在西邊，崇禎帝采納子宣大總督王象乾的建議，每年撥給勢力最強的察罕部金81000兩，以示羈糜。又命楊鶴為兵部右侍郎，總督陝西三邊軍務。崇禎帝在召見楊鶴時，問他對於陝西“土寇”蜂起有何主張。楊鶴答道：“清慎自持，撫恤將卒而已”。崇禎帝深以為是。可見，崇禎在西部主要是想以撫為主，而集中精力對付東北邊的後金政權。鑒於各邊鎮兵炯匾乏的情形，崇禎帝又對戶部進行整理。他認為過去工役繁興，濫建生祠，支付錢糧過多，如今大工完了，生祠毀了，錢糧不應不足，於是，他令戶部尚書畢自嚴徹底查清新舊錢糧，詳細察報。崇禎帝當然不知道各地的“備邊”、“備樓”或修生祠的銀兩多半人了撫按司道的私囊。但他深知，糧炯不濟，士兵就會鬧事，於是接受裁減釋站冗卒的建議，以節省銀錢，纖燃眉之急。他未曾料到，日後將他逼上煤山的正是被裁騷卒中的一員。
從天啟七年八月即位到崇禎二年七八月間，崇禎帝清除閹黨，平反冤獄，整頓吏治，留意邊防，整頓錢糧，確實做了不少事情。他覺得經過這一番新的整傷與布局，形勢會有所好轉；尤其是這批新任的文武大臣，如果悉心辦事，忠於職守，同心協力，是會讓整個朝廷辦事機構圍繞他自己的意誌有節有奏、效率顯著地運轉，從而消餌內外之亂的。但是，由於崇禎帝所采取的措施仍有嚴重的缺陷，閹黨餘孽仍然活躍，並時刻準備翻案，排擠正直之士，真正的社會危機仍然潛伏著。
崇禎元年（1628年），會推閣臣，名單上有禮部侍郎錢謙益等11人，而禮部尚書溫體仁、侍郎周延儒不在其中。因此，溫、周二人利用崇禎的心理，攻擊錢謙益“結黨受賄”。崇禎帝早就憎恨廷臣結黨，當即罷了錢氏宮職。吏科給事中周允儒、瞿式招，禦史房可壯等因反對溫體仁誣陷錢謙益，彈劫他借“黨”之說行小人陷君子之實，結果被說成與錢氏一黨，或降職，或譴戍，而溫、周二人漸漸取得崇禎帝的寵信。溫體仁本屬閹黨，崇禎帝卻大加寵用，雖然他一再告誡大臣，“務消異同，開誠和衷”，實際上由於這種失當之舉，大大削弱了他消除閹黨的積極作用，也預示著朝廷內部的鬥爭將愈益複雜、尖銳。此外，當時閣臣不敢麵陳己見的現象也令崇禎多少有些失望。如，崇禎元年十月，蒙古插部人犯大同，四處劫掠，如入無人之境。祟禎帝召集閣臣，說：“著實整傷，難道中國就勝不得他？”大學士劉鴻訓回答：二三十年來“邊備廢弛已久，一日拌難量頓”。崇禎帝再間：“而今何如？”大學士錢龍錫等奏：“而今比前，大不相同。”崇禎帝一下子火了，怒道：“此俱是讚揚之詞，尚未見行一實事，如何便見不同？”崇禎帝對於如何調動閣臣們的熱情，已露出明顯的笨拙與急躁，對日益激化的階級矛盾也提不出任何緩和的辦法。結果，崇禎帝通向“中興”的理想之途已埋下了種種可怕的危機。
2.重用內臣原非得已
雖然崇禎帝在內外施政上離不開文臣集團，但在崇禎二年（1629年）十一月以後，他對文臣集團的態度有了驚人的改變，對他們愈來愈失望；與此同時，宦官再次交上好運，備受皇上重用。一反即位初的做法，於是“重宦官輕文臣”的人事格局重新形成。
崇禎元年至三年間，接二連三發生了幾起令他惱火的事情：
