第四條衛生課
看守所衛生計劃及其設施與指導；傳染病預防；被告健康檢查；被告疾病醫治；病室管理；藥品調劑儲備及醫療器械管理。
第五條總務課
文件收發、撰擬及保存；印信典守；經費出納；建築修繕；被告入所出所；被告身份單、人相表、指紋之填製；攜帶物品之受付及保管；被告疾病死亡呈報及通知；被告糧食之收支、保管、核算及造報；不屬於其他各課事項。
第六條所長之職務
看守所置所長一人，兼任或委任；承監督長官之命，綜理全所事務。
首都、直轄市、省會所在地或容額在一千人以上之看守所，得設副所長一人……
第七條秘書
看守所設秘書一人，兼任；承長官之命，綜核文稿、聯係各課及處理交辦事項。
第八條課長之職務
各課設課長一人……課員二人至六人……
第九條醫師之職務
置醫師一至三人，藥劑生一至二人，護士一至三人……
第十條作業導師之設置及職位
看守所得置作業導師一至五人……
第十一條女所主任及職務（略）
第十二條股員之酌置
看守所容額不滿三百人者得不設課，酌置股員二人或三人……
第十三條主任管理員之職務（略）
第十四條其他人員之設置
設置人事管理員、會計員、統計員各一人……
第十五條雇員之酌用
看守所得酌用雇員三至九人，辦理繕寫及其他事務。
渣滓洞看守所的組織機構、職能作用、人員設置，幾乎都能與該《組織條例》一一對應。最主要的不同在於隸屬關係，渣滓洞不屬法院管轄，它公開隸屬於行轅二處，秘密隸屬於保密局西南特區，且沒有政府編製，相當於保密局內部看守所，這就為“法外施刑”提供了先決條件。
渣滓洞設刑訊室是違規的，但渣滓洞確實存在過刑訊室。而形式上又必須遵守規定，例如審訊時必須有法官到場監督。
渣滓洞“刑訊室”與白公館“刑訊洞”
1950年1月20日西南公安部總務處行政科劉德明來渣滓洞正式接管，1991年他83歲時重返現場，經詢問回答說：“刑訊室內的東西是看見過的，刑訊架基本是原來那個樣子。”但除刑訊架之外，當時他還看見什麼？他沒說。
看守所設立之初，這間屋子是會議室。最初的政治犯都沒有受過刑，放風時各牢房同時放，洗衣服同時洗，大家可以在院子裏簡單交談。規定放風10分鍾，常常延長到15分鍾。院壩中有供看守使用的籃球架，政治犯們也可以打籃球，還和看守們比賽過籃球並且贏了。親屬可以探監，部分政治犯通過保釋，或通過法律程序獲得了釋放（脫險誌士唐弘仁於1992年“11·27”紀念日回憶）。
數月後政治犯們爭取到開辦圖書室和小賣部，能夠借到四書五經、《三民主義原理》等書籍，可以用內部券從小賣部購買生活必需品。這種情況直到1948年10月10日結束，這天突然實行各牢房分別放風，圖書室也取消了（脫險誌士金成林於2010年10月29日回憶）。
會議室變成刑訊室，兩個因素：第一，內戰激烈，局勢緊張，1948年春天中共重慶市委違反地下工作原則，將《挺進報》直接送到綏靖公署主任朱紹良的辦公桌上，這種公然挑釁的舉動刺激了朱紹良，暴怒之中嚴令二處處長徐遠舉“限期破案”。壓力如山，徐遠舉抓狂，為迅速破案，遂厲行嚴刑逼供；第二，渣滓洞不由地方法院管轄而歸特務掌控，特務活動的主要特點是“法外活動”，“法外行刑”，無需批準。
但這隻是應急措施，主要在《挺進報》案發初期，受刑的人數也並不多，基本能確定在渣滓洞刑訊室受過刑的有（根據許建業、陳然、江竹筠烈士檔案材料）：
許建業，可能受過多種刑罰，次數不詳，時間在1948年4月上、中旬。他是《挺進報》案最早的被捕者之一，但主要受刑地點在城內的行轅二處。
陳然，可能是老虎凳一次，時間在4月下旬。之前還在行轅二處受刑數次。
江竹筠，竹筷夾手指一次，時間在6月下旬。之前，她在被捕地萬縣受過刑，轉押重慶在行轅二處一天之內受過兩次竹筷子夾手指刑。
