（2）檢查聯行來賬科目的有關賬戶記載是否及時正確。如聯行來賬是否分別設置“貸方戶”和“借方戶”兩個分戶賬，聯行來賬科目總賬和分戶賬的登記是否及時，“貸方戶”與“借方戶”的餘額軋差後，是否與聯行來賬科目總賬餘額核對相符。
（3）檢查對錯誤報單，是否根據不同情況，按照聯行製度的有關規定分別進行處理。有無隨意退報單或隻顧自己行利益不按規定處理報單的。如對暫時不能轉賬的錯誤報單，是否及時辦理查詢，並登記“未轉賬錯誤報單登記簿”，有無不按規定單方更改處理，影響全國或分轄聯行賬務的情況。
（二）聯行對賬的審查
聯行往來的對賬工作，是保證聯行賬務正確處理的重要環節，由於目前的聯行管理體製，實行各專業銀行自成聯行係統，在集中統一的原則下進行分級管理的聯行往來管理辦法，各專業銀行的全國聯行往來、分行轄內往來及支行轄內往來的對賬辦法都不盡相同，一般有以下幾種對賬形式：一種是由總行或分行電子計算機中心集中監督，收報行分散逐筆對賬；另一種是由總行或分行集中對賬，逐筆監督；再一種是往來雙方直接對賬，總行或分行總額監督。因此，審計人員在對聯行對賬工作進行審計時，要根據被審計行處聯行製度規定的對賬辦法進行檢查監督。
（1）對實行總行或分行電子計算中心集中監督、收報行分散對賬辦法的行處進行審計時，要重點檢查：收報行是否及時將總行核算中心寄來的對賬表與來賬卡片逐筆核對，有無積壓或並筆核對總數的現象；已核對相符的部分，是否及時轉入“已核對聯行來賬”科目，對賬中發現的問題，是否及時查詢，弄清原因。以“未核銷報單款項”總賬為依據，與未核銷報單款項登記簿及卡片核對，看賬賬、賬卡是否相符；對“未核銷報單款項”科目中未達賬的具體內容，掛賬時間，存在什麼問題等，是否經常進行分析研究，對長期掛賬或經過查詢而未答複的未達賬，是否及時采取措施加以解決，對久查未複的，必要時審計人員應親自發函、發電查詢，弄清原因，督促早日清查轉賬。
（2）對實行總行或分行集中對賬，逐筆監督辦法的行處（如工商銀行全國聯行往來對賬，實行“往來報告，分行錄磁，總行對賬，逐筆配對”的雙向監督方法）進行審計時，應著重審查經辦行是否按營業日分別編製、寄發全國聯行往賬和來賬報告表，報告表的編製方法、內容，以及複核寄發等是否符合聯行製度的要求，對總行或分行的查詢是否及時查複。
（3）對實行往來雙方直接對賬的行處進行審計時，應著重審查每日營業終了是否將往賬卡片和來賬卡分別按收、發報行行號、行名、代收、代付順序整理保管，是否按規定的日期向收報行編發往賬對賬單；接到發報行的對賬單是否及時進行對賬，並辦理轉賬，如有不符，是否及時查對，正確處理等。
當前，聯行對賬中的主要問題，是不執行對賬製度，對賬不及時，差錯事故不能及時發現。因此，在審計時，要重點檢查聯行對賬是否及時，有無積壓，對賬中發現問題是否按製度及時處理，要糾正有章不循、積壓、錯亂現象，保證聯行往來核算的質量。特別是要重點審查“未核銷報單款項”科目中未達賬項的具體內容，掛賬時間，存在什麼問題，是否經常進行分析研究，對長期掛賬或經過查詢而未答複的未達賬項，是否及時采取措施加以解決等。
（三）聯行彙差的審查
各銀行在辦理聯行往來業務過程中，由於相互代理收款或代理付款而產生的資金差額，叫聯行彙差。就一個銀行來說，代收聯行資金大於代付聯行資金時，差額在貸方，為占用聯行資金，即為應付彙差（貸差）；代收聯行資金小於代付聯行資金時，差額在借方，為墊付聯行資金，就是應收彙差（借差）。
按照聯行往來和信貸資金分級管理的原則，全國聯行彙差資金由總行集中管理和統一調度，分行轄內往來彙差資金由各管轄分行統一管理和調度。各聯行業務經辦行，必須按規定的時間分別軋計全國聯行彙差和分轄聯行彙差並按規定的方法進行彙差資金的劃撥和調撥。對聯行彙差的審計主要從以下幾個方麵進行：
1.聯行彙差軋算的審查
檢查“全國聯行彙差”科目餘額是否與全國聯行往來有關科目餘額的差額相等，方向相反；“分轄聯行彙差”科目餘額是否與分轄往來有關科目餘額的差額相等，方向相反；檢查是否按照聯行年度的劃分，對上年和本年聯行彙差分別軋計，有無混淆。
2.聯行彙差調撥與清算的審查
檢查全國聯行彙差和分轄往來彙差是否按規定時間軋計，準確地辦理轉賬，並根據上級行規定的實撥或抵撥資金的辦法，及時辦理彙差資金清算與調撥，有無計劃外占用聯行資金搞發放貸款，擴大信貸規模的情況。檢查有無占用聯行彙差資金發放貸款的問題，應采用下列檢查方法：