1886年4月，弗洛伊德終於在維也納開業行醫。這年9月，他和瑪莎結婚了。為了籌備婚禮他們花光了幾乎所有的錢，而且主要是瑪莎姨媽和叔叔贈予的嫁妝，卻還是差點連家具都買不起。
沉靜的婚姻
對於他們的婚姻生活，年輕的弗洛伊德曾形容為：“從抒情詩時代進入到敘事詩時代。”他喜歡恬淡的日子，為此向瑪莎描繪過一幅理想圖景：
“我們隻需要兩三個房間就可以了，足夠我們生活起居和招待客人，另外還要有一個不停弄著食物的爐灶，房間裏的擺設應該有桌子、椅子、床、一麵鏡子、一個記錄著快樂時光的掛鍾、一個可以讓我在白天香甜地睡上一個小時的安樂椅，地上鋪著幾塊地毯，讓主婦能夠更輕鬆地保持地板幹淨……總之，每一件東西都應該像一個充滿著幸福和快樂的世界，或者可以看作是我們安靜的朋友，又或者象征著一個讓我們敬重的人性。”
青年弗洛伊德與瑪莎·貝爾奈斯訂婚後的合影（攝於1883 年）
從1887到1891年，他們有了三個孩子，好在弗洛伊德的診所生意一天天好起來，每天的診療費已經可以支撐家人生活。瑪莎是永遠把丈夫放在第一位的主婦，也是願意躬身去幹傭人工作的女主人，但對於瑪莎在家簡直成了洗衣做飯的保姆的說法，朋友歐內斯特·瓊斯是堅決駁斥的。他說瑪莎是一位能幹的主婦，但絕對不是保姆型的人。“她實際上是一位注重生活格調的高級知識分子，每天晚上她都看書，並且總能趕上最新的學術潮流，直到她死前依舊如此。”在她戀愛和結婚的19世紀80年代和90年代，歐洲女性的法律地位正在逐漸改進，女權運動贏得自己越來越多的追隨者，易卜生的《玩偶之家》正是上演於1879年。但是，瑪莎顯然無意於接受這些信息，她隻是在管好家庭之餘，表現出對德國作家托馬斯·曼的格外喜愛，而後者也恰好是她丈夫的朋友和支持者。
1938 年，弗洛伊德（右二）從納粹占領下的維也納逃亡英國途中到達巴黎。圖為他的小女兒安娜（左一）、希臘王子喬治的妻子瑪麗·波拿巴公主（左二）以及波拿巴公主的兒子彼得王子（右）
1891年，他們從市政街搬到租金更便宜的柏格街19號，租下兩層樓：樓下房間是弗洛伊德的書房和診室，樓上用作家人居住。弗洛伊德在這裏又多了一個兒子和兩個女兒，也是在這裏，他創立了影響整個20世紀思想史的精神分析王國。柏格街19號變成了一個全世界都知道的門牌號碼。
隻要在維也納，弗洛伊德的生活極其規律：早上8點開始接待第一位病人。中午13點是他和全家人一起用午餐的時間。他從來不說話，專心享用食物，如果發現哪個孩子沒在座位上，他會用眼神詢問瑪莎，然後指指空位，瑪莎就會告訴他為什麼孩子沒有出現。下午15點到晚上21點是他下午的診療時間，繁忙時會拖延到22點。
每年夏天，他和全家人一起離開維也納出外度假。他會在年初就討論旅遊路線，複活節的時候自己提前走一遍，然後回來向全家人做個報告。他們對於旅行地的要求非常特別：必須是一棟遠離名勝古跡的舒適的房子，裏麵有一個可供弗洛伊德隨時寫作的房間；必須要在陽光充足、空氣新鮮的地方，有一定的海拔高度，附近有森林可供散步，還要有蘑菇可采——采蘑菇是弗洛伊德度假時最大的消遣，在這方麵堪稱高手。女兒安娜曾向友人描述，當他們的父親發現一個蘑菇時，會像捕捉蝴蝶一樣，飛快地用帽子把它蓋住；他還會哄著安娜每天采摘鮮花供奉到樹林附近的聖母像那，保佑他們有所收獲。
瑪莎很少有機會或許也沒有興趣去從事純學術性的研究，對丈夫事業的具體情況也不是很清楚，但她始終是他最好的完成夢想的夥伴。在她和弗洛伊德戀愛時期共同撰寫的那本“秘密筆記”裏，弗洛伊德曾寫到這樣的願望：“我會和瑪莎一步一個腳印地完成我們的一個個心願，雖然遠大的理想遙遙無期，但我們會同心協力地度過這一生。”很顯然，他們做到了。
1921年末，追隨精神分析之父多年的俄國女作家露·安德裏亞斯-莎樂美（Lou Andreas-Salome）拜訪弗洛伊德一家，在日記裏她寫到對瑪莎的印象：“我還很欽佩弗洛伊德夫人，她總是把自己份內的事料理得好好的，總是充滿慈愛，拿主意做決定時十分果斷，但她從不會幹涉屬於她丈夫責任範圍內的事務；總是充滿自信，絕不是一個旁觀者。……不管怎樣，他的家庭生活給我留下了深刻的印象，我開始思考人們通常在‘自由’和‘有了家庭牽絆’之間做出的錯誤區分。想打破自由和社會義務（其中包括家庭責任義務）間潛在的平衡，這常常是病態的。”
在這個報紙專欄作家都在懷疑“婚姻破產了”的20世紀20年代，踐行婚姻和性愛分離的莎樂美覺得自己在弗洛伊德家裏看到了平衡的完美關係。
莎樂美和瑪麗·波拿巴
弗洛伊德並非對異性沒有魅力的男人。歐內斯特描述過，通常那些對弗洛伊德隻是稍有了解或者完全不認識他的女人也會覺得他那種包含著體貼、親切、自信的樣子非常吸引人，會覺得他可以信賴和值得托付。
對弗洛伊德和婚姻之外其他女性的關係，不止一次有人做過揣測，其中最常被提起的是他的妻妹明娜。在他們一家搬到柏格街19號的第五個年頭，不幸失去未婚夫的明娜就搬過來和姐姐一家人同住了，從此成為家庭一員，終生未嫁。和溫柔安靜的姐姐相反，明娜伶牙俐齒、開朗幽默，對於學術也表現出比瑪莎更多的興趣。她偶爾會替忙碌的姐姐陪弗洛伊德去旅行，由此帶來一些謠言，但是對弗洛伊德十分了解的密友說，明娜不過是有趣的夥伴和家人，他們之間並沒有性的吸引，說她取代了瑪莎在他感情中的地位完全屬於胡說八道。弗洛伊德在和朋友的通信中會提到她，就像提及兒子恩斯特或女兒安娜。其實弗洛伊德一家隻是延續了19世紀的標準婚姻形態：兄弟姐妹之間的感情紐帶和夫妻之間的一樣，所以未婚姐妹和寡母可以心滿意足地和已婚夫婦一起生活。