1919年9月，他在北京大學22周年開學式上又一次重申：“研究學理，必要有一種活潑精神，不是學古人‘三年不窺園’的死法能做到的。所以本校提倡體育會、音樂會、書畫會等，來涵養心靈。”
蔡元培無時不把發展體育運動、增強學生體質一事放在心上。1920年10月，他在赴歐考察前對北大學生話別時，還語重心長地說：“我對諸位的臨別贈言也不過幾句老生常談。不過第一，望大家要特別注意體育！我們收了體育費，願望讓大家自由去運動的，可是二年來尚少效果。”
“諸位何必要做成‘書癡’相，弄得曲背彎腰呢？這一層願大家各就所好，多多運動，可是二年來尚少效果。曆年華北運動會，通知到我們，都沒有法子。論人數北京大學最多，為什麼一個都沒有加入呢？雖然我們並不要在比賽場上出風頭，但是有益的運動，我們決不可不練習。”
蔡元培離開北大去歐洲路經新加坡時，在南洋華僑中學全麵闡述了培養健全人格的全麵教育思想，特別強調了體育的重要作用。他說：“所謂健全的人格，內分四育，即：（一）體育，（二）智育，（三）德育，（四）美育。這四育是一樣重要，不可放鬆一項的。先講體育，在西洋有一句成語，叫做健全的精神，寓於健全的身體。足見體育的不可輕忽。”
“不過，體育要發達學生的身體，振作學生的精神，並不是隻在賭賽跑跳，或開運動會博得名譽體麵上頭，其所以要比賽或開運動會，隻是引起研究體育的興味；因恐平時提不起鍛煉身體的精神，故不妨常和人家較量較量。我們比不過人家時，便要在平常用功了。”
“其實體育最要緊的，是合於生理。若隻求個人的勝利，或一校的名譽，不管生理上有無危險，這不要說於身體上有妨害，且成一種機械的作用，便失去體育的價值了。
……隻要在心理上使學生徹底明白體育的目的，是為了鍛煉自己的身體，不是在比賽爭勝上，要使他們望正鵠做去。”
蔡元培考察回國後，更積極提倡體育。1922年4月，他為北京大學舉辦秋季運動會寫了《運動會的需要》一文，進一步提出開好體育運動會可以“鼓勵運動的興會”，“增加校外同誌的社交”，“養成公德”等。
蔡元培在北京大學幾年，凡是對身體有益的就提倡。他創立了體育會，添置了各種運動器材，他還親自寫信給當時一位有名的建築師，請他來校勘察設計開辟遊泳場所；他還專門派人去上海青年會體育專修班進修學習；他請了有名的武術家來校任教，也請人來開展西洋拳擊運動。
有一段時間，北京大學還專門養了幾匹馬，它不是供拉車運物的，而是為了學生騎馬鍛煉用的。在體育方麵，蔡元培也是采取了“兼容並包”的方針，蔣維喬講授靜坐法就是明顯一例。為了便於開展體育活動，蔡元培還製定了校服，規定上體育課必須穿校服。
蔡元培的體育實踐和體育思想，特別是他關於如何處理體育與智育、德育、美育之間的關係的見解，至今仍具有重要的現實指導性。