陶淵明選擇桓玄，從某種意義上來說也是合乎情理的。
陶淵明37歲到桓玄幕府，不久又因母親去世，回家奔喪。
這一年，孫恩幾次進攻建康均被劉裕打敗。桓玄的勢力越發大了，他已經占據大半晉國。第二年，朝廷派兵討伐他，桓玄進攻建康，劉牢之先是投降，後又密謀反叛桓玄，因事泄密自殺。桓玄改元大亨，劉牢之舊部將領大半被殺，劉裕卻受到桓玄的欣賞，被封為扶軍參軍。桓玄在402年接受晉帝禪讓，即皇帝位，國號楚，晉安帝被稱為平固王，遷往潯陽。陶淵明此時正在潯陽居喪。
陶淵明居喪的第4年，即公元404年，劉裕起兵討伐桓玄，3月占領建康，桓玄退至潯陽，把晉安帝帶到江陵。5月，桓玄戰敗被殺，第二年，晉安帝回到建康。
陶淵明是否一定希望桓玄把江山坐穩當呢，沒有人真正知道。
桓玄的失敗，陶淵明一定感到惋惜嗎？
有一點應該肯定，桓玄之死，從某種意義上來說，破滅了陶淵明心裏的希望，他心灰意冷。且看看他的《擬古·之九》，也是最後一首：
種桑長江邊，三年望當采。枝條始欲茂，忽值山河改。
柯葉自摧折，根株浮滄海。春蠶既無食，寒衣欲誰待！
本不植高原，今日複何悔。
四
陶淵明41歲以後終於醒悟，作《歸去來兮辭》。
公元404年，桓玄死時，陶淵明40歲。子曰：“四十而不惑”。
對於飽經世變和風波的陶淵明來說，40歲已經進入思想成熟時期了。他寫的《枯木》就是理智的反省。他在反省什麼呢？
其實現在，他心裏依然矛盾著，這種矛盾不單單來自他的思想，重要的是現實。對於出仕與隱居的選擇，顯然，現在出仕已經沒有什麼積極意義了。然而，田園生活的拮據困惑著他，迫使他不得不選擇出仕以養家。
第二年，陶淵明出任江州刺史的參軍，這位江州刺史是劉牢之的兒子劉敬宣。陶淵明這次選擇，大約是對北府軍舊部懷有好感，還有本鄉本土的緣故吧。後來，劉敬宣因與劉裕部下的劉毅不合而辭職。看到桓玄舊部被一個個被殺，劉牢之舊部又受排擠，陶淵明也辭職了。
秋天的時候，他又出來做了彭澤令。一方麵是由於經濟窘迫的原因，使他不能安心田園；另一方麵，天性追求自由的個性，有時時召喚他脫離仕宦樊籠。
但是不到3個月，他又回家了。這次歸來就成了他的徹底歸來。
這年冬天，他作了著名的《歸去來兮辭》，和後來作的《桃花源記》並稱陶淵明的代表作，在中國文學曆史具有非常重要的意義。
《歸去來兮辭》
……
歸去來兮，田園將蕪胡不歸？既自以心為形役，奚惆悵而獨悲？悟已往之不諫，知來者之可追。實迷途其未遠，覺今是而昨非。舟遙遙以輕颺，風飄飄而吹衣。問征夫以前路，恨晨光之熹微。
……
歸去來兮，請息交以絕遊。世與我而相違，複駕言兮焉求？悅親戚之情話，樂琴書以消憂。農人告餘以春及，將有事於西疇。或命巾車，或棹孤舟。既窈窕以尋壑，亦崎嶇而經丘。木欣欣以向榮，泉涓涓而始流。善萬物之得時，感吾生之行休。
……富貴非吾願，帝鄉不可期。懷良辰以孤往，或植杖而耘耔。登東皋以舒嘯，臨清流而賦詩。聊乘化以歸盡，樂夫天命複奚疑！
這是陶淵明的理想和根本願望嗎？
