（3）熱點問題的存在。俄羅斯車臣問題、阿富汗反政府武裝問題和中國新疆的民族分裂活動都很難在短期內得到有效解決。這些熱點問題的長期存在將給中亞以及周邊國家和地區造成一種動蕩的環境，也給個別大國插手這一地區事務提供了可乘之機，從而使問題的解決更加複雜化。
（二）政治與安全領域的製約因素
政治與安全合作是上海合作組織生存和發展的基礎，無論從未來國際政治發展趨勢看，還是從地區安全形勢的發展趨勢看，上海合作組織成員國必須聯合起來方能應付未來巨大的壓力與挑戰，這正是該組織的生命力之所在。但上海合作組織的政治與安全合作也麵臨巨大問題。上海合作組織麵臨的最重大的挑戰是，美軍進駐中亞國家及其對中亞地緣政治、地區安全形勢和周邊大國關係所產生的深遠影響。
“9·11”事件前，中亞雖然已經存在各種各樣的地區安全合作機製，包括獨聯體安全條約、中亞地區安全合作組織、北約和平夥伴計劃等等，但是上海合作組織的影響和吸引力越來越大，上海合作組織在中亞的安全合作和反恐鬥爭中發揮著無可爭議的主導作用。特別是1998年將打擊恐怖主義和極端宗教主義作為其主要任務以來，中亞國家十分願意加強上海合作組織範圍內的軍事合作和情報交流。“9·11”事件之後，美國軍事力量大舉進入中亞，美國在這一地區的影響將比以往任何時候都得到加強，其在中亞地區的影響力更加鞏固，使美國在中亞反恐戰爭中成為主角。盡管近期內美國與上海合作組織成員國在反恐領域仍處於合作態勢，但美國作用的驟然凸顯和上升導致上海合作組織主導作用的下降已是顯而易見的事實。
當前，由於美國在中亞政治、軍事、經濟影響的增長，美國對中亞國家外交的影響也隨之增長。盡管中亞國家表明的繼續保持多方位和平衡外交政策的立場是可信的，但中亞各國外交在“9·11”事件之後均明顯向美國偏移也是事實。更為重要的是，在美國擁有了更多更有力的對中亞國家施加影響的手段之後，它可以在更大程度上把自己的意圖強加於中亞國家。在美國認為有必要在某一問題上向中亞國家施加壓力的情況下，中亞國家對上海合作組織的立場和態度可能會受到影響，換一句話說，通過中亞國家，美國有可能間接地對上海合作組織進行某種程度的製約。另外，由於上海合作組織各國與美國的關係處於不同方位和不同層次，該組織成員國在看待美國在中亞軍事存在和美國在中亞地區作用問題的角度不會完全相同。這一狀況導致出現了上海合作組織內部需要協調的新問題，處理不好會對上海合作組織產生嚴重的消極影響。
更為重要的是，由於美國準備在中亞實施打擊恐怖主義的長期行動，因此，美國實際上具有把在中亞的非正式反恐怖主義聯盟轉變為由美國公開或暗中主導的非正式地區安全機製的可能。以反恐和維持地區穩定為目標的安全機製從理論上說應是受到歡迎的，中亞不同的安全機製在反恐問題上可能並不矛盾，各方也可以進行合作。但是，中亞的安全機製之間在政治上是隔膜和分離的，在反恐的功能上有些是疊床架屋。因此，中亞多個安全機製的同時並存有可能不是功能互補和使安全合作的效果放大，而是相互抵消和相互掣肘，這對上海合作組織來說也將是有挑戰性的。
總之，隨著美國軍事、政治、外交、經濟、文化等的全麵滲透，對中亞各國社會發展的深層影響也將加強，從而可能控製整個中亞地區對外安全戰略走向。又由於中亞的獨特地緣政治環境，美國除了可以牽製中國和俄羅斯外，還將對中亞和南亞乃至西亞的地緣態勢和國際格局產生重要影響。毋庸置疑，美國駐軍中亞將使上海合作組織麵臨更加複雜的地緣政治變化。
（三）經濟領域的製約因素
1.上海合作組織成員國經濟發展困難
從經濟發展程度看，上海合作組織各成員國多數是發展中國家；從經濟體製看又都是轉型國家，即從計劃向市場過渡並完善市場體製的國家。六國中除中國經濟經過二十多年改革開放而穩步前進外，俄國與其他中亞四國的經濟都存在著種種困難，而中亞四國麵對的問題尤其眾多而複雜。
中亞四國經濟基礎薄弱，產業結構單一，均未形成獨立的國民經濟體係；從資金、技術、原料到商品供應和產品市場都具有很大的對外依賴性；而且這一地區基本屬於內陸國，缺乏通暢的出海口，從而限製了對外貿易與交流的發展。由於蘇聯解體造成的傳統經濟斷裂以及經濟改革失誤等原因，中亞四國經濟遭到嚴重破壞，1998年亞洲金融危機再度使中亞五國經濟受到衝擊。近年來雖有所回升，但除烏茲別克斯坦國內生產總值接近蘇聯解體前的水平外，其餘國家遠未達到獨立前水平。
