為了解除苦悶，尋找希望，他曾對天主教產生過濃厚的興趣。西洋著名傳教士南懷仁、湯若望頗得崇禎帝的歡心，常被召人宮內，講解天主教義。祟禎五年（1632年），崇奉天主教的徐光啟人閣辦事，就向崇禎帝宣揚天主教義。崇禎帝心喜，於是下令將宮殿內所雕佛像盡行撤除。玉皇殿、英華殿、隆德殿、乾清宮原有佛像成千累百，盡行移往宮外，意在拆除這些與天主衝突的偶像。大理寺推官陳良漠，原名天工，因“莊烈帝虔事上帝，詔群臣名‘天’者悉改之”，於是陳天工改名良漠。直到崇禎十三年皇五子慈煥死，崇禎帝才改變自己的信仰。據說慈煥病重時，崇禎帝去探視，小慈煥曾指著天空九蓮華娘娘，曆數崇禎帝毀佛像之罪，說完就死了。崇禎帝十分痛恨，連忙把以前移往宮外的佛像又移了進來，恢複原來的模樣，從此不再遇事對天主祈禱，而變為對佛祖懺悔，但內心的惆悵、痛苦從此有加無已，一個外強中幹的勤政者於是懷著諸般苦楚沿著孤僻的小徑一步步走向他生命的終點。
在崇禎皇帝所信的中國諸神中，有如下幾位是他所傾心的：
土地神。封建時代，以農立國，對於土地之神尤為崇拜。明朝在北郊建地壇專供皇帝祀地之用，祟禎皇帝多次舉行盛大的祀地之禮。崇禎十五年（1642年）四月，動用將七30萬，族旗飛舞，聲勢浩大，崇禎帝駕臨地壇行禮。有人記載了當時儀仗之盛：“龍族、鳳飾、金城、銀瓜、橙杖、骨朵、響竹、儀鋅，奚音數萬，行行隊隊.，簇簇陳陳，聲從履出，氣從鼻息，遙聞簫韶之奏，中和之樂，紛遝人耳。其宮扇之方圓正側，長短橫斜，為龍翔，為鳳舞，為針繡，為梭織，為日月雕鏤之體，為山河繪藻之形，為鬼神離奇之狀，為虎豹飛走之勢，以及百花簇就，萬錦裁成。鳳羽深叢，翠色飛騰晃上下；麟毛順聚，金光照耀閃乾坤。漏塵極其密細，回環轉折處，蛛網為疏，點綴另加奇巧。”（《明季北略》卷一八）崇禎帝在八麵威風之中駕至地壇。
天帝諸神。即日、月、星、辰、風、雨、雷等神。天壇祭天是皇帝的專利，在這裏他成為了天在人間實施統治的最高代表。崇禎帝敬天以維護自己的權威，希望上天佑護而致太平盛世。
祖先。太廟、奉先殿裏安置著明太祖以下列帝的靈位。祖宗開創大明基業，守成之帝理當法祖，以明江山來之不易。崇禎帝處積重難返之勢，更期望能保住祖宗這份家業，否則有何臉顏去見列祖列宗。崇禎八年（1635年）正月，農民軍焚毀皇陵，崇禎帝驚恐萬狀，當即下令處死鳳陽巡撫楊一鵬，並素服避殿，親臨太廟，告罪列祖。此事給他投下了長長的陰影。十月，避居武英殿，減膳撤樂，下詔罪己，重申“今年正月，流氛震驚皇陵，祖恫民怨，責實在聯”。表示不忍安臥深官，不忍獨享甘旨，不忍獨衣文繡，要與文武吏士共甘苦，直到寇平之日為止，有一種深深的負罪感。正因如此，他對農民軍始終是勢不兩立的。如果說他還想與後金（清）行和議之事的話，那麼他對農民軍有的隻是仇恨，要一舉蕩平之。經此之變，他時常要把自己的一份真誠，一片懺悔獻給祖宗。對他生母近乎癡迷般的懷戀，正是他多愁善感、心靈空虛的集中反映。
關公。後世敬奉手國時蜀國大將關羽，是因為關公功勳蓋世，一世忠心赤膽。處此亂世的崇禎帝，尤其需要能征善戰的將領。他求助於天兵天將，夢想關公再世。他曾任用了一批將領，可放心不下，而以太監監鎮，甚至由太監提督兵馬。崇禎十五年（1642年）下詔薦舉堪任督撫大將之人，結果未發現任何能當一麵的將領。有人甚至建議令天下僧人與尼姑還俗，將他們編在一起，也可組成一支軍隊。真是滑天下之大稽。崇禎帝示關公以誠意，而關公竟無動於衷；寄托於虛無的關公之神來圓“蕩寇”美夢，圓夢的本身就是一場夢。
