日本公使的蠻橫無禮讓奕一時陷入了沉思。過了半晌接到天津李鴻章的奏折後，奕才晃然大悟，大叫一聲：“不好台灣”
清廷的反應太慢了，此時日本探險隊已在台南的琅橋登陸。上岸後的日本軍隊迅速露出了凶殘的本性，他們舉起屠刀和快槍對當地的各部生番展開了殘酷的大屠殺。台灣當地番民不畏日寇，對敵人的侵略展開了堅決的抵抗，但最終技不如人，被敵人衝散了。
經湘軍統帥左宗棠保舉，船政大臣沈保沈葆楨為欽差大臣率清軍6000人前往台灣拒敵。
沈保楨是林則徐的女婿，曾受嶽父的言傳身教。擔任過廣西巡撫，船政大臣等職。
到台後的沈保楨正準備對西鄉從道的2000窮寇大開殺戒，忽然朝廷來旨意了，命令沈保楨的6000清軍原地待命沒有朝廷旨意不準對日動武。接到聖旨後的沈葆楨大發感慨，隨即命令幕僚具折上奏北京，奏折中道：日人與我簽訂《中日修好條規》不到兩年使舉兵來犯，他日兵強馬壯那還得了，椐臣看來日人與番民肆殺多日，後援難以維繼，若在此時迎頭痛擊正當其時。”可惜這份折子卻沒有得到清政府的批準，那麼占有絕對優勢的大清王朝究競為什麼這麼忌憚日本這個羽翼未豐的小家夥呢？這還要從更大、`更遠的方向說起。
兩次鴉片戰爭之後，清王朝一路走向衰敗，北部的沙俄帝國卻是實力大增，長久以來對我西北、東北虎視眈眈。因此清政府將西方列強和沙俄帝國列為主要敵手，而其中並不包括日本。相反清王朝還要拉籠日益強大的日本來鉗製西方列強，這也走當時權傾朝野李中堂的高論。因此，這個節股眼上的大清一百個不願意得罪日本。就這樣，中日在台海的對峙進行了五個月還未結束，最後西方列強出來發話了，他們名義上是以中間調停者的身份自居，其實明裏暗裏都向著日本人，因為日本經“明治維新”之後早已脫亞入歐成為英法列強最為信賴的朋友。說白了，人家都成－路人了。朋友被欺服了，英、法、德、美、俄五國便一同向大清施壓要求中日要保持克製，以和平、談判的方式結束台海對峙。
大清王朝內憂外患，孤掌難鳴，而且還一廂情願地以為中日兩國同文同種不會真的兵戎相見，日本政府出兵台海隻不過是在轉移國內矛盾的無耐之舉，如果是這樣的話,中國願意安撫日本。事情的發展正如日本人預想的那樣，大清的同治皇帝雖然親政，但是大清王朝的實權還是牢牢地掌握在慈禧皇太後手中，大清王朝年輕的力量無法得到發展，一股老舊腐爛的氣息仍然是大清的主流。
西方列強的作法顧明思義，就是不想看到一個強大的清國，哪怕是清國發展中任何一次微不足道的成功都是他們不願意接受的。因此偏袒日本是西方列強平衡亞太勢力新局麵，加強自已在東亞存在力度的一手妙棋。
1870年，經慈禧太後和恭親王的同意，中日雙方簽訂了《中日北京專條》，條約規定：大清向日本賠償兵費50萬兩白銀，並且承認日本此次是保民義舉，等於變相承認了日本是琉球宗主國地位，這為日後日本吞並琉球埋下了伏筆。
”琅橋事件”是日本帝國主義打響侵華戰爭的第一槍，日本“明治維新”之後向海外擴張的第一步，由於清政府的腐敗無能，使日本嚐到了向外侵略的甜頭，為他們日後走向軍國主義打好了前提。