普照寺到了清代康熙年間，開始從一座占地半畝的簡易小廟恢複生機。乾隆、道光年間，方丈鑒山在沒有任何化緣的情況下，突然大興土木，修成占地400畝，五重殿宇的宏大寺院，令世人震驚。於是有人猜測是方丈鑒山在小廟的某個地方，發現了張獻忠所藏的寶藏。這件事情，在普照寺至今也是一個謎團。
曆史風雲的巨大變遷，如果積聚到一座廟宇，或者某些個人的身上，往往會發生一些令人意料不到的事情。普照寺經曆了明、清，直到民國的風雨變幻，“野火燒不盡，春風吹又生”。據記載，到解放時，普照寺已擁有土地將近2000畝，於是那時的住持就劃為地主鎮壓了。將寺廟土地算作住持的私產，在今天看來似乎難以理解，但在那種急風暴雨的年代，看待事物的視角的確是與今天有太多的不同。
在很長一段時期裏，隻有兩個和尚伴著孤燈黃卷看守著普照寺。這時，附近的地方大煉鋼鐵需要木材做燃料，便看上了寺院周圍的古楠木林和廟裏的棟梁。正當兩個小和尚像杜甫當年寫的那樣“忍能對麵為盜賊，公然抱茅入竹去，唇焦口燥呼不得，歸來依杖隻歎息”之時，突然摔死了3個拆卸藏經樓的人。這正應了民間心理中根深蒂固的“善有善報，惡有惡報”的因果學說。這時，有關部門也意識到保護文物古跡的必要性，采取了行政保護措施，普照寺的360間堂舍，終於保留下來60多間。如果用佛語來說，這真是“阿彌陀佛”。
普照寺真正遇到好時節，是在20世紀80年代以後，社會進入了良性運行的軌道，僧俗各得其所。佛教聖地自然也就受到了應得的禮遇，來自四川和全國的朝拜人士越來越多，中國香港、新加坡、東南亞等地的信眾也遠道而來，普照寺的重修擴建緊鑼密鼓地開展起來。從此之後，普照寺進入了曆史上香火最旺盛的時期。其中有許多沿著古代的茶馬古道進入藏族羌族地區的人士，特別是汽車司機，會經常來這裏祈求菩薩的保佑，因為茶馬古道的艱險，的確是可以稱之為天險。人們自古以來在茶馬古道沿途興建了數不清的寺廟，都和避險求福的心願有關。
然而，劫難又一次降臨了——“5·12”大地震，普照寺正處於重災地帶。
普照寺的鎮寺之寶天燈，從地麵到天空直立13.3米高，在地震中攔腰截斷，還有一些固定的文物建築損失很慘重，武警官兵把許多佛像從損壞的老殿裏一尊尊地背出來。普照寺的四大天王是元代的珍貴文物，原來安放在天王殿，大殿震後嚴重損壞，隨時可能垮塌。官兵們把四大天王塑像搬運到安全地方保護了起來。
藏經樓藏有的珍貴大藏經和許多字畫文物，也被及時地轉移保護起來。普照寺的普聞法師說：當時有30多位戰士在餘震中與寺廟人員一道衝上藏經樓，當時樓板都還在搖晃，小一點的佛像還在掉落，屋簷上的瓦片也在往下掉，大家排成一排，將佛像文物一尊尊往下傳遞。可以移動的珍貴文物在武警官兵和寺廟人員的搶救下，完整地獲得了保護。普照寺的工作人員有的家在山下，受災嚴重，但是大家堅持在寺廟裏保護寺廟和文物，創造了奇跡。大地震之後，國家撥出巨款修複普照寺，許多信眾也捐獻巨資修複佛寺。這些功德之舉，都被普照寺記錄在碑石之上。
最近，地震後的重建修複仍然在進行之中，不過此時的普照寺已經基本渡過了新的劫難，四周的楠木林青翠如玉，眾鳥翻飛婉轉啼鳴。山溪潺潺，竹林婆娑，大雄寶殿高香繚繞，信眾如織。四大天王威嚴怒視，觀音菩薩慈祥端莊。寺院外麵，從成都到青城山的快速旅遊通道直抵普照寺山門。大地震之後興建的成都至都江堰的高鐵，已經通車，青城山車站就在普照寺附近。茶馬古道上的社會繼續飛速發展，命運充滿傳奇的都江堰普照寺，在閱曆了300多年曆史風雲之後，又看見曆史翻開了嶄新的一頁。