5.兵臨城下魂斷煤山
崇禎十五年（1642年），崇禎帝陷人了前所未有的困境。正月，他在召見閣臣時，顯出少有的謙恭，朝他們作揖致禮，說“自古君臣誌同道合，天下未有不平治者”，“職掌在部院，主持在膚，調和在卿等”，力圖重新振作。同時，下詔免除天下十一年（1638年）前通賦。但是，從二月起，接二連三不幸的事就發生了。二月，清兵攻克鬆山，洪承疇投降，祖大壽也以錦州降於清。四月，李自成再次圍開封。八月，安慶兵變。九月，開封城陷。十一月，清兵人關，攻陷薊州，深人瓷南，破城80餘座，殺宗室魯王。在對農民軍和清軍的作戰中，明朝軍隊幾乎已毫無抵禦之力了。六月份，兵部尚書陳新甲被處決後，與清和談的大門關閉了。繼任兵部尚書馮元飄知道末日來臨，一日上朝時，偽稱疾病發作，昏倒在地，力辭尚書之職。崇禎帝再次下詔罪己，公開詔舉有堪為大將軍者，但已根本不見成效了。
十餘年的戰火，燒焦了百姓的心。崇禎帝追求一味“剿殺”之時，漸漸失去了人們對他的崇拜，仇恨、怒火填滿了山間田野。保定巡撫徐標被召入京時，將自己進京一路聞見向皇上做了描述。他說：“臣啟江淮來數千裏，見城陷處固蕩然一空，即有完城，亦僅餘四壁城隆，物力已盡，蹂脯無餘，蓬篙滿路，雞犬無音，未遇一耕者，成何世界！皇上無幾人民，無幾上地，如何致治乎？”江淮一帶並非農民軍的重點活動區，情形尚且如此之慘，他處更可想而知。既無淨地，也無良民，朱由檢除了“靚覷泣下”之外，還有什麼好說的呢？當然，他不會坐等滅亡，他需要出擊，需要掙紮，需要複仇。
崇禎十六年，明朝軍隊與農民軍展開決戰。正月，李自成部克襄陽、荊州、德安、承天等府，張獻忠部陷薪州，明將左良玉逃至安徽池州，湖廣這個“九省通衙”、天下咽喉的地方已在農民軍掌握之中。崇禎帝優及獻陵失守，聲淚俱下，對大學士昊牲說：“卿向曆岩疆，可往湖廣督師。”當時，祟禎帝實在找不出一個堪當如此大任的人來，吳當然隻得應允。他提出的條件是崇禎帝給他3萬精兵，從南京趨武昌。崇禎帝很不高興，吳牲之疏留中不發。吳牲請求麵對，詳盡解釋。崇禎帝在文昭閣召見了吳牲，說：所需兵太多，一時難以碎集；南京隔得也較遠，不必詐退守計。吳牲據理力爭，說：左良玉的跋啟，人人皆知，昔年督師楊嗣昌九檄征調左兵，左竟一兵不發。“臣不如（楊）嗣昌，而良玉踞江、漢甚於往時。臣節製不行，徒損盛重。南京從襄陽順流而下，窺伺甚易，官兼顧南京，非退守”。大學士陳演為了迎合帝意，忙進言稱；“督師出，則督、撫兵皆真兵。”昊牲毫不相讓，堅持己見，說：“臣請兵，正為督、撫無兵耳。使臣束手待賊，事機一失，有不忍言者。”朱由檢沉思良久，吳牲說的不是沒有道理，督師手下若一兵一卒都沒有，又如何督法呢？於是，便令兵部速議發兵。
