正當近衛軍一切準備完畢，即將發起攻擊時，拿破侖突然接到旺達姆一個驚人的報告，說在其後方約3公裏的地方，發現一個敵軍縱隊，人數可能有二三萬，此縱隊正在向法軍背後接近。這一情況立刻引起混亂，旺達姆軍的許多士兵開始逃命，師長們不得不將炮口對準逃兵，迫使他們安定下來。鑒於情況的突變，拿破侖隻好命令近衛軍暫不發起攻擊，以對付突然出現的威脅。同時，派出一個參謀前去弄清該路敵軍的情況。
半個小時以後，參謀返回，報告說那不是敵軍，而是奉命前來增援的第1軍。一場虛驚過去了。不過，拿破侖仍感到奇怪，按照自己的命令，前來增援的第1軍應該出現在利尼村的西北方，怎麼會從南麵己方的側後出現？但不管怎樣，總算有援軍來了。就在拿破侖慶幸該軍來得及時的時候，這個突然而至的援軍，在距離前線不足3公裏的地方，又莫名其妙地掉頭朝內伊所在方向返回了。拿破侖大惑不解，想派一名參謀去追其回來，但時間已來不及了。這時已是下午7時30分，離天黑不到一小時，拿破侖決定不再等待。於是，在重新收攏驚慌失措的部隊以後，隨即發起了進攻。
天氣變得又悶又熱，落日不時被巨大的烏雲遮蔽。不一會，傾盆大雨從天而降，近衛軍冒著如注的大雨發起衝擊，猶如一道傾瀉而下的鋼鐵洪流，很快占領了利尼村。風息了，雨停了，驟然響起的雷暴也消失了，落日的餘暉透過零亂的烏雲散射在戰場上。布呂歇爾親自率領32個騎兵中隊，向近衛軍發起了反衝擊，企圖奪回利尼村。混戰之中，布呂歇爾的坐騎中彈倒斃，老元帥墜在地上，摔得滿身青腫。這時，法軍已從四麵緊逼上來，布呂歇爾的副官急忙將元帥藏起來，然後在一些胸甲騎兵的掩護下，連拉帶扯地把這位72歲的老人救出包圍圈。由於防線已被切斷，元帥也已負傷，普軍在夜幕的掩護下開始全線撤退。經過兩天連續戰鬥的法軍也無力進行追擊。這時拿破侖因患了感冒，自己先返回大本營去了。
利尼一戰以法國的勝利而告終，普軍死傷2萬餘人。但是，拿破侖對這一仗非常不滿意，他認為如果不是內伊軍的行動遲緩，他一定會在利尼將普軍全部消滅。現在的普軍隻是被擊敗，並沒有被消滅。
就在利尼會戰的同時，內伊和威靈頓也展開了一場激戰。內伊的第2軍多次向卡特爾布拉斯發起進攻，由於兵力不占優勢，均告失敗。內伊不斷催促隨後跟進的戴爾隆第1軍迅速前來增援。就在第1軍快要接近戰場時，蘇爾特的傳令官送來了拿破侖那個抽調第1軍前去增援法軍右翼的命令。傳令官在半路上直接把這命令傳達給第1軍軍長戴爾隆。由於該命令是拿破侖用鉛筆草書的，字跡潦草難認，以致傳令官在宣讀時，把地名華格尼裏錯讀成汪格尼斯。前者位於利尼西北5公裏處，後者則是利尼以南5公裏的一個小村子。由於地名的錯傳，致使第1軍出現在右翼法軍的後方，引起了旺達姆軍的一場虛驚。
