更嚴重的是，1890年10月，杜邦公司一座工廠發生了爆炸。這是杜邦曆史上發生過最大威力的爆炸，整個工廠幾乎被夷為平地。這次事故除了造成巨額財產損失外，還導致了12名工人死亡。
尤金·杜邦得知消息後，氣得雙手猛擊向辦公桌。他認為這是被解雇員工在蓄意報複。他立即組織人員，很快抓出了四名工人，其中兩名是被解雇的石匠。杜邦把他們送到法庭，四人被判決監禁。然而，就這在四名工人服刑期間，杜邦家族的又一個農場著火了。
這讓尤金·杜邦非常困惑，也越發看重自己的權力。他認為之所以出現種種問題，是自己沒有實行鐵腕統治。他愈發獨斷專行，引發了杜邦家族一些人的不滿。人們越來越懷疑他能否領導家族，但他固執地抓住大權不放，而且肆意打壓有才能的小輩。杜邦公司的經營雖然還沒出現太大問題，但他的行事越來越讓人不能忍受了。在―次家族會議上，亨利·杜邦的長子亨利·阿爾傑農·杜邦對眾人道：“為什麼不取消夥伴製，實行更容易管理的股份製呢？”
亨利·阿爾傑農·杜邦以敏銳的眼光察覺到，杜邦公司太龐大了，獨裁已經不能適應超級複雜的大型公司的發展了。他在家族會議上對眾人道：“我們應該劃分股份，明確職責。杜邦公司日見龐大，再實行家族式夥伴製，搞財產公有，顯然違背時代潮流。”
雖然亨利·阿爾傑農·杜邦一直沒有在家族核心權力圈，但他的話很有分量，沒人忽視他的提議。1899年底，杜邦公司結束了沿襲六十多年、成功避免家族內鬥、保證家族團結的夥伴製，開始改組成厄留蒂爾·伊雷內·杜邦·德·尼莫爾股份有限公司。
公司的“危”，三兄弟的“機”
改革前，杜邦公司是全體族人共有，但組建成新公司後，股份卻沒有在家族平分。在分股份時，為家族立下汗馬功勞，一手帶出尤金·杜邦，在杜邦家族曆史上不能忽視的人物——拉蒙·杜邦，他的後代卻什麼都沒得到。
這件事讓拉蒙·杜邦的長子皮埃爾·塞繆爾·杜邦非常氣憤。他畢業後一直在杜邦工廠從事化學研究，短短數年便取得兩項無煙火藥專利，為杜邦家族貢獻了巨額利潤。但他沒想到，家族竟對自己的付出視而不見。皮埃爾一怒之下離開了杜邦，到堂兄科爾曼的公司做事。
另一個對股份分配不滿的，是獲得了10％股份的艾爾弗萊德。他是杜邦家族理論上的第一順序繼承人。他雖然取得了股份，在董事會上卻仍沒有發言的空間。他沒有像皮埃爾那樣負氣離開，而是決定等待時機。
公司改組後，尤金·杜邦的權力被限製，重大事務由董事會決定。同時調整公司結構，讓各部門擁有更大的自主權。公司一掃亨利·杜邦去世後的混亂，在更複雜的市場上平穩發展。
但1902年尤金·杜邦去世，這才是百年杜邦最大的危機。
這個人能或許不能與亨利·杜邦或拉蒙·杜邦相較，但多年來習慣“跟隨”家長的杜邦家族，即使拋掉沿襲多年的夥伴製，也無法即刻拋掉自己的“跟隨”心理，家族領導尤金·杜邦在家族中依然不可或缺。加上尤金·杜邦一直打壓小輩，以至於在他去世後，小輩們還沒有成長起來。杜邦公司陷入了後繼無人的窘境。有人提議讓新一代中頗為突出的艾爾弗萊德擔任總裁，不過更多人認為艾爾弗萊德太年輕。但艾爾弗萊德依然預見到這是個機會。因為當時的家族長輩認為，家族內已經沒人有能力繼續管理公司，竟打算將其出售。
股東大會決定，杜邦公司可以向一直以來的手下敗將——拉夫林·蘭德公司賣出公司，出價1200萬美元。
會議上一直平靜異常的艾爾弗萊德，在會議即將結束時，震驚了所有人，他突然大聲說：“我要買下杜邦公司。”有人叱責艾爾弗萊德：“不行，你應該知道，這是現錢交易。”艾爾弗萊德也怒火中燒：“為什麼不行！你們沒能力管理公司，就把它交給能管理的人。我出的錢絕不會比其他人少，按照決議，我有權買下公司。隻要給我一個星期，我就給你們現錢。”
作為家族中另一重要人物，亨利·阿爾傑農·杜邦道：“如果你能拿出現錢，我可以同意。”見亨利·阿爾傑農同意了，其他股東也都同意了。