（二）管理層認識不到位，缺乏內部溝通
目前，企業管理層對稅收內控的認識還停留在初級階段，狹隘的認為稅收內控就是些製度、文件，而這些東西隻是財務部門的事情，與管理層並無太大關係，更談不上與公司全體職工有什麼關係，從而導致企業的稅務管理權責不清。而且由於管理層對稅收內控的重視程度低下，再加上無法保證信息溝通通暢，使得企業在稅務管理中經常出現“真空”地帶，發生浪費資源和決策失誤的情況。
（三）稅務管理不規範，各項製度執行不力
目前，很多企業財務預算的製定、審批都流於形式，雖然也是先由總經理辦公會審批，再以正式文件的形式下達，但實際上，由於企業決策層缺乏具有財會專業背景的人員，為稅收內控留下了隱患。而且在現有製度規定中存在職責不明、管理權限交叉混雜等情況，導致稅務管理的各項製度在實際執行過程中缺乏有力的監督和獎懲機製。
三、加強企業所得稅稅務內控的對策分析
（一）完善公司治理結構，優化組織體係建設
依照工作範圍和職能合理進行組織結構的設置，不同部門之間要相互協作和相互製約，為稅務內控的良好運行創造先決條件。在企業的內部，應當適當提倡各部門間的本位主義，雖然這可能降低公司運作的效率，但是從整體來看，恰恰會因為各部門間的合同協作，反而能促進企業健康、持續的發展。
1.加強業務層麵所得稅稅務內控的建設。企業所得稅的管理與日常經營的方方麵麵都是密切相關的。所以對於日常業務層麵的控製監管有利於企業的發展與進步。（1）采購與銷售管理製度。除訂單外的采購合同訂立，企業會計、稅務主管應該時時對單據進行審核，監督並且規避不必要的風險，從而有效減少企業的稅務損失。由於目前銷售模式多樣，企業負責人、主管稅務工作的人員應參與到銷售模式的經營決策過程中，從而擴大公司的稅務收益。（2）企業的生產管理製度。企業主管稅務的人員應當對生產管理中的存貨流通狀況進行實時追蹤，以了解與企業所得稅相關的各種情況。（3）企業的科技研發管理製度。對大多數高新技術企業而言，研發工作貫穿於企業發展的始終，用新產品、新技術去贏得自身產品的定位，對企業是至關重要的。新企業所得稅法給予了研發活動相應的鼓勵政策，企業可以通過對研發費用和項目的規劃、執行與計量，來獲得所得稅在相關領域的稅收優惠。（4）企業的費用控製。在新企業所得稅法下，對業務招待費的處理和審批權限方麵應合理控製和規定，縮小批準的權限範圍。有效地抑製其他費用的支出，可對費用的控製起到明顯的效果。
2.加強會計核算層麵所得稅稅務內控的建設。由於稅法與會計準則對具體涉稅事項規定不一致，目前稅務內控主要應立足於對兩者的協調來實現對所得稅的有效控製。具體包括：（1）製度的建立。首先規範企業的財務管理製度。其次改進發票管理的辦法，從而使會計信息在保證可靠性的同時，能夠提升所得稅稅務內控的管理水平。（2）會計的核算。在會計核算期間，必須按照企業會計準則的相關要求，進行會計要素的確認、計量與記錄。（3）納稅調整。在履行納稅義務的同時，要嚴格按照稅法的要求對會計處理與稅法規定不一致的地方進行調整，以符合稅法的相關規定，從而完成納稅義務。
另外，在核算所得稅業務時，應當使以下不相容的職責相互分離：稅務資料和納稅申請表的的準備、審查與審批；財務印章的保管以及發票的購買與保管；稅務規劃的製定、審核與實施；稅款繳納劃撥憑證的填製和審核與批準；稅務內控程序的執行與其執行有效性的審查和評價。
（二）加強信息溝通，提倡稅務溝通常態化
1.稅務資料書麵化。為了能夠更好地規範工作標準，包括稅務工作底稿在內的所有的稅務資料均需以書麵形式反映，以此提高包括企業所得稅在內的稅務管理工作規範水平，並根據公司會計檔案的保管期限來進行歸檔保管。這一措施不僅能夠促使經辦人員審慎、全麵地進行稅務籌劃，而且還能增強其可驗證性。