戴爾隆一麵指揮軍隊掉頭東向汪格尼斯，一麵派參謀長向內伊報告備案。內伊對第1軍早已望眼欲穿，忽然聽到第1軍前去增援右翼，不禁火從胸起，大為惱怒。正在這時，他又接到蘇爾特下午3時左右發出的那封信，催促他速向法軍的右翼轉移兵力。信剛看完，當麵的英軍再次從卡特爾布拉斯發起反擊了。三個情況加在一起，內伊極不冷靜，他不顧拿破侖的命令，急召第1軍折轉回來。同時，不惜孤注一擲，親自率領僅有的1萬餘人向敵軍發起衝擊。由於英荷守軍兵力已經增至3萬餘人，其後續部隊還在源源不斷開來，再加上威靈頓的親自指揮，內伊的進攻又一次失敗了。戴爾隆在接近利尼時收到了內伊要他返回的命令，他未加考慮，便機械地照章執行了。這就造成了拿破侖所看到的援軍莫名其妙掉頭回去的情況。夜幕低垂時，第1軍趕回了卡特爾布拉斯附近，不過，這時戰鬥已經結束，雙方各自損失了約5000人。這樣，一支約有2萬人的軍隊，在左右兩路法軍同時吃緊的情況下，隻是在兩路軍隊之間來回運動，根本沒有發揮任何作用。拿破侖對此十分惱火，他認為當時不管把其用到哪一方，都可能導致決定性的結果。
16日作戰結束後，拿破侖沒有乘勝追擊，隻是命令格魯希派出第1騎兵師同撤退的普軍保持接觸。17日上午7時，拿破侖在弗勞拉斯的一所別墅裏吃早餐，第1騎兵師送來報告說，他們已追上敵人的後衛，繳獲了8門大炮，敵人已向列日方向撤退。緊接著，派往內伊那邊去的聯絡官也回來報告說，威靈頓的部隊仍留在卡特爾布拉斯的陣地上，似乎沒有動靜。拿破侖見布呂歇爾已逃跑，而威靈頓沒有撤走，當即決定調轉兵力，進攻威靈頓。
這位聯絡官還帶來了內伊的一封信，內伊在信中對自己未能攻下卡特爾布拉斯進行了辯解，他說：“由於戴爾隆的誤會，我喪失了獲得光榮勝利的機會。”拿破侖當即指示蘇爾特給內伊回信說：“你的師是零碎投入戰鬥的。假使戴爾隆和雷耶兩個軍集中在一起，則英軍不會有一個漏網；假使戴爾隆曾經執行皇帝的命令，則普軍將會被擊毀，而我們可以俘虜3萬人……”一通責備後，拿破侖命令道：“如果英軍撤退，就要立即發起進攻，拖住它的後衛部隊，把英荷聯軍抓住，不讓他們向布魯塞爾方向撤退。”
17日上午9時，拿破侖坐上馬車，前往利尼村附近巡視昨日的戰場，並慰問了急救站中的傷員，指示給予盡量好些的照顧，然後檢閱了部隊。上午10時至11時，搜索普軍部隊、偵察英軍動向的騎兵先後回來報告：普軍正在耿布勞斯集中，英軍仍留在卡特爾布拉斯沒有撤退。拿破侖立即命令格魯希率領右翼兵力約3.3萬人向耿布勞斯方向搜索，追擊普軍。他本人則率領近衛軍和第6軍向馬爾拜斯前進，從左翼攻擊英荷聯軍，配合內伊部隊殲滅該敵。
然而，騎兵帶回的情報並非事實。實際上，普軍正向華費裏退卻，在耿布勞斯集中的隻是普軍的第3軍，而且這一軍也於當日下午撤往華費裏，位於列日的第4軍也奉命趕往華費裏集中。而威靈頓在當日淩晨2時得到布呂歇爾戰敗的消息之後，他看到自己的左翼已完全暴露，隨時都有被法軍迂回包圍的危險，當即決定向布魯塞爾南麵22公裏的滑鐵盧地域撤退。這時，普軍傳令官送來布呂歇爾的急件，布呂歇爾告訴威靈頓普軍已撤至華費裏，如果威靈頓與拿破侖決戰，普軍會收攏部隊即來支援。於是，英荷聯軍開始撤退。他們利用樹林做掩護，在騎兵的警戒下，一隊一隊地逐次撤走。這一行動法國人竟然毫無察覺。
