6.用兵陝甘
太平天國革命失敗後，撚軍在中原一帶非常活躍，其首領張宗禹、任化邦與太平軍餘部賴文光聯合抗清，1866年10月23日，義軍在河南許州（今許昌市）分為東西兩支。賴文光、任化邦率留在中原地區堅持鬥爭，是為“東撚”；張宗禹。張禹爵挺進西北，“往接回眾”，是為“西撚”。東西撚軍馳騁中原，屢挫清軍。於是清廷調能征善戰的左宗棠為陝甘總督，前往鎮壓西北撚軍和陝甘回民義軍。
同治五年十一月初十日（1866年12月16日），左宗棠從福州出發，準備經江西、湖北、河南到北京“陛見”，但撚軍越秦嶺，占華州（陝西華縣），酉安震動，清廷令左宗棠即刻直赴陝甘，幾天後，左又接到第二道“上諭”，令他速赴陝西，督飭軍旅，兩天後，左又接到迅速人陝的詔諭。10天之內，在連接三奉催促赴陝之諭，可見清廷對撚軍的懼怕之情和對左宗棠的期望之深。左宗棠最初打算帶6000精兵入陝，但戰局的變化，使他在原來6000人基礎上再募6000人，合成12000人，再另調高連升一軍從廣州北上“護駕”，用以應付時局之需。
一路上，左宗棠苦苦思索對付撚軍良的策。1867年1月28日經過湖北黃州時，他特地致書居住監利的老朋友王柏心，邀其會麵於漢口王柏心曾做過林則徐和前陝甘學政羅文俊的幕客，對陝甘一帶了若娟掌，左與他在張亮基幕府共事，知其工於心計，他這時雖蟄居家中，卻密切觀注時局變化。左詢以關隴山川形勢，用兵次第及時務所宜先者，王柏心悉心先知，謂撚軍機動靈活，兼善用騎，最為難製，因而應以先滅撚軍為急務。
於是，左宗棠製定了“先滅撚再圖回，先定秦再安隴”的戰略方針。戰術上，為對付撚軍的縹悍騎兵，左宗棠熱衰建立一支強大的騎兵，用以對付撚軍，可追搜陝甘，也隻搞到處對匹戰馬，這樣弱小的騎兵，遠不能與3萬撚軍鐵騎爭鋒。在這種情況下，左宗棠認為，隻有盡量發揮火器的威力，也許可以取勝。每營增設短劈山炮38尊安於戰車，洋槍則加至六成，以火力的優勢彌補所部機動性不足的劣勢。
1867年1月23日，西撚軍在西安浮橋的十裏坡大敗清軍，立斬陝西巡撫對蓉部大將肖德揚、楊德勝等，陝西清軍主力潰不成軍，西撚軍乘勢包圍西安，強攻猛打，陝西土紳一日數驚，夜不能睡。清廷急令兩江總督曾國藩火速增援。曾國藩急派大將劉鬆山帶步兵十七營馬不停蹄趕到西安，惶恐不安的西安官紳頓時象有了一個主心骨。
1867年3月28日，左宗棠率隊從漢口啟程赴陝甘，東撚軍隨之而到，先是在漢水東岸尹隆河地區將淮軍劉銘傳部擊潰，後在新水六神港擊斃鄂軍記名藩司彭硫橘，使左宗棠不能即刻人秦。東撚軍棗陽人河南後，左宗棠分兵三路人秦，可惜過函穀關時，山洪暴發，輜重損失過半，士兵感染時疫，死傷慘重，到7月中旬，三路大軍才全部人秦。
8月26日，西撚軍在其首領的帶領下進人陝西，經鹹陽、興平再北上乾州、難泉，10月8日，左宗棠渡渭河親赴徑西，召集劉典、劉鬆山、郭寶昌、高連升、黃鼎等高級將領開會，決定幾路兵馬合圍，全殲西撚軍。10月24日，西撚軍北趨白水，突破包圍圈，進人北山。
11月3日，西撚軍一部北過部州（今富縣）複折東南，走宜川，另一部西趨聯合隴東回民義軍猛撲同官、耀州（今耀縣），左宗棠分兵追剿，11月14日，左宗棠、劉鬆山卻在黃陵遭到司官回民義軍伏擊，李祥和被擊斃。11月17日，撚軍克延川，攻清澗，占綏德。隴東、沂陽回民義軍圍攻沂陽、隴州（隴縣），西撚軍自南向北，回民義軍從西向東，互相支援，使左宗棠有點防不勝防，他寫信對友人道出了自己無奈之情：“弟晝夜籌調軍食，須發為白，究於大局無能為力，愁恨何言。”
12月初，西撚軍首領張宗禹接到東撚軍首領賴文光的求援信，遂采取“圍魏救趙”之策，渡河而東，出彰德、懷慶，逾大名，插入清王朝的腹心田輔三地，以解撚軍之圍，12月18日，西撚軍渡過黃河，進人山西，清軍劉鬆山、郭寶昌亦尾追過河，清廷因左宗棠鎮撚不利，“著交部嚴加議處”。左宗棠很焦急，立即把陝西軍事委托劉典、高連升辦理，自己親率5000人人晉指揮追剿。
