這年八月，從四川傳來了藍廷瑞、焉卜本恕被捕的消息，這使武宗略感舒心。然而沒過幾天，北方的戰事又使他陷人了心驚肉跳之中。劉六、楊虎在圍攻滄州之後，迅速奔到固安逼近京師，而這時統帥京軍、邊軍的兵部侍郎陸完卻汽撲啄州，東西相向，背道而馳，京師陷於危急之中。武宗聞報驚恐萬分，急忙召見大學士李東陽、楊延和等討論軍機，親自指劃，令陸完軍馬上回京入衛，兵部尚書何鑒得旨後連夜發出命令，卜萬火急地追回陸完的軍隊。
九月，起義軍在霸州平口與邊軍遭遇，碎不及防，受到很大損失，於是放棄正麵對抗，開始化整為零，以劉六、劉一七為燈的在河北、山東一帶活動，稱“山東軍”，以楊虎、趙隧為灼的在河南一帶活動，稱“河南軍”，並開始采取流動作戰的方式。“山東軍”除了攻劫庫獄、殺掠官吏外，還多次截擊明政府的潛運糧船，卡住了明政府的經濟命脈。“河南軍”則進行了改編整頓，提出了“虎責三千，直抵幽燕之地；龍飛九/I.，重開涸屯之天”的戰鬥口號，矛頭直接指向了明武宗。
這期間，山東、河南義軍在各地攻掠州縣，焚劫府庫的軍報不斷湧人朝廷〔。四川的藍廷瑞犧牲後，其餘部仍繼續戰鬥，九月間有3000多人自陝西漢中流人寧羌州兩縣等地。又有3000多人自廣東、福建流人江西永豐、樂安、新淦等處，攻破縣署，擒其長官。這些紛至遝來的消息使武宗如坐針氈，惶惶不可終日。他痛恨這些守土官員的怯懦無能，不斷下旨痛斥，予以嚴厲處分。
轉眼到了年底，整個局勢仍無重大改觀，起義軍避免與官軍正麵交手，來往奔突於山東、河南、河北等地，逢州破州，逢縣破縣，如蹈無人之境。十一月底，劉六率眾奔回霸州，準備在十二月初一日武宗出郊省牲時劫持武宗。按照明朝的典製，郊祀之前皇帝要親到犧牲所視性，即視察一下祭祀時用的牲畜。當時犧牲所設在天壇，地處南郊，劉六等人想乘武宗這次出城的機會將其一舉捕獲。但事不機密，走漏了消息。
人夜時分，兵部尚書何鑒得到這個報告，連忙自己寫了帖子，送到長安門，遞入大內，又派傳令兵連夜縫出城外，分別趕到通州、良鄉、琢州各地，傳令守備官軍嚴加防範，又派出官軍在南海子、盧溝橋、羊房角三處下營，以保證武宗的安全。這一夜武宗也忐忑不安，方過五鼓，就命司禮監將何鑒召到左順門，詢問是否可以出行。何鑒見調撥已定，敦促武宗盡早出行，以防引起全城上下的不安。起義軍看到朝廷已有了準備，隻好放棄了這次行動，劫持武宗事件雖沒有成功，卻給明廷內外帶來了極大恐慌。
正德七年（1512年）以後，明政府采取了以京軍據守關津要地，以邊軍為主力進攻的方略，使起義軍長期奔馳於道路，得不到給養和休整的機會，部隊消耗很大，一些領袖又相繼在戰鬥中犧牲，到正德七年五月，河南軍和山東軍先後失敗，這場支持了兩年，涉及7個省區的明中葉農民大起義終於結束了。
武宗和他的朝廷渡過了這場動亂，並不是因為武宗真的得到百神祖宗的保佑，主要是因為當時的社會矛盾雖然十分激烈，但還沒有充分的發展，整個統治階級仍是一個整體，還有能力控製國家機器的正常運轉，它可以調動京軍、邊軍以及組織各地方的民兵圍追堵截起義軍。由於在全國範圍內政治、經濟發展的不平衡，這次起義在江南幾乎沒有引起反響，在河南、山東、山西數省也沒有掀起更為巨大的聲勢，因而起義軍處於孤立無援的地位，明政府則能從容地調遣部隊，集中力量，將兩支義軍分別消滅。