楊虞裳，時間在7月下旬。據金成林說“入獄時遇楊受刑回來”，受何種刑罰不詳。
或許還有其他人在此受刑，但筆者沒有掌握準確的史料。隨著中共川東地下組織幾乎全軍覆沒，徐遠舉立功受獎，在渣滓洞使用刑訊室的幾率下降。1948年秋冬以後，渣滓洞很少再刑訊逼供。但也不撤掉，擱在那裏對在押囚犯起嚇唬作用。
一般來說，需要審訊時都是將人犯提出到別的地方。如脫險誌士金成林和淩春波，曾被提出到附近的梅園審問，兩個看守抬一架老虎凳隨行，並沒有使用，隻起威嚇作用。
白公館看守所則並無“刑訊洞”。
這個直屬保密局軍法處的看守所（1939—1949年，俗稱“白公館監獄”）沒有為逼供而設的刑訊設施。白公館關押的多是審訊結束、準備轉往貴州息烽監獄服刑的人犯，不轉走的主要是軍統違紀分子。抗戰勝利後，息烽監獄撤銷，其關押多年不能釋放的政治犯轉押白公館，這些人一般無審訊必要，更無刑訊必要。
1965年11月20日，重慶市人委辦轉發給市博物館一份材料，稱“今年中央文化部文物局李長路局長來我市了解‘渣滓洞’工作之後，（7月8日上午）曾找原國民黨軍統西南區總務處處長沈醉進行了一次談話，現送上談話記錄一份，供參考。”
沈醉答複有關“刑訊洞”等問題如下：
刑訊室白公館附近有一個山洞，原為防空洞。事實上未用作“刑訊室”，因無此必要，因內部潮濕，不方便。送到“白公館”、“渣滓洞”的革命誌士，都是在城內經過審訊的，到了“白公館”、“渣滓洞”後，雖也作“審訊”，但主要是“看守”、“處決”。
地牢原為儲藏室，是一個地窖，存放酒等食品。用為地牢時，原隻一個人高，後又加深一些。地麵是凹凸不平。地牢一般不用，用時，也隻是讓革命誌士呆一兩天，是威脅性質。
鏹水池沒有這種設備。因為沒有必要：（1）鏹水池設備很不容易搞，因腐蝕性強，用金屬的質料不行。（2）殺害革命誌士，用坑埋即可，如殺害楊虎城將軍後，即埋掉。白公館有個水池是原美特住時，用來傾倒洗菜水用的。目前，一些宣傳品中說的用“鏹水”化掉革命誌士的說法，與事實不符。
1948年川東被捕的革命誌士在何處受刑
在1948年4月開始的川東地下黨大破壞事件中，許多革命者都是在城內行轅二處或被捕地點遭受酷刑審訊之後，再轉押渣滓洞看守所的。
受刑極重的許建業烈士，主要受刑地點是重慶老街32號行轅二處的臨時拘押點，酷刑之下，數處關節脫臼。在下川東被捕的地下黨員黃紹輝、雷震、李青林、江竹筠、黃玉清等，在萬縣富貴巷4號中統特務萬縣區室，由特務雷天元、漆玉麟、左誌良等施刑，李青林腿骨被撬斷。楊虞裳、榮世正由特務左誌良在開縣逮捕並受刑。荀明善、師韻文、賴德國由特務羅凱風在雲陽縣逮捕並受刑。藍蒂裕在梁平縣被捕受刑。
在天高皇帝遠的縣區，遠離大城市民主運動的震懾力量和民主輿論的監督約束，特務凶狠殘暴，用刑慘苦之至。在廣安縣政府大堂內，馬正衡烈士遭辣椒水灌鼻孔的同時，另一特務用槍口敲擊他的肋骨，慘叫聲達於屋外，令周圍百姓毛骨悚然（楊順仁著《撩開神秘的紗幕——黨在陪都的地下鬥爭》，重慶出版社1991年）。
上世紀九十年代，孫曙參加編輯“反特務間諜史”時，曾訪問過一些原軍統老頭目，這些人供述說：當年特務用刑，有的古已有之，如筷子夾手指。有的利用當地的民房屋梁低、有柱頭，用繩索吊“鴨兒鳧水”。或就地取材，如家用的長凳即可做成“老虎凳”。
設立“展覽館”前後，大規模征集展品
現在渣滓洞、白公館舊址展出的“刑具”，主要是自1960年以來，從各地征集來的，以及工作人員仿製的。筆者所見最早的征集白公館、渣滓洞有關文物資料的行動，是1962年8月31日《重慶市博物館呈送市文化局展覽計劃》：