這樣用長牌一麵，藤牌一麵，狼筅兩把，長槍四支，短兵兩件，火兵一名為一隊，結成一個作戰小組。這樣就形成一個組織嚴密，長短兵器選用，刺衛結合的戰鬥小組。經過嚴格訓練，戰士各有專長，又能緊密配合，就是一個堅強的戰鬥集體了。
當每個人的訓練項目確定之後，戚繼光又對訓練提出“從嚴從難，賞罰分明”的要求。他說：“凡人之血氣，用則堅，怠惰則脆。勞其筋骨，餓其體膚，君相亦然，況於兵乎。但不宜過於太苦，是謂練兵之力。”
“凡兵平時所用器械，輕重分兩，當重於交鋒所用之器。重者既熟，則臨陣用輕者，自然手捷，不為器械所欺矣！是謂練手之力凡平兵時各兵須學趨跑。”一氣跑得一裏不氣喘才好。
“如古人足囊以砂，漸漸加之，臨陣去砂，自然輕便，是謂練足之力。凡平時習戰，人必重甲，何以重物，勉強加之。庶臨戰身輕，進退自速，是謂練身之力。”
這些隻是一般的身體訓練。此外還對各種軍事武術訓練提出了嚴格的要求，並在一定時間內進行比較檢試。初試定為上、中、下三等，每等又分上、中、下三則。再試時“如原等者不賞，進一則者賞銀一分，進二則者賞銀二分，趨進一等賞銀五分。一次原等免責，二次原等打五棍，三次原等打十棍，五次以上原等不進者，打四十棍革退。”這樣嚴格要求，又配以賞罰，其戰士軍事武藝日新月異。
戚繼光不僅在武藝訓練實踐中積極探索大膽改進，為中國古代培養了一批武術人才，而且在武術研究上也卓有創見。他在《紀效新書》的“長兵短用篇”、“比較武藝賞罰篇”和“拳經捷要篇”中，對中國武術提出了許多精辟論述，詳細記述和分析了當時的武術狀況，提出了槍、棍、拳、刀的各種訣要，對總結和發展古代武術做出了貢獻。
“拳經捷要篇”記載有宋太祖32勢長拳、6步拳、猴拳、囮拳、溫家72行拳等。他提出練拳要“身法活便，手法便利，腳法輕固，進退得宜，腿可飛騰”的技術要則。
同時，他根據當時流傳的拳種，博采16家之長，編製了“勢勢相承，遇敵製勝，變化無窮”的32勢。他認為“大抵拳、棍、刀、槍、叉、鈀、劍、戟、弓、矢、鉤、鐮、挨牌之類，莫不先有拳法活動身手。”
戚繼光提出了“其拳也，為武藝之源”的論斷，並大力提倡各種拳法“兼而習之”，以達到“上下周全”、“首尾相應”的全麵技能。戚繼光所有這些武術思想，對中國武術和軍事體育的發展，起過積極的作用。