在農民起義強大聲勢的壓力下，武宗一改原來荒於政務的狀態，一度表現出前所未有的圖治精神。他親自指劃對農民軍的剿捕方略，采納了不少朝臣在政治、經濟、軍事上的建議，多次下令姆免起義發生地區的通賦，娠濟受災的百姓，力圖緩和社會矛盾。在使用延臣上，武宗前後選任的大學士李東陽、楊廷和、楊一清都是當時頗孚眾望的輔弼之才，梁儲、費宏、蔣冕也還厚正，主持軍事的何鑒、陸完、洪鍾、彭澤均是幹練之人，他們不僅幫助武宗渡過了農民起義這一難關，而且正德王朝一係不絕，也多虧了他們的力量。
正德一朝除不斷爆發、一年數次的流民起義外，再有就是地方藩王的叛亂。正德十四年（1519年）發生在江西的寧王朱衰壕叛亂，與正德五年的寧夏安化王朱真鉻的叛亂相比，不僅規模更大，而且起因也複雜得多。
寧王朱哀壕，弘治時嗣王爵。少年時就野心勃勃，自認為可以成天子之業。正德初年，劉瑾專權，政治腐敗，朝綱混亂，民怨沸騰，朱哀壕把這一切看作發展自己勢力的大好機會，千方百計要恢複寧府護衛。明成祖朱棣在“靖難”之後，不放心各地藩王的勢力，奪回了藩王自己的武裝。朱哀壕以萬兩白銀買通豹房幸臣錢寧等人，終於恢複了護衛權。在以後的幾年中，他不斷招兵買馬，購置戰艦，甚至添購了佛郎機火炮，很快就建立起一支幾萬人的武裝，同時用種種手段，包括強括民田，橫征暴斂，聚斂了大批的金銀財寶，收買了武宗周圍群臣，準備在適當時機廢默或刺殺武宗，乘機奪取帝位。
正當寧王積極陰謀叛亂時，由於他的行徑過於猖狂，朝廷察覺到他的圖謀，就派使臣到江西捉拿寧王赴京治罪，這使得朱哀壕不得不倉促舉兵謀反。正德十四年（1519年）六月，他偽稱奉太後密旨起兵叛亂。一在檄文中，利用弘治末年的“鄭旺妖言案”，攻擊武宗根本不是朱家子孫，“指斥乘輿”，以獲取政治資本。
關於武宗的生母，明代所有官書和一般曆史記載，都指實為張皇後，但武宗剛被立為皇太子，京城裏就出現了“太子非真中宮出者”的謠言，隨即又有流布更廣的“鄭旺妖言案”。據明人陳洪漠《治世餘聞》中記載，因張皇後專寵，六宮不得進禦，孝宗無子，故張後抱養宮女鄭金蓮所生皇子為己子，而鄭氏之父鄭旺由宮內做事的同鄉得知女兒人宮，遂自命為皇親，大肆張揚，終被緝拿人獄。然而這樁關係皇家子嗣的重大案件，孝宗卻是異乎尋常地寬大處理，竟將鄭旺釋放了。正德二年，鄭旺仍堅持稱他是皇親，再次被捕。這時已即位的武宗，為維護他嫡長子承繼大統的地位，自然嚴懲不怠，下詔處死。武宗是否為宮人鄭氏所生已成疑案，但寧王起兵後，南京兵部尚書喬宇將獲得的哀壕討伐檄文、榜文兩件奏交朝廷，被武宗扣壓，未予公開，隨即傳出旨意：“孔工係哀壕片紙隻字，不許輕遞，即行燒毀。”可見武宗對於自身來曆問題也異常敏感，諱言極深。
