後來金國使者劉□出使南宋，很好奇地問接待的官員說：“嶽飛以何罪而死？”南宋接伴官回答：“意欲謀叛，為部將所告，以此抵誅。”劉□根本不信嶽飛會謀反，嘲諷地說：“江南忠臣善用兵者，止有嶽飛，所至紀律甚嚴，秋毫無所犯。（劉邦）所謂‘項羽有一範增而不能用，所以為我擒’。如（嶽）飛者，無亦江南之範增乎？！”（《坦齋筆衡》）就連金國使者都忍不住要為嶽飛鳴冤。
鄂王墓上草離離，秋日荒涼石獸危。
南渡君臣輕社稷，中原父老望旌旗。
英雄已死嗟何及，天下中分遂不支。
莫向西湖歌此曲，水光山色不勝悲！
——元·趙孟□《嶽鄂王墓》
在中國曆史上，嶽飛被殺已經不僅僅是單純的個人事件。千百年來，對嶽飛無辜遇害根源的討論層出不窮，因此而產生的各種文章更是可以達到汗牛充棟的地步。世人多認為宋高宗對嶽飛產生殺機是因為立太子一事。起初，宋高宗為躲避金人，從揚州逃跑時受到了嚴重驚嚇，從此失去了生育能力。而他唯一的兒子趙旉也於三歲時患病臥床，剛巧宮女進屋服侍時，不小心踢倒了一隻金爐，突如其來的響聲驚嚇了病中的趙旉，結果導致病情加劇。不久，趙旉便重病而死。這父子二人的命運都跟驚嚇相連，由此也可以看出南宋建國之初，局勢是何等的不穩定，而金人洗劫後的中原，在相當長的時間內都沒有恢複元氣。
宋徽宗死在金國後，金人不斷放出風聲，說要把宋欽宗或其子趙諶送回汴京（開封），冊立為宋帝。金人此舉，無非是要故意擾亂南宋朝廷和時局。在這樣的情況下，南宋朝廷冊立太子便成為十分必要之事。但對宋高宗來說，卻有難言之隱，倘若公然立養子趙伯琮為太子，無異於公然在天下人麵前暴露其不能生育的事實。此人自私的天性，讓他凡事都要自己的利益為出發點，是以始終在立太子一事上遲疑不動。群臣深知宋高宗心理，大多沉默不言。
事隔不久後，金人果然將宋欽宗的兒子趙諶送到汴京作了傀儡皇帝。嶽飛得知消息後，立即趕到建康上奏，建議宋高宗速立趙伯琮為太子，以挫敗金人的陰謀。不料宋高宗當即駁回了嶽飛的奏章，並說：“卿言雖忠，然握重兵於外，這類事體並不是你所應當參預的。”言語中已經透露了皇帝強烈的不快和殺機。宋朝自立國以來，規定武將不得幹預朝政，此次嶽飛無異觸動了忌諱。這件事，被認為是嶽飛後來非死不可的根源之一。正如張戒在《默記》中所說：“（嶽飛身為大將）而越職及此，取死宜哉。”
實際上，立太子事件隻是一個表麵的契機，嶽飛遇害還有兩個更深層的原因。
一是嶽飛因其家鄉湯陰淪陷，與金人有家仇國恨，因而一直力主抗戰，北伐收複河北故土，並直搗黃龍，迎回宋徽宗、宋欽宗。然而一旦宋徽宗、宋欽宗歸來，宋高宗該如何自處？皇位是不是還保得住？所以紹興十二年宋金議和時，宋高宗隻要回了他的生母韋氏，根本沒有兄長宋欽宗一句。正如明人文徵明在《滿江紅》中所吟：“豈不念，中原蹙？豈不惜，徽欽辱？但徽欽既返，此身何屬。千載休談南渡錯，當時自怕中原複。笑區區，一檜亦何能？逢其欲！”這不但是嶽飛被害的原因，也說明真正要殺嶽飛的人是宋高宗，秦檜不過是適逢其欲而已。