一是大學士劉鴻訓公然聲稱，“皇上畢竟是衝主”，竟敢輕視皇帝的“英明”，而且，在殊批上擅自增改禦言，這樣的輔臣使崇禎感到不能倚賴。
二是首次會推閣臣，溫體仁出其不意，攻擊錢謙益為“蓋世神奸”，結黨受賄，而且群臣紛紛為錢謙益辯解。崇禎於是對群臣也感到不能信任。
三是崇禎二年十二月，袁崇煥“叛變投敵”、“謀反朝廷”的事更給崇禎帝以沉重的一擊。這年十月間，皇太極率10萬精騎，避開袁崇煥把守的錦州、寧遠、山海關，繞道蒙古，人長城，攻占遵化。袁崇煥聞信，急馳人援，沿途分兵防守撫寧、永平、丘安、豐潤、玉田、薊州，並於後金之前趕到通州飛袁崇煥突然出現在通切1｝，後金軍懼敗，於是西犯京師。袁崇煥不顧士馬疲勞，馳抵京師，在廣渠門外與後金軍崖戰，最後打退後金軍，勝利保衛了北京。後金於是用反間計，言袁崇煥與之早有密約，將為城下之盟。崇禎帝信以為真，不禁感歎：“邊臣不足任矣”，於是冤殺了袁崇煥。
崇禎帝當然不會意識到，真正的奸臣不是錢謙益，而是溫體仁一夥。也沒有想一下，後金之所以避開袁祟煥，繞過寧遠、由大安口、龍井關、洪山口人逼北京，正因為袁崇煥防守遼東是後金不可逾越的長城，殺袁崇煥無疑是自毀長城。溫體仁等閹黨餘孽的猖狂，後金反間計的成功，正是崇禎帝多疑性格的結果。上述三件事後，崇禎帝認為“外廷皆不足恃”，用他自己的話說就是：“聯禦極之初，撤還內鎮，舉天下大事悉以委大小臣工，比者多營私圖，閣恤民艱，廉謹者又遷疏無通，己巳之冬，京城被攻，宗社震驚，此士大夫負國家也。聯不得已，用成祖監理之例，分遣內臣監視”（《明季稗史初編》卷上）。“士大夫負國家”，於是成了崇禎帝思維中的一個新的主要因素。
崇禎二年十一月，清兵再次南下，崇禎帝派乾清宮太監王應朝監軍。十二月，以司禮監太監沈良佐、內官太監呂直提督九門及皇城門，司禮監太監李鳳翔提督京營。這次宦官行使監軍和提督京營大權，表麵上是因為清兵南下，不得已而為之，實際上是崇禎對文臣集團的偏頗看法的必然歸宿。從此宦官勢力重新抬頭。在這次抵禦後金的戰役中，宦官實際上並沒建立什麼奇功殊勳，相反，他們處處給督撫、總兵以製約。如滿桂屯兵安定門，宦官一再催促出戰，滿桂不得已列兵安定門外，與幾倍於己的清兵激戰。最後終因寡不敵眾，與總兵孫祖壽、參將周鎮等殉難。盡管如此，崇禎帝認為宦官比文官可靠的心理並未改變。
更大規模地起用宦官是在崇禎四年（1631年）九月至十一月間，主要的任命有：太監張彝憲總理戶、工二部錢糧，唐文征提督京營戎政，王坤、劉文忠、劉允中、吳直等分赴宣府、大同、山西監視兵炯；另外，王應朝、張國元、王之心、邵希韶等太監分別被派往關寧、薊鎮東協、中協、西協監軍。自此各地重鎮都派有太監監軍，職權在督撫之上。其中令人驚詫的是，崇禎帝派內臣張彝憲總理戶、工二部錢糧，將堂堂的兩部尚書擱置一旁。這是前所未有的做法，因而遭到文臣們的極力反對。首先是給事中宋可久、馮元飄等10餘人上諫；接著，崇禎五年（1632年），工部右侍郎高弘圖又h言張彝憲淩居二部之上，是“辱朝廷而襲國體”，崇禎帝對此置若周聞。