞“以養船”。在運河水位下降時，又“奪他處泉源”以往運河，甚至“民田自有之水利且輸之於河”。