巴根台並不太願意降低特種部隊的水準，在他心目中，一支小而精的部隊遠遠比一支大而弱的部隊更符合特種部隊的定位。最終拔都王爺說服了他，因為攤子現在越鋪越大，各個方麵都需要有知識、有文化、有經驗、有勇氣的特種兵。既然三河源頭送來的學生杯水車薪，那麼讓部分特種兵承擔更大的任務就成了唯一的選擇，畢竟蒙古人識字、識數的太少了。蒙古人民為特種部隊付出的太多，現在需要特種部隊在其他工作崗位上做出貢獻了。
一部分特種兵被調整到工農業基地、海軍、工礦企業、海關、建築工程、商貿物流、技術研發、礦產資源勘探等等部門。海軍指揮學院也實在是不堪重負，各個專業院校分離出來，紛紛成立其他的中等和高等院校。師資力量除了巴根台培養的一部分專業人才，特種部隊也必須貢獻部分力量。
經過重新整編的特種部隊遠征旅目前3個營的建製，其中2個營是新組建的營，由老特種兵擔任連排級軍官。
整編過的遠征旅裝備和兵力得到了加強。基層戰術單位野戰連原2個槍騎兵排的兵力增加到了3個，除了原有的一個迫擊炮排，又加強了一個機槍排，每排3挺機槍，每連兵力達到了182人。
營級單位原隻有一個野炮連，又加強了一個機槍連，12挺米特機槍。旅部直屬一個野炮營，一個機槍營，一個重型迫擊炮營。這樣，整個遠征旅兵力達到了3200人，戰馬和拖曳馬匹達到了12000匹。機槍100挺，迫擊炮54門，野炮48門。
副參謀長兀良哈台正式就任內河艦隊司令官，也速兀哥調任特種兵部隊副參謀長，接替兀良哈台的位置。剌不都恩調任內河艦隊參謀長，蘇勒哈爾之子烏恩為內河艦隊副參謀長，輔佐兀良哈台的訓練和作戰。
巴根台的幾個那可兒常海、格根哈斯和恩格日勒就任特種部隊3個營長。從山東益都開始，這些門戶奴隸20年的鞍前馬後，他們的能力和忠誠是巴根台最信任的人。
巴根台忙著戰略上的事情，整個整編工作實際是特倫敖都和黃凱領導的總參謀部負責。方案報上來的時候，巴根台和忽必烈還在刻赤與熱那亞人談判，拿著這份報告，遲遲不忍落筆。特種部隊是他的心頭肉啊，從成吉思汗6年創立特種部隊開始，20多年的艱苦奮戰，巴根台就是蒙古特種部隊，特種部隊就是他巴根台。要把他的人調整到經濟建設上去，他的兵會是何種心情，他自己又怎麼忍心。
名單上一個個名字，那都是巴根台手把手教出來的戰士，跟著巴根台南征北戰，流血犧牲。現在，要強迫他們離開部隊，離開自己，離開這個榮耀的集體，這比割自己的肉都疼啊。巴根台怎麼也下不去筆。
忽必烈王子看出了巴根台的心情，出言勸解道：“老師不必難過，這都是長生天的安排。他們早晚都要離開特種部隊，在新的崗位上，他們更能發揮價值。”
巴根台說道：“我是痛心我的士兵離開我，這麼多老兵一下子離開部隊，這會嚴重削弱部隊的戰鬥力。我更是痛心別的，我的士兵文化也就是小學水平，少部分軍官能夠達到中學水平。現在到了要讓我的百戰士兵參與經濟建設的地步，我們的百姓何其愚昧啊。這樣的人民素質，怎麼可能建設一個理想之國。不下大力氣抓教育是不行了，靠一兩個天才，是沒法建設一個工商繁榮社會的。
我馬上就向窩闊台大汗奏報，繼續擴大我們的教育體係。我們蒙古西征軍建立的任何企業都要抽出10%的利潤作為教育基金，要在各個海關征收教育附加稅。我要草原上任何蒙古臣民的孩子都必須讀書，邀請全世界的有名學者到我們的大學傳授知識！我要在這裏，就在我們腳下的土地上，興建一座大學城，就在刻赤！殿下以為如何？”
忽必烈大聲說道：“我完全支持老師的意見，我和老師聯名上奏大汗，請求大汗支持。但是現在，我們還是先要了結熱那亞人的事情，不穩定黑海，我們什麼事情也做不好。”
巴根台點點頭，在特種部隊整編的命令上重重的簽下了自己的名字。