接著，劉裕就派臧熹封了建康城內的府庫，尤其是裝著軍械，糧草，錢財的重地都派重兵看守，再就是宮城中桓玄收集的曆代名人名畫與與古籍善本，還有那些珠寶玉器，服飾珍玩（桓玄搜刮了這麼久，都便宜給後來人了），其中金銀首飾與古典樂器最多。劉裕看到搜刮了這麼多的財寶，他就問了一下封庫的臧熹，“這裏這麼多好樂器，要不要拿一兩件回家？”（畢竟誰都知道史上封庫與抄家是肥得冒油的差事，隻要假公濟私手底下漏一下，大把大把的錢財進帳），
這個臧熹可不是平常人，他是劉裕的妻子臧愛親的弟弟，也就是劉裕的小舅子，平時最好絲竹之聲，但他知道自己的老板（注：姐夫劉裕）最恨貪汙，就說道，“將軍解天下百姓於水火，我雖然沒有將軍這麼大的本事，但這時也沒有心思去想這附庸風雅之事。”劉裕就哈哈大笑：“隻是開個小玩笑，不用放在心上。”（《資治通鑒。一一三卷》）
第三件，這晉朝雖然在劉裕的起兵之下暫時恢複了國號，可是俗話說得好，國不可一日無君，以前的皇帝被桓玄擄到尋陽去了，自然是要接回來的，先前劉毅等人已經追趕桓玄去了，劉裕和朝廷中現在的領頭羊司徒王謐商量了一下，讓尚書王嘏去往尋陽迎接晉安帝司馬德宗。
劉裕的軍隊雖然占領了建康城，可是建康城內的形勢錯綜複雜，他隻能算是地方上一個比較有名的將軍，加上他是寒門出身，在士族當政的當前形勢下，根本不可能像桓玄一樣占了建康城就掌握朝政。劉裕必須要和當前的豪門世家妥協，在內廷扶一個宰相。
當前最適合的人選就是前桓楚的司徒王謐，這個王謐不僅出身門第高，而且和劉裕的交情也很好，兩人商量後，在朝廷上互相表演一番，王謐推薦劉裕為揚州刺史（建康就是屬於揚州轄內，揚州刺史的官位和清朝時的直隸總督一樣，是天下疆臣之首），而劉裕也推薦王謐為錄尚書事，侍中，揚州刺史，主理朝政。這推來推去的，朝廷上的人也不傻，不過王謐也是屬於世家之人，總比劉裕這個泥腿子上台要強，於是，王謐就搖身一變，從桓楚的司徒變成晉朝的錄尚書事，從待罪之身轉變成當朝最有權勢的人之一。
而劉裕畢竟也是有大功於朝廷的，不可不賞啊，王謐當了名義上的話事人後，就封了劉裕為徐州刺史（劉裕先前的二州刺史是自封的，沒有法律效力，這個就可以看成是朝廷的正式官員了），領軍將軍，使持節，都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事，連帶的劉裕的手下也跟著水漲船高，劉毅也被封為青州刺史，其他跟隨起義的將軍也都封太守內史之職，果然，這造反的難度係數雖然高，一旦成功了就是百倍的回報，劉裕的那些手下以前都是一文不名的小人物，現在最差的也是四品太守了。
當初刁逵把諸葛長民抓住之後，不知因為什麼原因延遲了送他進京的時間（可以猜測一下是否是他的家人出了力），可是半路上，這押送的人就得知了劉裕已經攻下建康城，桓玄向西逃竄的消息，諸葛長民立時對押送他的官兵策反，官兵們也不傻，現在是義軍占了上風，這要是把這位大爺送到建康去，可不是把自己的腦袋送給別人嗎？
於是，戴罪立功是很有必要的，在諸葛長民的率領下，又殺回曆陽去，刁逵得到消息後立即組織人馬抗敵，可是現在誰還肯聽從他的召喚？諸葛長民馬上擒下刁逵一家人，用囚車把他們押回建康（這可真是現世報來得快啊），且不提劉裕當年和刁家的恩怨，現在刁逵還是桓玄的死黨，劉裕自然是不會放過，把刁逵一家押到菜市場全部砍頭。刁逵的幼弟給事中刁騁沒有殺，劉裕還給刁家留了個香火。可惜這個刁聘後來又造反，到底被劉裕給殺了。
然後，劉裕也沒忘了自己的鄉親，畢竟這次起義他們也幫了不少忙啊，刁逵在京口的大宅子裏的所有財產他全沒收，然後就讓京口的百姓們給搬回家了。其喜氣洋洋，跟後世的打土豪分田地差不多。金銀財寶、糧食布帛全給百姓們拿了，搬了好幾天才搬完，可見這刁家不愧是世代大族。
不久後，劉裕就任命魏詠之為豫州刺史，鎮曆陽，諸葛長民為宣城內史，