我們仔細回顧一下陶淵明的出仕生活和他前期的作品就發現，《歸去來兮辭》是他41歲以前生活和人生的總結，包含了他的政治態度和生活哲思。他青年時期的態度，“遂盡介然分，拂衣歸田裏。”這是他29歲時第一次出仕不順時的心情。很顯然，帶有一股怒氣和怨恨，不是他的真實選擇，也可以說是賭氣；到了他中年以後，情況就慢慢轉變了，“靜念園林好，人間良可辭。”這是他36歲第二次辭官回家時寫的。“投冠旋舊墟，不為好爵縈。”這是他37歲時寫的。
其實陶淵明內心始終是矛盾的。他是個深受儒家思想影響的人，出仕是正常的，是儒家所倡導的。歸來卻是不正常的，是不得意的。他本來的願望是什麼呢？看看他的《感士不遇賦》中有：“原百行之攸貴，莫為善之可娛。奉上天之成命，師聖人之遣書。發忠孝於君親，生信義於鄉閭。”也許，這才是他的理想和願望。
然而，這是他一生都想實現而無法實現的。這是他人生追求的核心價值，是全部，是他的最高信念和精神境界。
五
歸園田居是他最好的選擇嗎？
公元405年，劉裕將晉安帝扶持為傀儡皇帝，又忙於為自己順利登上帝位造聲勢，對外政策上采取積極北伐，已贏得民心，對內打壓舊勢力，掃清障礙。
陶淵明再也不會踏進仕途了，他開始了真正的躬耕生活。
陶淵明自小在外祖父家生活，成年以後，自己家境雖不比外祖父家，但尚有田產，可以雇人耕作。大約在他25歲時，父親去世，他才開始接觸農耕，但是基本上還是雇人耕作。到他29歲之後，每次辭官回家，雖然也參與一些田園耕作，但不能算是一個地地道道的農民。這一次，情況就跟以往完全不一樣了。
他這次回家，開始親自耕作，才體會到真正的勞動生活。在他第二年作的《歸園田居》五首中就可以感覺到。“少無適俗韻，性本愛丘山。誤落塵網中，一去三十年。”“久在樊籠裏，複得返自然。”這是他的真實感受。
《歸園田居》其一
少無適俗韻，性本愛丘山。誤落塵網中，一去三十年。
羈鳥戀舊林，池魚思故淵。開荒南野際，守拙歸園田。
方宅十餘畝，草屋八九間。榆柳蔭後簷，桃李羅堂前。
曖曖遠人村，依依墟裏煙。狗吠深巷中，雞鳴桑樹巔。
戶庭無塵雜，虛室有餘閑。久在樊籠裏，複得返自然。
《歸園田居》其二
野外罕人事，窮巷寡輪鞅。白日掩荊扉，虛室絕塵想。
時複墟曲人，披草共來往。相見無雜言，但道桑麻長。
桑麻日已長，我土日已廣。常恐霜霰至，零落同草莽。
《歸園田居》其三
種豆南山下，草盛豆苗稀。晨興理荒穢，帶月荷鋤歸。
道狹草木長，夕露沾我衣。衣沾不足惜，但使願無違。
晨露沾衣，帶月鋤禾，這是多麼動人的情景，這才是真正的勞動。
桑麻日高，心誌日廣，這是生活的感悟，這就是勞動的真實體會。
從最初剛回到田園的旁觀者意味，“農夫告餘以春及，將有事於西疇”，到三年前的“秉耒歡時務，解顏勸農人”，那種居高臨下的態度，到現在的“相見無雜言，但道桑麻長”，陶淵明已經進入了農人的生活裏，和普通農人沒有什麼區別了，這是他晚年生活的真實寫照。
陶淵明愛菊，房前屋後種著菊花。“采菊東籬下，悠然見南山”。
陶淵明愛酒，作飲酒詩20首。而昭明太子說，“疑陶淵明詩，篇篇有酒”。