此時的拿破侖對撤退中的普軍意圖還不甚明了，普軍是和英軍分開，還是聯合在一起？是掩護布魯塞爾還是它的補給地列日？普軍是否還想在另一次會戰中試試他們的運氣？於是，他命格魯希在追擊普軍的過程中，隨時向他報告普軍的運動方向。
內伊接到拿破侖要他拖住英荷聯軍的命令後，因沒有發現英荷聯軍有撤退跡象，故隻派小股部隊出擊，以此纏住敵人。中午時分，他又收到蘇爾特的書麵命令，蘇爾特告訴他皇帝正率軍向馬爾拜斯進發，這支軍隊可支援他作戰，要他立即進攻防守卡特爾布拉斯的敵軍。可這命令仍沒引起內伊的足夠重視，他依然從容不迫地命令他的部隊按時吃午飯。
下午1時左右，拿破侖率領第6軍和近衛軍到達卡特爾布拉斯東南的馬爾拜斯。他發現卡特爾布拉斯方向一片寧靜，沒有一點戰場廝殺之聲，感到非常詫異。他帶領先頭騎兵直奔卡特爾布拉斯，眼前的情況使他大為惱怒，原來內伊的部隊還在弗拉斯尼斯，根本沒有挪動，而威靈頓的部隊則已基本上撤出了陣地。拿破侖立即命令所有部隊立即出發，追擊威靈頓軍。直到下午2時左右，內伊的軍隊才慢騰騰地從後麵趕了上來。拿破侖怒氣衝衝，狠狠地斥責了內伊，說他毀了法國。然後，他離開乘坐的馬車，騎上他的阿拉伯名駒，率領兩個騎兵團，朝英荷聯軍的殿後部隊追擊。
這天，天空一直是陰沉沉的。就在拿破侖的騎兵快要追到敵軍殿後部隊時，突然下起了滂沱大雨。大雨遮住了法軍的視線，看不清前麵的目標。火器發射也受到影響。特別是騎兵的行動受到了限製，騎兵隻能沿著公路追擊，否則馬匹就會陷到泥濘的耕作地裏，難以奔跑。拿破侖也被淋得像落湯雞一樣，灰大衣淌著雨水，帽子被暴風雨打得不成樣子。半個小時以後，暴風雨停止了。英荷聯軍的殿後部隊盡管跑得丟盔棄甲，狼狽不堪，但終究是成功地撤走了，並在滑鐵盧以南進入主力已占領的陣地。
拿破侖企圖利用敵人倉促占領陣地的時機，一舉突破其防禦陣地。他立即下令把4個炮兵連從後麵調上來，以火力壓製敵軍，同時，命令第4騎兵師發起衝擊。但在英軍居高臨下的炮火打擊下，法軍很快敗下陣來。這時拿破侖深深意識到，由於內伊的掉以輕心，行動遲緩，他已經失去了一個良好戰機，今天不可能再發起進攻了。他無限感慨地說：“若有神力，能使敵人行軍延遲兩個小時就好了。”
17日晚上，拿破侖在李客勞農莊過夜。午夜剛過，他就從床上爬了起來，他特別擔心威靈頓會趁夜溜走。18日淩晨1時，他就在司令部坐立不安了，在貝特朗將軍的陪同下，踏著泥水，穿過一排排躺在地上宿營的士兵，走近敵方的前沿。在淅淅瀝瀝的雨聲中側耳傾聽，判斷敵人有沒有撤走的動靜。他這樣傾聽著，直到東方發白，才返回司令部。
一回到司令部，他就看到了格魯希發來的報告，報告中說一部分普軍已向華費裏方向撤退，其企圖可能是要與威靈頓軍會合；布呂歇爾率領的主力正向列日方向撤退。拿破侖綜合分析了所有情報，最後斷定：普軍主力正向華費裏集中，企圖與威靈頓軍會合。上午10時，蘇爾特奉命給格魯希寫信：“皇帝已經接到你從耿布勞斯送來的第一次報告。你隻告訴陛下有兩支普軍縱隊，但我們從另外的報告中得知還有第三支也向華費裏方向行動。皇帝命令我告訴你，他正準備進攻滑鐵盧的英軍，陛下希望你也進到華費裏，以便與我們保持接觸，並驅逐在你前方的普軍。”