2.上海合作組織的經濟合作滯後問題頗顯突出
由於上海合作組織成員國目前麵臨著經濟全球化的壓力與挑戰，各國內部經濟又存在許多困難，因而六國經濟合作的過程必將曲折而漫長。主要原因在於：一是各國經濟體係都處在改造、轉型的關鍵階段，急需吸引投資和技術更新等各國都麵臨的共性問題，難以通過上海合作組織內部協調解決和消化；二是各國國內市場均不夠成熟，尤其在中亞國家，銀行信譽、海關服務、政府管理、法規保障等係統尚不完善，加之社會穩定係數較低，不理想的軟環境使投資者望而卻步，高風險和高成本妨礙了大型合作項目的產生；三是中亞各國均為內陸國家，解決交通問題是擴大經貿合作的重要前提，而中國鄰近中亞的恰是陸路交通網最不發達的廣袤西部，相對滯後的市場容納能力和流通能力均較乏弱，因而難以負擔起大規模國際經貿合作主角或中介的職能。雖然成員國間的經貿活動早已展開，但到目前為止，經貿合作仍處於較低層次和水平，各成員國貿易中扮演重要角色的仍是邊境貿易，因此表現出經濟關係明顯滯後於政治關係的狀況。經濟合作與交流還沒有成為上海合作組織的重要內容。雖然大家都意識到，上海合作組織成員國之間的經濟互補性強，經濟需求量大，但現實卻不盡如人意。與上海合作組織在政治和安全上的合作狀況相比，這個組織各成員之間的經濟合作水平仍然比較低，這在一定程度上影響了多邊關係的進一步發展和深化。
美國是世界上唯一的超級大國，經濟發達、科技先進，對中國、俄羅斯和中亞四國吸引外資發展經濟具有強大的吸引力，六國都需要美國的資金技術來發展自身的經濟，這種情況很大程度上製約了上海合作組織的未來發展。隨著美國軍隊進入該地區，美國、歐洲、日本公司也同步進入，美國和西方其他國家對該地區的經濟投入必然會大大加強。相形之下，上海合作組織的經貿合作則進展甚微。顯然，這一狀況如不能迅速改變，將使上海合作組織出現“空心化”狀態，危及其發展的基礎。
3.經濟全球化的不利影響
經濟全球化是現代信息技術革命發展的必然趨勢，它一方麵通過國際資金、技術、生產要素的最佳配置促進世界經濟的發展；另一方麵，也擴大了世界貧富差距，侵蝕國家主權，造成經濟、社會的動蕩，使廣大發展中國家處於被動地位和麵臨被邊緣化的危險。經濟全球化的第一個趨勢要求資源的最佳配置，使經濟落後的上海合作組織成員國在吸引外資上處於弱勢，並且六國間也會相互爭奪外援與外資。這無疑會製約成員國間的經濟合作。經濟全球化帶來的另一個問題是貧富差距的拉大，使發展中國家經濟邊緣化。這主要表現為富裕國家與貧困國家的收入差距拉大，發達國家內的兩極分化嚴重以及發展中國家內部的貧富分化加劇，這也使得上海合作組織成員國在經濟競爭中處於更不利的地位。
（四）文化領域的製約因素
上海合作組織成員國文化傳統迥異。中亞地區自古以來就是世界各大文明交會的十字路口，是人類各大宗教文化碰撞與融合的核心。俄羅斯是東正教國家，而中亞四國是穆斯林國家，彼此相互關係親疏、遠近也有差異。至今，該地區仍然扮演著傳承和過渡具有突出差異的民族文化、宗教意識和政治傳統的角色。東西方文明的對立、世界三大宗教觀念的衝突、不同民族的文化差異以新的形式集中反映在這一地區。上海合作組織成員國之間的文化紐帶和文化合作受到衝擊。雖然經過蘇聯七十多年的世俗教育，伊斯蘭極端思潮在中亞五國並無多大市場，但親美親西方的思潮卻頗有市場，這與中東伊斯蘭地區的情況正好相反。隨著美國在中亞的勢力不斷加強，西方文化對這一地區的影響也會進一步加強，因而對中國—俄羅斯—中亞之間原已存在的以“絲綢之路”為橋梁的文化紐帶和上海合作組織成員國之間的文化合作必然形成巨大衝擊。
四、我國的應對之策
上海合作組織作為首個由我國參加創建、並在一定程度上由我國主導的區域性機構，對維護和增進國家的戰略利益、擴大安全和發展空間都具有十分重大的價值，對我國進一步融入國際社會，按國際規則辦事，對我國在新形勢下豐富多邊合作的經驗也將有不小的幫助。上海合作組織的產生離不開我國的努力，上海合作組織的今後發展仍然離不開我國大力推動。麵對新世紀的上海合作組織，隨著上海合作組織發展過程中問題的凸顯，無論是從國家利益還是從國際責任考慮，無論是在觀念層麵，還是在實踐領域，我國都應該有所作為。