陶淵明好飲，可以說是經常飲酒，“無夕不飲”。他飲酒還有個特點，多是獨飲、自飲，“春醪獨撫”，“連夜獨飲”，“孤影獨盡”，“閑居寡歡”。
《飲酒·之五》
結廬在人境，而無車馬喧。問君何能爾？心遠地自偏。
采菊東籬下，悠然見南山。山氣日夕佳，飛鳥相與還。
此中有真意，欲辨已忘言。
陶淵明為什麼要飲酒？他是不是一個酒徒？
事實上，陶淵明和鄰居相處得很好，與朋友們飲酒時，也沒有狂妄之態，他身上沒有一點酒徒的氣色，他始終保持著一個飲者的狀態。
他采取這種“醉”的方式麵對世界，是為了排解心中的苦惱。他心中的苦悶非常人能夠理解，也不足與外人道也。他是用“醉”的態度鄙視那些所謂醒著的人們。這樣，他就有一種超然和解脫的感覺。
他時常以商山四皓自居，他覺得他傳記是超然於衰微的司馬氏、門閥士族桓氏和新軍閥劉氏的，也超然於依附於他們的那些蠅營狗苟的人。這種感覺，是隻有作為局外人才會真正有的。也就是說，他已經徹底退出了汙濁的政治圈。
陶淵明對桓氏有些留念，這是真的。他對現實極為不滿，這也是真的。但是他不參與。
沉默是最好的抵抗。那就選擇沉默，就用這種方式抵抗好了。
陶淵明是明智的，畢竟他已經40多歲了，畢竟有了許多的人生經曆和社會經驗，他不會那麼衝動的，之前不會，之後也不會，“沉默是金”。用這種方式最好，也最有效，他們拿他沒有任何辦法。
曆史會給他一個公正的答案的，不是嗎。
他作了一篇《五柳先生傳》，表達了自己的心聲。五柳先生就是他給自己取得名號。《讀山海經》、《閑情賦》等也是這一段時間的作品。
《五柳先生傳》
先生不知何許人也，亦不詳其姓字，宅邊有五柳樹，因以為號焉。閑靜少言，不慕榮利。好讀書，不求甚解；每有會意，便欣然忘食。性嗜酒，家貧不能常得，親舊知其如此，或置酒而招之；造飲輒盡，期在必醉。既醉而退，曾不吝情去留。環堵蕭然，不蔽風日；短褐穿結，簟瓢屢空，晏如也。常著文章自娛，頗示己誌。忘懷得失，以此自終。
讚曰：黔婁之妻有言：“不戚戚於貧賤，不汲汲於富貴。”其言茲若人之儔乎？銜觴賦詩，以樂其誌。無懷氏之民歟？葛天氏之民歟？
陶淵明在家，與孩子們在一起，享受天倫之樂，還作了著名的《責子》一詩。後來杜甫在《遣興》一詩中說：“陶潛避俗翁，未必能達道。……有子賢與愚，何其掛懷抱。”
《責子》
白發被兩鬢，肌膚不複實。雖有五男兒，總不好紙筆。
阿舒已二八，懶惰故無匹。阿宣行誌學，而不愛文術。
雍端年十三，不識六與七。通子垂九齡，但覓梨與栗。
天運苟如此，且進杯中物。
公元409年6月，陶淵明家遭遇了一場火災，房舍被燒，一家人暫時在船上住了3個月。在劉遺民等朋友的幫助下，搭建了幾間草屋，9月搬入新居。當年，劉遺民、周續之和陶淵明曾被稱作“廬山三隱”。但是，周續之在隱居時跟權貴有來往，陶淵明對周續之有微詞。劉遺民是佛教居士，本名叫劉程之，不願意出仕做官，劉裕就給他取名遺民，陶淵明對他也沒有好感。
410年，劉裕大敗南燕慕容超。第二年，徹底剿滅了天師道起義的殘餘。劉裕接受了太尉的封號，陶淵明的朋友殷景仁做了劉裕的太尉參軍。陶淵明心裏很不滿，在他贈給殷景仁的詩中有所譏諷。