經營性證券是指金融機構通過市場買賣，以賺取差價為目的而收入的有價證券。金融機構出售經營性證券可以采用先進先出法、加權平均法、移動加權平均法等確定其實際成本。計價方法一經確定，不得隨意改變。審計時，主要檢查是否按確定的計價方法核算，並檢查金融機構出售經營性有價證券實際收到的價款與賬麵成本的差額，是否計入當期損益。
（二）投資性證券收益的審計
投資性證券是指金融機構長期持有，到期收回本息，以獲取利息或股利為目的而購入的有價證券。審計時，主要檢查金融機構購入投資性證券是否按有價證券麵值和規定的利率計算應收利息，並分期計入損益；檢查金融機構中途出售投資性證券的實收款項與賬麵成本和應收取利息的差額是否計入當期損益。
（三）衝減或增加債券利息收入的審計
主要是針對金融機構購入折價或溢價發行的債券，實際支付的款項與票麵價值的差額，檢查其是否在債券到期前，分期衝減或增加債券利息收入。
（四）對外投資分得股利和利潤的審計
主要檢查金融機構對外投資分得的股息和利潤是否計入投資收益，並按規定繳納所得稅（稅後分得的股利或利潤，不計所得稅）。同時，還應檢查金融機構依據合同、協議規定到期收回或因所投資企業清算而收回投資額與賬麵價值的差額，如為淨收益，是否計入投資收益，如為淨損失，是否計入有關成本支出賬戶。
三、營業外收入的審計
營業外收入是指與金融機構業務經營無直接關係的各項收入。包括固定資產盤盈、出售固定資產淨收益、罰沒收入、出納長款收入、證券交易差錯收入、因債權人的特殊原因確實無法支付的應付款項以及收回的已核銷壞賬損失等。審計時，應嚴格按照有關規定，對營業外收入進行認真審查。從日常性的審計內容來講，應著重進行以下兩個方麵的審計：
（一）結算罰款收入的審計
結算罰款收入是在辦理結算業務中，按規定計收的各項結算罰款。這種收入的計算方式有按憑證上結算金額計算和按延付日期計算兩種。對這些罰款收入進行審計時，應按照結算辦法的規定，審查有關賬戶、憑證、資料，並核對其是否屬於規定的罰款範圍，罰款的依據及計算是否準確，有無應罰未罰的情況；另外對於衝正的結算罰款要檢查其是否由於金融機構錯罰所致。
（二）出納長款收入的審計
出納長款是指出納人員在辦理現金收付業務時，由於種種原因，發生的現金庫存多於賬麵記載數額的情況。對於這些長款，如無法查找，必須當日列記其他應付款科目出納長款賬戶。經長期查找無著落的，一般在每年年度決算時經批準轉做營業外收入科目出納長款收入戶。審計時，應注意是否堅持了“長款歸公，不準以長補短”的原則。收入的金額與其他應付款科目所列金額是否相符。同時要區別金額大小，是偶然性的還是經常性的。要詳細分析出納長款原因，從製度規定、操作規程方麵尋找薄弱環節，特別要注意檢查有無貪汙長款的問題。
四、成本支出及費用的審計
金融機構的成本支出是指在業務經營過程中發生的與業務經營有關的支出。成本支出包括：利息支出、金融機構往來支出、手續費支出、彙兌損失、各種準備金等，不包括為第三方或客戶墊付的款項。金融機構的營業費用是其在業務經營與管理工作中發生的各項費用，包括：固定資產折舊費、業務宣傳費、業務招待費、電子設備運轉費、安全防衛費等數十項費用。
在進行成本支出與費用的審計時，主要是根據有關財務管理製度規定，通過查閱賬簿、憑證和有關資料，審查各項費用支出是否符合規定的範圍和標準，有無亂攤成本、貪汙浪費、營私舞弊等行為；有無虛增，虛減支出的情況；各項支出與費用是否嚴格執行了權責發生製的原則；成本核算是否遵循了一致性原則；成本核算的內容是否正確；是否加強了成本控製等。通過審計，以維護財經紀律，加強經濟核算，提高經營管理水平。
（一）利息支出的審計
利息支出是金融機構成本的重要組成部分，在成本中的比重較大。因此，利息支出正確與否是審查成本支出的重要任務。審查利息支出，主要審查對吸收的各項存款，包括對公存款、個人儲蓄、其他存款等，是否按規定的計息範圍和利率計付利息，有無錯記、漏記、隨意變動利率、減少和增加利息支出及弄虛作假、轉移利息等問題。
1.對公存款利息支出的審計
主要審查對吸收的各項單位存款是否按規定的計息範圍、利率檔次及計息方法定期結計利息，有無擴大計息範圍、提高利率檔次等問題；各存款戶的利息計算是否正確；利息支出賬戶的支出數與轉入存款單位賬戶的利息數是否相符，有無虛支轉移和現金支付利息等情況。
2.儲蓄存款利息支出的審計
主要審查對吸收的活期、定期儲蓄是否根據不同的儲蓄種類和存期按照規定的利率檔次計付利息；對定期儲蓄的提前支取和過期支取，是否按《儲蓄管理條例》的規定計息；各種儲蓄存款利息計算是否正確；利息支出是否按規定辦理支付手續；定期儲蓄是否按規定正確提取應付未付利息，實際支出時是否全部轉入應付利息賬戶，有無虛增利息支出的情況等。
3.其他利息支出的審計
主要審查除上述存款利息支出外的其他存款利息支出。如個體存款利息支出、金融債券利息支出及信托存款利息支出等，是否按規定的利率和計息方法正確計付利息，有無多付、少付、虛付、轉移和私分等問題。
（二）金融機構往來支出的審計
金融機構往來支出是指金融機構係統內、金融機構相互之間以及與中央銀行之間資金往來而支付的利息，包括聯行往來支出、係統往來支出、同業往來支出、中央銀行往來支出等。審計時，主要看金融機構往來的各種利息支出是否按規定的利率和方法計付利息。如對於采用主動計付利息的和對方主動劃收利息方法計算的利息，審查其計算是否正確，是否及時核對，有無多計、錯記等情況；支付利息的賬務處理是否正確，有無虛列支出等問題。
（三）手續費支出的審計
手續費支出是指金融機構支付給其他受托單位代辦業務的費用，如儲蓄代辦手續費支出以及其他手續費支出等。審計時，應重點檢查被審計單位支付給代辦儲蓄或其他業務的單位和個人的手續是否按下列規定掌握：