何鑄聽了很是痛心，歎息說：“強敵未滅，無故戮一大將，失士卒心，非社稷之長計。”秦檜大怒，改命萬俟卨審訊。嶽飛曆來鄙視萬俟卨為人，萬俟卨正好挾私報複。嶽飛等坐獄兩月，秦檜、萬俟卨仍找不到任何證據，但還是要以謀反罪處死。大理寺卿薛仁輔、寺丞李若樸、何彥猷皆言嶽飛無罪，認為隻能判嶽飛兩年徒刑。
一直以明哲保身為原則的韓世忠也忍無可忍，質問秦檜嶽飛到底犯了何罪。秦檜回答說：“飛子雲與張憲書雖不明，其事體莫須有。”韓世忠悲憤地說：“相公，‘莫須有’三字，何以服天下乎？”他見事情不可挽回，對南宋朝廷徹底絕望，從此隱居於西湖，每日以飲酒縱遊為樂，不再問政事，十餘年後死去。臨終前，對看望他的人說：“吾以布衣百戰，致位王公，賴天之靈，保首領沒於家，諸君尚哀其死邪。”對嶽飛遭秦檜陷害一事猶念念在心。
關於嶽飛的罪名“莫須有”三字的意思，曆來眾說紛紜：有人認為是“或許有”；有人認為是“肯定有”；有人認為是“難道沒有嗎”（李敖先生看法）；有人認為是“不需要有”；有人為是“一定是有的吧”；有人認為是“不見得沒有”；還有人認為是“有自然有，你卻沒資格問”（啟功先生看法）。這裏略談一下作者自己的看法。在中國曆史上，嶽飛和於謙兩案性質一致，時常被相提並論，因嶽飛的罪名是“莫須有”，被人稱為三字獄；於謙的罪名是“意欲”，時人稱為二字獄。由此可見，“莫須有”更接近“意欲”的意思。這一點，從後麵講到的南宋接伴官回答金國使者劉祹的問話也能進一步得到證實。
紹興十二年（1142年）十二月二十九，秦檜在家一邊吃著柑子，一邊想著嶽飛的案子，臉上是一副令人捉摸不透的表情。妻子王氏從旁說了句：“縛虎容易縱虎難。”由此終於促使秦檜下定了決心，“手書小紙付獄”。萬俟卨受命後，最後一次提審嶽飛。嶽飛知道最後的時刻到了，隻在供書上寫了八個大字：“天日昭昭！天日昭昭！”
本來秦檜是判處嶽飛論斬，張憲論絞，嶽雲論徙（流放），起碼還是留了嶽雲一條性命。但宋高宗看過後卻立即下旨：“嶽飛特賜死（賜毒酒留全屍），張憲、嶽雲並依軍法施行，令楊沂中監斬。”此時，宋高宗早已經忘了他曾經手書“精忠嶽飛”製旗賜給嶽飛。隨後，嶽飛被毒殺於大理寺風波亭（現浙江醫科大學內），時間剛好是除夕夜。一闕《滿江紅》，震古鑠今；一葉風波亭，天地同泣。嶽雲、張憲同日被斬首。這也是宋高宗第三次違背宋太祖誓約殺人。
嶽飛軍中一些將校被罷免，嶽飛得力部將牛皋後來（1147年）也被秦檜派人毒死。這樣，整個嶽家軍核心人物蕩然無存，群龍無首。嶽飛家產被籍沒，家屬都被發配往廣南、福建路居住。一些大臣也受到了牽連，支持嶽飛出兵的李若虛、為嶽飛鳴冤叫屈的薛仁輔等官員都被免官流放，而附和秦檜陷害嶽飛的萬俟卨等都得以升遷。值得一提的是樞密使張俊，他積極奉迎宋高宗和秦檜，參與了陷害韓世忠、嶽飛，本以為可以保全自己的地位。不料他也是武將，宋高宗對他並不放心，不久就被罷免。
嶽飛二十歲從軍，三十九歲遇害，將其一生中最寶貴的年華都奉獻在抗金的戰場上，因而成為中國曆史上著名的民族英雄。他不但戰功赫赫，其堅決抗戰的鬥誌和勇氣更是極大地鼓舞了中原人民的抗金鬥爭。嶽飛之死引起廣大人民的悲憤，“天下聞者，無不垂淚；下至三尺之童，皆怨秦檜”。出使金國被扣留在金的宋使臣洪皓寫回密信說，金人聽說嶽飛被殺，爭相擺酒慶賀。
洪皓，字光弼，饒州鄱陽（今江西波陽）人，少有奇節，慷慨有誌。政和五年（1115年）進士，初入仕途時，正是階級矛盾與民族矛盾最尖銳之時。建炎三年（1129年），金軍大舉南侵，迅速攻占了華北、山東大片土地，但其最終目的是要捉獲宋高宗。宋高宗一路奔逃至建康府（今江蘇南京），任命洪皓為徽猷閣待製、假禮部尚書，出使金國求和，表示願去尊號、正朔，比於藩臣，想以求和來緩解金人的追擊。洪皓一行到達太原就被金人拘捕，押送到雲中（今山西大同）後，金軍統帥完顏宗翰愛惜其人才，強迫他到金國傀儡政權劉豫下做官。洪皓嚴辭拒絕，完顏宗翰惱羞成怒，將其流放到冷山（今黑龍江哈爾濱北）。那裏氣候寒冷，生存條件極為惡劣，金人想以此來消磨洪皓的意誌，迫使他屈服。但洪皓含辛茹苦，始終矢誌不移，忠貞不屈，還做了近千首詩，表現了強烈的愛國熱情。紹興十年（1140年），金國內訌後不久，洪皓被遷到燕京（今北京）。金熙宗賞識其才華，欲授為翰林直學士，被洪皓拒絕。留居燕京期間，洪皓冒著生命危險，屢次派人密奏金朝政情，力言和議非計，希望朝廷興師北伐、恢複中原。一直到紹興十三年（1143年），金熙宗因為宋稱臣納貢及得皇子而大赦中外，才放洪皓回國。此時，洪皓已經身陷金國十五年，宋高宗稱讚他雖蘇武不勝過。即便如此，後來洪皓因主戰得罪了秦檜，依舊受到排擠。洪皓博學強記，全節歸宋後，複述在金見聞為《鬆漠紀聞》，紹興二十五年（1155年）病逝，時年六十七歲。