南京禮部主事周鐮再上疏，曆陳任用內臣之害，懇求皇上加以裁抑。崇禎帝聽罷，暴跳如雷，即令將他削職。又一次，大臣們聯合上疏，請收回成命。崇禎帝隻是淡淡地說道：“諸臣欲實心任事，聯又何需此輩？”毫不掩飾他對文臣的輕視。至此，宦官更加有恃無恐，氣焰囂張。崇禎六年（1633年），閱視宣府的太監王坤抵任不滿一月，即疏幼巡撫禦史胡良機。崇禎帝不容分辯，就將胡降職，並命王坤按治。給事中魏呈潤疏爭不可，說：“我國家設立禦史巡九邊，秩卑而任巨。良機在先朝以糾逆削籍，今果有罪，則有回道考核之法在，而乃以付（王）坤，且邊事日壞，病在十羊九牧。既有將帥，又有監司；既有督撫、有巡撫，又有監視。一宦出，增一官擾。”乞召還胡良機。崇禎帝視之為黨比，將魏呈潤降職三級，滴為外官。此後，王坤更是目空一切，竟上疏彈劫大學士周延儒，使宦官與官僚之間的鬥爭更趨激烈。宦官公開上疏，無所忌憚地攻擊內閣首輔，這是罕見的現象。於是，給事中傅朝佑、左副都禦史王誌道上疏力言其非，認為“近者內臣舉動，幾於手握皇綱，而輔臣終不敢
一問。至於身被彈擊，猶忍辱不言，何以付明主之知？玉坤內臣，不宜侵輔臣”（《明史》卷三O五《張彝憲傳》）。崇禎帝在平台召見大臣時，特意對王誌道說：“遣用內臣，原非得已，聯言甚明，何議論之多也！昨天王坤之疏，聯已責其誣妄，乃廷臣舉劫，莫不牽引內臣，豈處分各官，皆為內臣焉？”王誌通連忙解釋說：“王坤直勃輔臣，舉朝皇皇，為紀綱法度之憂。臣為法度惜，非為諸臣地也。”崇禎帝聞言滿臉怒色，斥之“廷臣於國家大計不之言，惟因內臣在鎮不利奸弊，乃借王坤要挾朝廷，誠巧候也”，“職掌不修，沽名立論，何堪憲論，’（計六奇《明季北略》卷五）。傅、王二人均遭削職而去。麵對崇禎帝偏袒內臣，內閣諸臣緘默忍受，周延儒本人也忍辱不言。至於溫體仁，則幸災樂禍，暗地與宦官勾結。也就是說，文臣集團內部派別林立，勾心鬥角，分散了自己一方的力量，以致從崇禎二年底信用宦官，至崇禎六七年間，凡是進言攻擊內臣的文臣輕則遭到嗬斥，重則被削職、譴戍。
崇禎五年（1632年），命檢命太監曹化淳提督京營戎政。次年，命太監陳大金、閻思印、謝文舉、孫茂霖等四人分監曹文詔、張應昌、左良玉和鄧記軍，“監功紀過，督催糧草”；命司禮太監張其鑒、郝純仁等赴各倉儲，與提督諸臣盤驗收放；命太監高起潛監視寧（遠）、錦（州）兵晌。
宦官幹政的種種劣跡，曆朝屢見不鮮。他們的專橫、暴決、貪婪、無恥，令人切齒痛恨。前朝大紀魏忠賢更是臭名昭著。難道崇禎帝竟然如此健忘？當然不會。他之所以寸碟魏閹，清除閹黨，正是因為他認識到了這些。祟禎三年(1630年）八月，袁崇煥被殺後，有人想藉此翻剛定的逆案，禦史田維嘉、通政使章光嶽更極力推薦楊維垣、賈繼春、霍維華、徐楊光、傅魂、虞廷陛、葉天陛等7名閹黨分子，崇禎帝嚴旨指責，認為：“逆案奉旨方新，居然薦用，成何政體？”他們的陰謀才未得逞。但是，崇禎為何又偏偏重用宦官，而且不惜貶斥大臣來保全內臣呢？