六月十四日，寧王朱哀壕在王府宴席上，殺死都禦史孫隧、按察司副使許透，宣布革除正德年號，傳檄聲討武宗，先後攻占了九江、南康，然後直撲安慶，準備以最快的速度拿下南京，登上皇位，但卻被提督南贛軍務都禦史王守仁襲取了他的老家南昌。王守仁，浙江餘姚人，字伯安。弘治進七。因曾講學陽明洞，人稱陽明先生。創心學，以為心是天地萬物之主，心即理，心外無物，心外無理；又以知行合一致良知為標幟，以存天理，滅人欲為指歸。世稱王學、姚江之學。朱衰壕平素敬仰這位理學家的聲名，竭力拉攏以抬高自己的聲望，然而王守仁對他在江西的所作所為一早有覺察，所以寧王起兵後，他很快召集南贛各州縣的武裝力量，兵力達8萬人左右，與寧王的兵力不相上下。朱哀壕頓兵堅城安慶之下，又失根據地南昌，陷於進退兩難的困境，隻得回師救援南昌。此時寧王部眾已然人心渙散，一觸即潰，在樵舍與吉安知府伍文定的部隊相遇，遭火攻損失慘重，王妃婁氏及眾妃殯皆投水而死，朱哀壕被俘。他這次叛亂，從舉兵到7月26日被俘，前後不過43天。
4.迷戀巡遊飲恨黃泉
劉六、劉七起義才結束一個多月，武親又故態複萌，重操舊業。他不顧當時國乏民貧的情況，下詔增修豹房200餘間。他尋歡作樂時總要有幾個幫手，這次引導武宗的是大同遊擊江彬。
江彬，宣府人，原是蔚州衛指揮金事，正德六年，跟隨總兵官張俊人調中原，鎮壓劉六、楊虎起義。曾在薊州殺一家無辜20餘口以冒功，竟然得賞。後在淮上作戰時身中3箭，其中1支射中麵頰貫出耳後，他拔出箭頭繼續戰鬥。河北農民起義失敗後，邊軍回防，他通過賄賂錢寧得到武宗召見。武宗察看了他的箭傷，對他的勇猛大為讚歎，命其留在身邊。江彬身材魁梧，剛強有力，又精於騎射，遠比武宗身邊那些柔弱的宦官軍士強壯得多。談到軍旅之事，更是口若懸河，滔滔不絕。這使從小生長在深宮而又愛慕武事的武宗皇帝大開眼界，當下摧為都指揮金事，出人豹房，與武宗形影不離。江彬也確實有些功夫，一天，武宗搏虎為戲，叫錢寧幫忙，錢寧畏縮不敢向前，老虎逼向武宗，幸虧江彬及時趨撲過來，這才解圍。從此，江彬更加得到武宗的寵信，被賜以國姓，認為義兒，招權納賄，無惡不作。武宗死後，太後下詔令碟江彬於市，籍其家，“得金七十板，銀二千二百櫃，隱匿奏疏百餘本，珠玉珍寶無算”。
得到江彬這樣的軍事參謀，武宗操練軍馬的興頭更足了。江彬為了加強自己的地位，向武宗建議說邊軍曉悍勝過京軍，不如互調操練，想借機把邊軍調人京師。武宗點頭應允，卻遭到朝臣們的普遍反對，閣老李東陽上《十不便疏》，堅決抵製將邊軍調人京師，武宗無奈，親自來到乾清門上，坐等內閣將命令發出，而東陽則堅決不奉詔。武宗隻好徑自發下詔旨，調邊兵入衛，令京軍更番戍邊。李東陽再次提出辭職。李東陽，字賓之，茶陵人，少兒時即以神童聞名。18歲中進士，弘治八年（1495年）人內閣，工古文詩詞，名冠天下。劉瑾用事，閣老劉健、謝遷被趕回老家，東陽獨留內閣，委蛇其間，雖做了不少拾遺補胭的工作，但也頗遭物議。劉瑾倒台後，李東陽多次以年老多病要求辭職，武宗均以時事多難堅辭挽留，此時見農民起義的風波已過，東陽又不聽命，乃下旨允其所辭。