兵部經過討論，擬撥總兵唐通、馬科及京營兵一萬給吳牲。而唐通、馬科正率領兵馬與請軍作戰，待清兵退後，才能集結聽調。吳牲屢次清兵，但兵馬始終不能調動。崇禎帝對吳牲還不離京非常生氣，對吳牲說：“徐之，敵退兵集，卿獨往何益？”吳牲已暗暗叫勁，手下無兵，絕不督師。與大學士周延儒出京督各路援兵的“朝受命，夕啟行”形成鮮明的對比。後來，原征調的唐通兵馬，又因關門不可無備而留其地。吳牲不得已，準備在五月辭朝。臨行之前一天，搞勞隨從兵馬，崇禎帝還令宦官賜銀牌給賞，不知朱由檢又犯了那根神經，第二天突然下詔，命吳牲速進宮人直。吳牲感到大事不妙，連上兩疏，請求辭官。崇禎帝也不挽留，準許致仕。後來崇禎帝每念及此事，仍有懾怒。他認為吳牲有負於自己的一片厚望，說：“命（吳）生生督師，百方延緩，為委卸也。”不久，命錦衣衛逮吳牲人京，論罪遣戍金齒。
六月，懸立賞格：擒李自成來獻者賞銀一萬兩，封通侯；能擒張獻忠者賞銀5000兩，官極品，世襲錦衣衛指揮。崇禎帝希望因此出現奇跡。但正當明軍停止不前，督師不出時，李自成兼並羅汝才部及革、左五營，號眾百萬；張獻忠也連克漢陽、武昌、嶽州、長沙、寶慶等城。八月，崇禎帝隻好把自己最後一張王牌打出去，進孫傳庭為兵部尚書，總製三邊，以及應天、鳳陽、江蘇、安徽、河南、湖廣、四川、貴州等地剿“寇”軍務，鑄督師七省之印，與農民軍決一死戰。盡管有人進言“孫傳庭所有皆天下精兵良將，皇上隻有此一付家當，不可輕動”（李長祥《天間閣集》卷上），崇禎帝也顧不得許多了。孫傳庭也決心“不成功，則成仁”，親率白廣恩、高傑等部10萬人出撞關，檄左良玉西上，總兵陳永福、秦翼明分別將河南與四川兵互為椅角。此時，李自成也調集在湖廣的全部精銳於河南，采取誘敵深入的辦法，使孫傳庭一敗於河南邦縣，死亡4萬餘人；十日，再敗於撞關。渭南、商州、西安均為李自成攻占。不久，總兵白廣恩、陳永福降李自成。至年底，榆林、固原、寧夏等重鎮盡歸李自成所有。次年正月，李自成在西安建立大順政權，以陝西為根據地，對明廷發起了最後總攻。
處於悲痛和戰栗之中的崇禎皇帝朱由檢忽然回想起幾年前於平台召見百官，問天下大計的情形。當時他占了一卦，占語雲：
九九氣運遷，徑水河邊，渭水河邊，投秦入楚鬧幽燕。兵過數番，寇過數番，搶奪公卿人長安。軍苦何堪，民苦何堪，父母妻子相拋閃。家家皇天，人人皇天，大水灌魏失秦川。流寇數載即息，紅頂又將發煙。虎兔之間幹戈亂，龍蛇之際是荒年。（《明季北略》卷一四）
如今看來，竟然一一應驗。水淹開封，西安失守，清兵人關〔）大明王朝難道真的氣運已遷？崇禎帝不肯也不敢相信。
崇禎帝眼望大明軍隊分崩離析，三秦盡為“賊”有，心中惶恐之極，但他還想作最後的掙紮。可是，缺兵、缺將、缺晌的慘狀令他一籌莫展。過去為了籌響，他曾諭廷臣與威碗助炯，此時又聽從戶部尚書倪元璐的建議，實行贖罪與捐納製度，後來甚至禁止大臣服飾袖長過一尺，宮中盡撤金銀器皿，換上銅器。有的大臣請發努銀，崇禎帝說：“三十六衙搜括已盡。”為了練兵，他曾與大學士蔣德碾商議良久，可當他聽說：正統時兵炯數萬，萬曆時不過300餘萬，而今兵晌2000餘萬，但兵反少於前，盡皆耗蠢；過去京衛有47萬，散內有28萬，今皆虛冒，也喪失了信心。
崇禎十七年（1644年）正月初三日，崇禎帝特召左中允李明睿人宮進見。顯然他有急事垂詢。一人德政殿，李明睿抨坪直跳的心還未平靜下來，祟禎帝就問李有何禦寇急策？李明睿請屏退左右，走到皇帝麵前，神秘地說：“臣自蒙召以來，探聽賊信頗惡，今且近逼徽甸，此誠危急存亡之秋，隻有南遷一策，可緩目前之急。”