西撚軍東渡黃河後，以秋風掃落葉之勢，攻克吉州，然後分兵三路，經曲沃抵垣曲，沿王屋山進人豫北，後人臨漳、內黃，渡漳河，人平鄉、巨鹿，進邯鄲、順德，取定州，北逼保定。1868年2月6日，西撚軍進人易縣附近，前鋒已抵蘆溝橋，京城震驚，左宗棠大驚失色，連夜督軍昌雪追剿，而剛剛鎮壓了東撚軍的李鴻章也率淮軍北上，各地也紛紛舉兵“勤工”。當時的形勢對西撚軍非常不利，由於東撚軍在揚州附近覆滅，因而深入華北的西撚軍已是孤軍奮戰，因眾寡懸殊，難以抵敵，遂不得不撤軍南返，輾圍活動於冀中地區。
為了全殲撚軍，左宗棠建議將各地集結於直隸的清軍分為“近防之軍”（拱衛北京），“且防且則之軍”（分駐保定。天津，一麵做北京的屏障，一麵呼應其他友軍）和“進剿之軍”，（跟蹤追擊之軍）清廷采納了左宗棠的建議，各路清軍遵旨行動，在安平、塗澤兩敗撚軍，3月16日，在饒陽縣幼沃王張禹爵、懷王邱德才殉難。西搶軍衝破清軍防線，越遊淪河，渡漳河，人河南，後經山東人直隸，直逼天津，清政府將北京戒嚴。隨後西撚軍沿海濱南下，重返山東。酉撚軍陷入清軍重重包圍中，廣大撚軍戰士奮力作戰，往來自如，對此，清政府惱怒萬分，限期一個月要左宗棠、李鴻章剿滅撚軍。一個月後，撚軍運動自如，“剿滅撚軍”還是沒能如願，清政府下旨將左宗棠、李鴻章“交部嚴加議處”，並派滿員都興阿為欽差大臣，指揮豫軍張曜、宋慶部和陳國瑞等軍。各路清軍之間矛盾重重，事權不一，大大削弱了戰鬥力。左宗棠對此不為惱頭，他說：“撚事本可早藏，而數百裏之內，大臣三、總督一。巡撫三待郎二、將軍一，而又以邸營加之，稟命專命均有不可，束縛馳驟奚以為功？”對清廷削減他兵權一事也流露出不滿之意：“所部僅馬步五千，其所帶之秦軍如劉（鬆山）、郭（寶昌）、皆視賊所向，晝夜追剿，未嚐一日體息，前此總統之張（曜）、宋（慶）、陳（國瑞）三提軍及春（壽）副都護之吉江馬隊，已遵旨交李少荃宮保矣，計敝軍人馬合計不過一萬九千餘，僅足當一大統領之數。”盡管內心不滿，因自己“剿撚”無功，也隻得作罷，“所事無成，何敢多騰口說？計惟有盡心幹去，委曲求濟而已。”
西撚軍采用機動靈活的運動戰，牽著10萬清軍的鼻子跑。使其疲於奔命，於是，李鴻章上疏清廷，請設長圍以困撚軍，但左宗棠認為地長兵分，恐難實行，李鴻章不顧左宗棠的反對，以運河為基點，引黃河水人運河，調水師炮船巡邏，以阻止西撚軍渡運向酉，北以減河為防線，引運河之水人減河，並築長牆於北岸，由崇厚采天津洋槍隊及民團扼守，以防酉撚軍北上，南靠黃河為險，封鎖所有渡口，將船隻一律調到南岸由地方官吏帶兵扼守，阻止西撚軍南下，東麵為大海，禁止漁船下海，以防西撚軍從此渡海。從而使西撚軍活動範圍局限於狹窄地帶。且直隸東部的豪紳紛紛組織民團、築堡修寨，更使西撚軍籌糧和住宿均難解決，加之陰雨彌月，海河、漳水、運河彙成澤國，戰馬不能任意馳騁，西撚軍的機動性完全喪失，局勢窘迫。
七月下旬，西撚軍在沙河受到淮軍郭鬆林、潘鼎新部前後夾擊，將士死傷慘重，張宗禹負傷。8月14日，西撚軍在聊城南麵的李海務、周家店等處企圖過河，因受到淮軍大炮轟擊，未果，隻得東撤。8月16日，張宗禹在在平縣廣平鎮指揮酉撚軍向東北方向撤退時，遇到淮軍的四麵截殺，傷亡很大，張宗禹率少數人突出重圍，至徒駭河邊，不知去向。
西撚軍鎮壓下去後，清廷“論功行賞”，左宗棠加太子太保，他以追剿無功，請求撤去封賞，清政府未允。8月30日，左宗棠準備“自陳衰病乞罷，專辦秦隴屯田之事”時，清廷發出詔諭，命他率部人陝，鎮壓回民義軍。9月25日，左宗棠至北京“人覲”，9月30日，慈安、慈禧兩太後召見了他，她們詢問他陝甘問題到什麼時候可以解決，他謹慎地回答：“非五年不辦。”
1868年10月，左宗棠返回陝西，決定耕戰結合、剿撫兼施，首先在西北大辦“屯田”，解決軍糧問題，他把“軍屯”與“民屯”二者相結合，反對掠奪性的強征攤派。他說：“一意籌辦軍食，何從顧及百性，不知要籌軍食，必先籌民食，乃為不竭之源。”他對當地回民同樣分給土地、耕牛、種籽，使其安心耕獲，然後再按時價購買餘糧，以充軍食。其必須給賑