格蘭特撒手置身事外後，清國方麵也沒有就此放棄，經李鴻章舉薦何如璋出任大清第一任駐日公使，同時也寄希望借此良機打開中日關於琉球問題的新局麵。
何如璋到日本後，就琉球事件再一次向日方提出嚴正交涉，但是此次日方的態度卻發生了轉變。日本方麵提議將琉球三十六島一分為三，北部淹美諸島歸日本所有；中部琉球國自治；南部的宮古島與八重山諸島歸大清所有。鑒於日本分麵的態度，何如璋第一時間上報了李鴻章，並且詳細說明，日本人侵占琉球之心已久，決不會輕言敵棄，我方光逞口舌之利恐怕於事無補。李鴻章對此焉能不知，無奈大清王朝風雨飄搖，縱有雄心也無實力呀！
1871年7月，中亞的浩罕汗國入侵大清新疆。1876年，沙俄帝國侵我伊犁。大清忍無可忍，終於決定舉兵西征了。年過六旬的湘軍統帥左宗棠掛帥西征，憑借著將士用命和克虜伯大炮的神威一舉擊敗了浩罕汗國，並且揮軍進逼伊犁與沙俄成對峙之勢。
上述西北戰事，遠在萬裏之外的日本卻是了若指掌，他們能夠很好地利用這些事件與大清討價還價，從中漁利。
1879年8月23日，日本政府主動派遣大藏省幕僚竹添進一郎來華談琉球問題。中國方麵負責接待的是直隸總督兼北洋大臣李鴻章。
二人談判的地點選在天津北洋衙門。此次針對琉球問題采取的是密談的方式，秘密到什麼程度呢？就是摒退左右，隻李鴻章與竹添進一郎二人關起門來用筆寫的方式進行談判，至於談判的內容，想必也隻有二人自己知道。
大門之內，李鴻章與竹添二人揮筆如風，力透紙背，隻聞紙筆聲，不見人語聲。中日兩國雖然語言不通，然利用文字卻能將雙方的意思看出個大似概。二人筆談良久，突然李鴻章擲筆拂袖而去，談不下去了。
原來原來李鴻章事先從向宏德的口中得知日方提議割讓大清的宮古、八重山諸島土地貧脊、麵積狹小根本難以立足，久而必被日本再次擠占，這也許從頭至尾就是給清國設了個圈套。竹添進一郎筆判中仍然堅持日本政府的三分琉球的方案，饒是如此，那也有前提條件，就是修改《中日修好條規》，保證日本在華享受與西方列強同等待遇。這樣厚顏無恥的要求難怪李中堂談不下去了。
竹添進一郎無功而返，日本方麵於次年(1880年)再次派出以宍戶磯為代表的日方使團到北京與清國就琉球問題繼候談判。清國總理衙門奕沂等與他們展開多輪磋商，最終雙方分企太大難成合議。
清政府上下針對日方的條件展開激烈的爭論，兩廣總督赤訴與兩江總督劉坤一表示應接受，因為西北戰事正邯，與沙俄已是難免－戰，所以無論如何再不能得罪日本，以免日本與沙俄合爾謀我。而陳寶琛與張之洞則表示萬萬不能接受，西方列強靠堅船利炮打開了我大清的國門，而日本卻不發一槍一彈就想在華享受西方列強同樣的待遇，狼子野心，一目了然。慈禧太後左右為難，不過她還是想聽聽李鴻章的意見。李鴻章回奏道：“如今日方所要甚多，滿足他們對我損失太大，反過來如果拒絕日本，那麼無異得罪日本，把日本推向了對立的一方，所以目前大清不必急於表態，利用延宕之法擱置起來，等到將來有機會的話再解決。”慈禧最終釆納了李鴻章的建議。
就這樣琉球問題這一擱置就是－個多世紀，如今已是－個盤根錯節的千古迷案。
大清失去了她第一個附屬國，李鴻章是悲痛的，他決心要花費畢生心血打造亞洲第一海軍，誓與西方列強和東洋日本相持於海上。