馮太後使拓跋丕為驃騎大將軍，總管天下各路軍馬。又頒下懿旨，對乙渾舊部皆不追究，令各將仍領其職，把守邊關，同時命拓跋曇、拓跋子推、拓跋新城、拓跋天賜、拓跋小新城五位皇叔率大軍返回封地，靜候朝廷獎賞。
乙渾舊部本皆忠勇之士，隨乙渾南征北戰，俱都立下戰功。他們雖然為乙渾部下，卻對皇帝忠心無比。乙渾調動他們，壓根沒人知道乙渾是有謀反之心。見乙渾被誅，拓跋曇、拓跋子推、拓跋新城、拓跋天賜、拓跋小新城五位皇叔帶大軍壓境，俱都心下驚恐。
乙渾舊部俱各驚恐，思乙渾謀反，其必受株連之罪。各將領為拓跋曇、拓跋子推、拓跋新城、拓跋天賜、拓跋小新城五位皇叔領大軍牽製，互相之間不得聯絡。乙渾舊部思之，欲保性命，唯有與各位皇叔殊死一戰，以突破重圍，投奔北方柔然或南朝劉宋。
正在他們被圍困之機，忽太後懿旨傳到軍營，在懿旨中表彰各位將軍勞苦功高，俱為大魏忠勇之臣，與乙渾謀反並無關係，故太後降詔，令各將領依舊領兵鎮守邊關，各安其職。乙渾舊部絕處逢生，俱感太後大德，各各上表言忠於朝廷。
馮太後解決了兵變之患，保留了中央政權的實力，不使諸候王力量過分壯大，北魏的天下基本安定。馮太後下一步的策略是控製朝臣，令朝臣盡為太後所用。
於文成帝、馮太後及獻文帝有恩的重臣，平原王陸麗為乙渾矯詔騙入京城所殺。當初假獻計於乙渾，實欲保住陸麗司衛監穆多候也因為陸麗不聽其勸阻，陰差陽錯導致陸麗被乙渾所害而自刎。馮太後感其恩，決定重用陸麗之子陸定國。
陸定國是平原王陸麗的長子，文成帝在陸麗的擁戴下當上皇帝時，他還是嬰兒。文成帝龍駕親臨陸麗府中時，看到陸定國長得甚為可愛，心中頗為喜歡，便下旨把陸定國送到宮中撫養。
後來文成帝拓跋濬的皇長子拓跋弘出生了，陸定國象哥哥一樣，從小就和皇長子拓跋弘一起玩耍、讀書。拓跋弘繼位為獻文帝，乙渾被誅後，馮太後封陸定國為東郡王，不久任為殿中尚書，掌管禁宮內外宿衛禦林軍。這陸定國和他父親陸麗一樣，忠於拓跋氏和太後，封為殿中尚書後，自是盡心盡力，不敢怠慢。馮太後如此安排，皇宮的安全便有了保證，不再擔心朝中有乙渾的餘黨伺機作亂。
馮太後雖把拓跋丕升為驃騎大將，那隻不過是權宜之計。拓跋丕年邁，且才能並無過人之處。太後封其為驃騎大將軍，隻為念其誅殺乙渾有功，同時用年邁並不強勢的拓跋丕來統領軍隊，也能起到安撫乙渾舊部的作用。
但北魏腹背受敵，僅施仁政還是不能保障北魏的安危。於是，馮太後便把隴西王源賀調回京城，升為太尉。太尉一職，有權調動天下軍馬，位居三公之首。馮太後廢了乙渾矯詔自立的丞相一職，恢複三公互相製約的局麵，源賀便成了太尉的最佳人選。