（一）觀念層麵
首先是國際角色的重新定位。眾所周知，中國外交沒有多邊主義的傳統。在相當長的時間裏，國際製度一度是發達國家強加給其他發展中國家的，是不合理、不公正的。作為社會主義國家，中國的基本態度是：不僅不承認其合法性，不與其發生密切聯係，而且要“革”這些製度的“命”。這樣一種“革命者”的角色定位使得中國長期遊離於外部世界，當然鮮有多邊外交的傾向。然而，改革開放後，中國內部的發展卻自覺或不自覺地與外部世界聯係越來越緊密，中國政治的穩定、社會問題的解決也越來越有賴於外部世界健康穩定的發展。中國的進出口總額已由1997年的3252億美元增加到2006年的突破1.5萬億美元，由世界排名第10位上升到第2位。在這種情況下，中國的國際角色定位也必然發生變化，即在很大程度上從體係的“造反”者，變為體係的參與者。現實的經濟利益推動我國改變對世界的看法，推動我國全方位地融入國際社會。而對國際體係參與的深入，又進一步加大了中國對現存體係的認同。1997年後，中國明確提出了其新的國際角色定位：負責任的大國。其基本含義就是，改革開放的中國願意參與維護國際和地區的穩定、願意遵守和維護普遍公認的國際法和國際規則。
其次是明確西北地區在國家安全和發展戰略中的地位。西北地區是中國在中亞和相鄰區域展開外交活動的基礎。解決這個問題需要依據國家發展的主要方向、安全威脅的主要來源和西北地區的地緣環境。對中國來說，國家安全最大的威脅依然是破壞國家領土完整的企圖和外部勢力對統一進程可能的幹涉。從這個意義上看，在可預見的將來，“三北”方向在中國的總體發展和安全戰略中將處於“後方”的地位。因此，一方麵，應該從經營好戰略後方的高度認識上海合作組織的工作。隻有戰略後方得到穩固，戰略主攻方向才會沒有後顧之憂。另一方麵，還應該認識到，在保證國家安全、爭取更大活動空間方麵，今後相當長的時間內，中國都不會有足以平均分配政治、軍事、外交和經濟資源的可能。正是根據這些考慮，與其他多邊外交活動相比，中國在上海合作組織內的活動雖有程度的不同，基本原則卻無差異，指導思想是既要能夠為我所用，能夠最大限度地滿足我國的國家利益，又要均衡地考慮所有成員國的利益，承認該地區客觀現實。
（二）外交層麵
冷戰結束以來，我國一直把“韜光養晦、有所作為”當做自己外交的基本政策。這個政策的核心是在新秩序形成的過程中，防止形成自己與外部世界、與主要國際體係對立的局麵，放棄不切實際、難為廣大國際社會成員認同的主張。雖然現存國際體係安排和國際規則運行未能充分考慮發展中國家的利益和要求，但我們外交的任務是在參與中尋求改革，在維持中逐步修正。對中國來說，沒有參與的“韜光養晦”不過是另一種形式的“自我孤立”，而不以合作為核心的“有所作為”則更為危險和不負責任。我們必須借助上海合作組織這個平台，尋求多邊外交領域的突破，這就要求我們：
1.外交工作策略的正確定位
雖然上海合作組織是唯一由中國主導的多邊組織，但依然應該在這個組織的工作中堅持“韜光養晦”的原則。在中亞方麵，中國外交總體上應該保持低調，應該避免事事出頭、避免過早將自己置於中亞事務的核心地位，應在打擊極端勢力的政治目標之外，盡量淡化上海合作組織其他的政治目的和色彩，所開展的工作和這個組織的發展應該符合國家總體實力。我們應該意識到，在諸種因素製約下，上海合作組織在今後相當長的時間內都很難成為中亞地區安全、經濟合作的核心機構，甚至難以變成一個緊密型的組織。事實上，其他成員國也並不都希望該機製迅速變成一個具有強製約束力的結構。因此，中國既要做足文章，防止被擠出局，又要防止過多投入，幹擾主要方向；既要使其他成員國消除對中國利用上海合作組織爭奪地區主導權的擔心，又要不給其他勢力誣稱上海合作組織是對抗集團的口實。中國在中亞具有地緣上的優勢，大國和各種勢力在此爭奪的複雜性也使得難以形成對中國的圍堵之格局，因此，許多工作不宜操之過急，應有滴水穿石的精神。