追求贏利是銀行等金融機構經營目標的要求，是改進服務、開拓業務和改善經營管理的內在動力。這一原則是銀行等金融機構經營原則的核心。但它與流動性原則和安全性原則往往存在矛盾：流動性強、安全性好、贏利率一般較低；贏利性較高的資產，往往流動性較差，風險較大。因此，任何金融機構都必須在保證資產與負債的安全性和流動性的前提下，有效地籌措和供應資金，盡可能提高資金的使用率，追求最大限度的贏利。一般說來，贏利性是指金融機構在正常經營狀態下的贏利能力，非正常經營狀態下所得收益或損失，是不能代表金融機構盈虧情況的。為此，在對金融機構效益進行審計時，應排除非常因素的幹擾，如稅率的變化，會計政策和會計製度變更所帶來的累積影響等。
反映金融機構效益狀況的指標很多，大致可以歸納為兩類。即贏利性比率指標和效率性比率指標。
一、贏利性比率指標的審計
衡量金融機構贏利性的比率指標主要有利潤率、資本金利潤率、資產利潤率。
（一）利潤率指標審計
利潤率是金融機構的利潤總額同全部營業收入的比率，反映金融機構全部業務的獲利能力。其計算公式為：
利潤率=利潤總額/營業收入×100%
由於利潤率的高低受利潤總額和營業收入兩個因素影響，因此，在審計時，首先要調閱利潤表和營業收入明細表，了解利潤總額和營業收入的構成，審查利潤總額和營業收入是否真實，有無多計或少計收入的問題。其次，結合資產負債結構，對贏利的來源和穩定性進行分析評價，檢查主要有哪些因素影響當期利潤，如非生息資產的水平是否合理，是否存在大額的非經常收入等等。最後，分析利潤總額和變化趨勢，對比同行業數據和曆史數據，對贏利能力作出評價。
（二）資本金利潤率審計
資本金利潤率，是用來說明金融機構利潤總額同全部資本金的關係，表明金融機構擁有資本的贏利能力。它不但反映了從贏利中增加資本的潛力以及資本運用效率的大小，而且決定了股東收益的多少並影響股價和股市行情。其計算公式為：
資本金利潤率=利潤總額/資本金×100%
由於該比率是反映金融機構綜合贏利能力的通用指標。因此，審計時，首先根據利潤表和資產負債表相關項目數據，複算該比率指標數據，檢查比率指標的計算是否正確；其次，審查利潤總額和資本金的來源是否可靠真實，資本金與實收資本是否相符；最後，采用對比分析法，將本期和上期、計劃與實際、本行與同類銀行先進水平進行比較，分析評價資本金利潤率水平及其變化趨勢。
（三）資產利潤率審計
資產利潤率是指金融機構的利潤總額與金融機構平均資產總額的百分比。其計算公式為：
資產利潤率=利潤總額/平均資產總額×100%
該比率把金融機構一定時期的淨利潤與所運用的資產相比較，表明了金融機構資產利用的綜合效果。因此，審計時，除了依據前述兩個比率指標的審計程序，對利潤總額進行審查外，還要對平均資產總額的計算是否準確、數據來源是否真實可靠進行審查，並通過審查了解資產分布及其結構，了解低營利性資產及高贏利性資產在資產總額中所占的比重，及其增減變動情況和趨勢，了解非營利性資產在資產總額中所占的比重及其增減變動情況和趨勢，審查分析各類資產的增減變動對該比率指標的影響程度及造成影響的原因。最後將該比率指標與計劃指標、與曆史數據、與同行平均水平的資產利潤率進行對比，分析差異形成的原因，合理評價金融機構贏利能力，並對挖掘提高利潤水平的潛力提出建議和對策。
二、效率性指標的審計
衡量金融機構贏利效率的指標主要有：儲蓄存款成本率、成本率、費用率、資產利潤率、利差率、人均利潤、人均費用率、資產費用率、資金成本率。
（一）儲蓄存款成本率審計
儲蓄存款成本率是指金融機構吸收萬元儲蓄存款需投入多少成本。其計算公式如下：
儲蓄存款成本率=儲蓄存款利息支出+儲蓄業務管理費/儲蓄存款平均餘額×100%
該比率指標越低，說明金融機構吸收儲蓄存款所需成本越少，效益越高。因此，審計時，首先是調閱資產負債表和損益表，複算該指標，檢查指標計算是否正確，各項數據的來源是否真實正確；其次是將當期實際指標值，與曆史數據，與同行平均水平進行對比，審查分析差異形成的原因，提出縮小差異的措施和建議。
（二）成本率審計
成本率是金融機構總成本與營業收入的比率。它表明，金融機構取得營業收入與耗費成本支出的關係。其計算公式為：
成本率=總成本/營業收入×100%
總成本在利潤表上反映為營業支出，營業收入是指利潤表中的全部營業收入數。成本率上升，說明金融機構每百元營業收入的成本高，贏利減少；反之，成本率下降，說明金融機構的成本開支減少，贏利增加。因此，審計時，首先調閱利潤表，審查總成本和營業收入的構成，數據是否真實準確，總成本是否包括了各項營業支出，營業收入的範圍是否全部包括，有無人為減少或增加的現象；其次，複算該比率，檢查指標數據計算是否正確，是否反映了金融機構的客觀實際情況。最後是將該比率的實際指標值，與計劃數據，與曆史數據，與同行平均水平進行對比，找出存在差異的原因，提出降低成本率的措施和建議。