邊軍的到來使武宗操練軍馬的次數更頻繁，形式更多樣武宗令江彬率領邊軍中精銳為一營，自己親率宦官中精於騎射者為一營，每日晨夕出操，呼喊聲、炮聲傳遍京城九門，軍士們身穿顏色鮮豔的戎裝，持著各種銳利的武器，在武宗眼前列隊走過，斑斕的服裝、軍器的寒光與宮牆的色彩交相輝映，猶如一匹匹錦緞在波動，武宗因命名曰“過錦”（軍士們不管裏麵穿著多麼漂亮的衣服，也要在外麵罩E.一層黃冠甲，以表示對武事的堅定愛好，後來市井細民也紛紛仿效，當時稱為“世裝”，武宗出外巡遊，就連督炯侍郎、巡撫都禦史這些封疆大吏也都身著此裝見上。軍官們還在遮陽帽上插上用靛染過的天鵝翎作為高貴的裝飾，最貴者3支，次之2支。武宗與江彬皆戎裝罩甲，聯騎而出，旁人都分不清哪個是武宗，哪個是江彬。
江彬的得寵引起了另一個人的妒嫉，這便是把江彬介紹給武家的錢寧。錢寧本是太監錢能的家奴，冒姓錢，正德初年以事劉瑾得接近武宗。錢寧為人機警狡猾，普力過人，能左右開弓，被武宗喜愛，賜國姓，封為義子，典詔獄，所言武宗無不聽從。豹房、新寺都是他提議修建的。武宗在豹房吃醉了酒，就枕著錢寧睡覺。百官等候朝參，隻要看到錢寧來到，就知道聖駕將臨。劉瑾之後，錢寧最得寵。江彬的到來使錢寧的地位受到影響，故錢寧憤憤不平。
江彬也敏銳地覺察到錢寧的不滿，見武宗周圍盡是錢寧黨羽，江彬感到如芒刺在背，心中惴惴不安。於是他利用伴侍武宗的機會，多次向武宗誇耀宣府樂工中的婦女如何美麗多姿，勸武宗親赴宣府，馳馬疆場，領略一下邊塞生活，借此使武宗脫離錢寧的控製，同時也可以衣錦還鄉，誇耀故裏。這個建議正投武宗所好，這位禦宇已達11年的皇帝還從來沒有出外遠行過，他對於自己統治下的這片遼闊國土的了解隻是從守臣們的奏疏中略知一二，他很想去看一看江彬所描繪的那種千裏馳騁，萬裏狼煙的壯闊場麵，借此擺脫廷臣那些喋喋不休的勸誡和各種各樣的限製。而且宣府、大同接近蒙古，還可以在此炫耀一下自己的武功，這對於一個好騎射、好武事的青年皇帝極具吸引力，更何況那裏還有如花似玉的女樂呢！但武宗心裏也明白，實行這項計劃必然要遭到廷臣們的強烈反對，還要等待時機成熟，因而，遠行一事被暫時擱下了。武宗雖春秋鼎盛，卻無子息，於是廣畜義兒養子，江彬、錢寧、許泰等人都是武宗義子，還為此專門設置了義子府。武宗周圍的侍從隊伍也不斷擴大，爵賞泛濫，冗官劇增，京師中的一些勢要之家以及市井無賴紛紛投充其中，或坐冒軍功，或係籍勇士，形成“錦衣如林”的情形，浪費了大量錢糧。武宗還屢興大役，建太素殿，侈華無比，又修乾清宮、禦馬監、鍾鼓司、豹房、新庫、火藥庫等，耗費巨萬，戶部、工部叫苦不迭。戶部主事戴冠提出意見，希望武宗節製冗食的官員、侍從，發揚王者無私之義，將劉瑾被籍沒後貯於豹房的家財拿出以助軍需，解決政府的燃眉之急。武宗見疏大為惱火，下旨將戴冠滴為廣東烏石釋承。政府無錢，武宗又不肯出錢，倒黴的自然是天下的百姓。正德九年（1514年）十二月，武宗下令加天下賦100萬兩白金，自是以後，各地官員催科斂賦，百姓更加陷人苦難之中。