按照崇禎帝自己的解釋是“原非得已”，而“原非得已”的原因又在於諸臣不“實心任事”、“土大夫負國家”。此外，他還認為，宦官能否為害，關鍵在於皇帝的英明與否，成祖用宦官不是照樣天下大治嗎？以他的英明，宦官是會為自己所用的。崇禎四年（1631年）十一月，張彝憲進言：“征天下通賦以佐軍晌。”崇禎帝頗為欣賞。崇禎六年，宣府巡撫馬士英剛剛上任，即侵吞炯銀6000兩，鎮守太監王坤上疏揭發。崇禎帝將馬士英革職遣戍。他喜不自禁，認為內臣能夠不顧情麵，力除積弊。於是，內臣進言，言無不從。崇禎八年（1635年）七月，崇禎帝命張元佐為兵部右侍郎，鎮守昌平。當時提督內臣即日前往。崇禎帝因而對閣臣們說：“內臣即日就道，而侍郎三日未出，何怪聯之用內臣耶。”崇禎帝以此來證明自己重用內臣的正確。但在另一方麵，崇禎帝也並未完全擺脫士大夫集團，徹底委政於宦官。崇禎帝知道，內臣可以起耳目的作用，但真正出謀劃策，協助處理國家大事還是要依靠一般文臣。因此，我們不難發現，崇禎帝在用宦官的同時，對如何取得文臣的支持，又是頗費心機的。可以說，在依靠宦官，還是重用文臣上，這時期的崇禎帝內心始終是矛盾的。
在崇禎帝看來，內臣可以委用，是因為他們易於對付，對皇帝忠心，“三尺在我，此曹（宦官）義何能為”！隻要威柄自操，太監即可供隨意使用。太監們也深知皇上心理，更不把文臣們放在眼裏。總理太監張彝憲甚至請人覷官向他投冊致好，“以隆體統”，崇禎帝居然聽之任之。給事中袁繼成疏言：“士有廉恥，然後有風俗；有氣節，然後有事功。今諸臣未覷天子之光，先拜內臣之座，士大夫尚得有廉恥乎？逆瑪方張時，義子、幹兒昏夜拜伏，猶以為羞，今且白晝公庭，恬不知怪，所以太息也。”（《明季北略》卷一O）崇禎帝責之越職言事。
崇禎八年（1635年）八月，他卻作出了一個讓文臣們吃驚的決定，即下詔撤回監視總理內臣。其詔雲：
聯禦極之初，撤還內鎮，舉天下事悉以委之大小臣工。比者多營私，周恤民艱，廉謹者又遷疏無通論。己巳之秋，京都被兵，宗社震恐，此士大夫負國家也。聯不得已，用成祖監理之例，分遣各鎮監視，添設兩部總理，雖一時權宜，也欲諸臣自知引罪。今經製粗立，兵晌稍清，諸臣也應知省，其將總理、監視等官，盡行撤回，以信聯之初心。張彝憲埃嘈竣即回監供職，惟關、寧密邇外境，高起潛兼監兩鎮，暨內臣提督如故。
其實，所謂形勢好轉，隻是一種自欺欺人的說法。在遼東，自袁崇煥被冤殺後，軍紀渙散，人人自危，沒有強有力的人物能加以約束，戰鬥力低下。在西北，對付農民軍方麵雖然督撫頻頻報捷，崇禎帝也派太監陳大金、閻思印、謝文舉、孫茂霖等分別監視圍剿“流寇”的曹文詔、張應昌、左良玉、鄧f己之軍，還發庫銀4萬兩，以及大量的絲緞、蟒緞，隨軍賞賜，但仍然沒能撲滅農民軍的戰火；相反，農民軍起於陝西，橫掃中原，連中都鳳陽也被攻破。可見，太監監軍也未必能扭轉局麵。因此，崇禎帝對宦官多少有些失望。這次詔罷內臣是崇禎帝這種情緒的一個反映，他又一次把注意力轉向官僚。但崇禎帝還留有一個尾巴，即太監高起潛仍然監視錦州、寧遠二鎮，以及京營提督太監不變。