決戰滑鐵盧
就在拿破侖接到格魯希報告之時，威靈頓也收到了布呂歇爾發自華費裏的信件。布呂歇爾告訴威靈頓，18日天一亮，他就首先出動由比洛指揮的第4軍，向拿破侖的右翼進攻，皮爾希的第2軍隨後跟進。其餘兩個軍，在作好準備後也隨之前往。布呂歇爾的來信堅定了威靈頓在滑鐵盧與拿破侖會戰的決心。
滑鐵盧的田野開闊而平整，上麵種滿了鬱鬱蔥蔥的莊稼，小麥、大麥、大豆、豌豆、馬鈴薯、蘿卜等如同一塊綠色的地毯覆蓋著整個大地。另外還有幾塊剛被犁過的田地，兩條大道在田野中交錯著伸向遠方。整個滑鐵盧呈現出一片寧靜、祥和的氣氛。然而，自6月18日破曉時分起，這裏的寧靜氣氛就再也不存在了，所有的英荷聯軍開始了行動。這塊綠色的平原上到處都是活動著的人群，人們發出的各種聲音彙集在一起，猶如遠方大海的咆哮聲。由於夜裏的一場大雨，軍官和士兵的臉都凍得鐵青，長長的胡須上掛著水珠，衣服上滿是泥漿。有不少士兵由於疲憊和饑餓，簡直無法站起身子，盡管如此，他們還是努力作著大戰前的各種準備。
威靈頓把陣地設在布魯塞爾以南約22公裏、滑鐵盧以南約3公裏處的一片丘陵地帶上，聖傑安山高地為主陣地，從那裏可以俯視整個戰場。陣地右翼的霍高蒙特別墅是威靈頓防禦的重點，他在這裏使用了英國近衛軍。荷蘭軍和其他盟國的雜牌部隊則被安放在中央和左翼陣地上。在左翼的最外端，配備了英國的騎兵旅。同時，在中央陣地後麵，即聖傑安山與前沿陣地之間，保持有比較強大的預備隊，聯軍火炮的大部分都配備在這裏。威靈頓曾給炮兵作出明確規定：不要理會法軍的炮兵，集中火力直接射擊逐步推進的法軍步兵和騎兵。
根據聯軍陣地的部署，拿破侖決定集中主力首先突破聯軍防禦薄弱的中央陣地，搶占聖傑安山，然後向兩翼擴大戰果，將敵人一分為二，各個擊破。為此，拿破侖製訂了一個佯攻霍高蒙特別墅以牽製敵軍兵力從而保障中央突破的作戰計劃。
一場巨大的廝殺很快就準備好了。這時在滑鐵盧的正麵，拿破侖集中了72000人的兵力，並配備火炮240門。威靈頓的兵力則是68000人，火炮160門。
18日上午8時，拿破侖與高級將領們共進早餐。他對威靈頓接受會戰感到很高興，同時對即將爆發的大戰充滿必勝信心，他對元帥們說：“對我們有利的機會不下於百分之九十，而不利的機會則不到百分之十。”但蘇爾特、雷耶、戴爾隆等人並非像他一樣樂觀，他們曾在西班牙戰場上領教過威靈頓的厲害。蘇爾特小心翼翼地向拿破侖建議，把格魯希所部調回滑鐵盧戰場以增強戰鬥力，但遭到拿破侖的拒絕，他尖刻地對將領們說：“因為你們曾被威靈頓打敗，所以你們就認為他是偉大的將領。現在告訴你們，威靈頓不是一個好的將領，英軍也不是一支好的部隊，要打敗他們並不比吃一頓早餐困難。”