桓玄先前在派出援軍的同時，就把家私什麼的東西都打包好了，悄悄地讓領軍將軍殷仲文準備了小船放於石頭城的渡口。這個渡口叫石頭津，石頭津連著的水道就是長江，隻要一有確切的消息，他就可以從石頭津乘船入長江，然後逆流直入荊州。（《資治通鑒。一一三卷》）
桓玄是打著整軍再戰劉裕的借口帶著幾千人出城的，要是讓城裏的世家大族知道他這位大楚皇帝不戰而逃，說不定他還沒有那麼容易出城了，因為自覆舟山一戰後，桓玄手上可用的兵力已經不多了。
桓玄帶著他五歲的兒子桓升與侄子桓浚出宮城南掖門，再過建康西門直奔石頭城那裏的渡口，遇到前來追隨的相國參軍胡藩，他騎在馬上就問道，“陛下，現在您手下還有八百神箭手，都是荊州人士，世代受桓氏一門大恩，陛下還可以和劉裕一決死戰啊。一旦舍棄了建康城，天下之大，哪裏還有安身之所啊？”（《資治通鑒。一一三卷》）
桓玄隻是望著天空歎氣，不予回答，不知他是不是又看到了什麼星象，心裏煩亂了？其實桓玄是這樣打算的，荊州是他桓氏一門苦心經營的根基所在，自祖父那一輩起，桓氏就是荊州的大族，桓氏在他的父親桓溫手上發揚光大，再到他的叔父桓衝，至他已是四代執掌荊州了，隻要他退回荊州，未必不能重頭再來，想當年，他隻是荊州刺史殷仲堪手下的一個太守，還不是幹翻了老大殷仲堪，就是憑借桓氏在荊州的人脈和威望。
隻是桓玄不知道，現在的情況與當年不同了，現在天下人都知道桓玄敗在了劉裕的手裏。當年桓溫與桓衝都沒有叛亂（桓溫想，卻沒幹成），可是他桓玄現在是篡了晉朝的皇帝之位，如果桓玄一直順利地把這個皇帝當下去，相信跟著他的人會有很多，但是現在他敗了，還有幾人願意跟隨他一個敗軍之將呢？
長江上飄浮著許多的船隻，船上的軍兵也不少，幾十條大船上浩浩蕩蕩地裝著好幾千人，本來應該氣勢如虹，軍威震天，可是在落日的餘輝之下，夕陽灑滿船頭，怎麼看都隻能感覺到一絲淒涼，船上的人情緒很是惶恐，就像是被趕走的喪家之犬一樣。
桓玄望著遠處漸行漸遠的建康城，心裏長歎了一口氣，不知何日還能再回建康？這時，手下人端著一碗煮好的粗麥飯遞給他，現在的條件不好，桓玄也不好怪罪手下人，隻是他從小長在豪門，哪裏吃過這等東西，再加上兩個孩子都沒有吃，他哪裏咽得下去，桓玄的兒子桓升今年已經五六歲了，到了懂事的年紀，就摸著父親的胸口給他順氣，桓玄看著懂事的兒子悲從心中來，號啕大哭。
收編了覆舟山的北府軍之後，劉裕稍事歇息一下，重新整編，他的軍隊不論是數量還是質量，馬上就上升了好幾個台階。一切準備就緒之後，劉裕率兵進入建康城。在進城的路上，劉裕就看到了原先一起舉義的王仲德和他的侄子王方回，在路邊等候，這可是一起進行起義的好兄弟，一個多月前兩人還見過麵，現在再次相逢卻有一點劫後餘後的感覺啊。互相勸慰一番後，劉裕馬上表示要追贈王元德為給事中，任命王仲德為中軍參軍，這也算是酬功，即便這兩人沒有立下功勞，劉裕也要做給手下的人看，我是一個賞罰分明的人。
劉裕控製了建康城之後，除了守住城內各個要點之外，還派原來的彭城內史主薄劉鍾屯兵東府城，劉裕自己就駐紮在石頭城，一東一西，同建康城成犄角之勢，互相守護，一方出事，另外兩方也可以及時反應過來，雖然現在大局已定，可是劉裕還是覺得小心謹慎一點為好，畢竟桓玄還沒有徹底的被剿滅，說不定就會有餘黨作亂。
劉裕駐在石頭城後，在這裏建立晉朝臨時政府，義軍…不，現在應該稱晉軍先是搗毀了桓玄所立的楚國宗廟，其實也就是桓溫的神主牌位，燒於宣陽門外（不知道桓溫在天之靈，會不會怪罪他的兒子使自己死了也不得安生），然後又重新製作了晉朝曆代先帝的靈位放入太廟，嗯，廟還是這個廟，隻是要祭拜的對象不同罷了。
先前劉裕所做是為了正名，證明自己是擁護晉朝的，不是和桓玄一樣的反叛份子，桓玄這樣的然後就有幾件重要之事要辦，第一件就是追殺桓氏，桓玄一黨雖然敗亡，但現在逃到了他們的老家荊州，還是要派人去追殺他們，以免被他們再次坐大，這個任務就交給了劉毅，何無忌，劉道規等人，主要由劉毅負責全部，按照現在的話說，劉毅就是剿匪總司令。
再就是誅殺桓氏留在建康城中來不及逃走的族人，但凡發現，一個不留，話說這個事情比較奇怪，好像劉裕和桓玄有著深仇大恨一樣，劉裕對桓玄從來都是趕盡殺絕，而桓玄隻要對上劉裕，就是錯漏百出，大出昏招，完全不像是以前對陣各大軍閥和皇室時那麼算無遺策。也許劉裕在他麵前曾經太過卑屈求全，此時正在雪恥！