按《吉礁福建公會章程》規定，福建公會的宗旨是：“（甲）聯係感情，增進同鄉智識道德。（乙）發揮互助精神辦理有益同鄉事務。（丙）管理本會物業及塚山事項。（丁）集資置業以利進行。（戊）參加組織馬來西亞福建社團聯合會。（己）供給助學金，獎學金及恤孤憐寡福利事項。”吉礁福建公會設會員大會、執行委員會、常務委員會及信理員委員會（他們均屬義務職位）。其中，會員大會（簡稱大會）為最高權力機構，它由全體會員組成。其職權主要是：（1）審查公會全年收支賬目及會務報告；（2）決議有關公會會務發展的各種報告；（3）選舉執行委員；（4）製定和修改公會章程；（5）選舉公會產業受托員。執行委員會（簡稱執委會）由大會投票選舉23名執行委員、4名候補委員而組成，職權主要有：（1）執行大會作出的決議案；（2）策劃公會運轉事宜，提交常委會執行；（3）互選委員；（4）籌措公會經費；（5）審核公會每月賬目清單，並發布公告，每月清單而查賬、總務、財政簽章認可。常務委員會（簡稱常委會）先由執委會投票選舉15名委員組成，然後由常務委員互相選舉正副主席各1人、正副總務各1人、正副財政各1人、查賬1人、正副福利主任各1人、衛生主任正副各1人、康樂主任正副各1人。常委會的主要職責：（1）履行執委會作出的決議案；（2）處理公會日常事務；（3）審核公會經費的收入和支出；（4）聘請秘書及規定員工薪金；（5）負責員工、雜役的任免；（6）審查吸納新會員；（7）管理公會的產業和塚山事項；（8）調解同鄉間糾紛。公會章程對各常委委員的職責也作了詳細劃分。章程還規定，凡公會會員有選舉及被選舉權利；公會各委員任期兩年，可連選連任；公會禁止“損傷他人之名譽及犯法行為與政治活動”，又“嚴禁聚財”。
第二次世界大戰後至20世紀80年代初，吉礁福建公會曆屆大會主席、副主席及任期如下：
從其章程規定可以看出，吉礁福建公會屬於比較嚴密的地緣性的華人社團組織；它主要維護馬來西亞吉礁地區福建籍華人華僑的利益，這一特點在吉礁福建公會早期的曆史發展中體現尤其明顯。作為公會的前身，福壽宮的主要作用在於“供奉神像（福德正神）籍春秋祭祀”，“以聯絡鄉誼”，並為閩籍鄉親中貧病老弱者謀福利。民國初年，福壽宮改名福建會館，會館的宗旨重在“興學育才，維護傳統文化”。這種變化表明吉礁福建公會自身在不斷作出調整，以順應馬來西亞華人社會曆史發展的潮流。
§§第八章