在公元990年，即清少納言24歲的時候，她的父親清原元輔病逝。大約三年以後即公元993年，27歲的清少納言進入宮廷，擔任一條天皇之皇後藤原定子身邊的女官。由此開始，直至公元1000年左右定子皇後因難產而死，清少納言離開宮中為止，中間的大約七年時間，是清少納言一生中最重要，最輝煌，同時也最幸福的七年時間。在這七年中，她不僅寫下了讓她在後世文壇中獲得不朽聲望的優秀隨筆作品《枕草子》[2]，也親眼見證了定子皇後所屬的藤原伊周一係在宮廷的權力鬥爭中敗於其叔父藤原道長一係的始末。因此，從這個角度來講，她已經不僅僅是一個普通的作家和歌人，更是曆史的重要見證者。
清少納言在入宮之後，雖然深受定子皇後的喜愛，甚至於使皇後說出了“知我者清女耶？”[3]這樣的語句，然而卻飽受其他公卿、華族甚至是其他一些普通女官的白眼，其中不少人，包括《源氏物語》的作者紫式部，在評價清少納言的時候都曾經使用過“輕佻”（frivolous）的說法。這可能是和清少納言本人的性格有關，她性格有些近似男子，秉性直率，敢於坦言，曾經毫不留情地嘲笑像藏人方弘一類所謂才子的迂才，也敢於頂撞像藤原公任這樣才華出眾的人，這種直率的性格，誠然可貴，但畢竟多多少少與宮中的氣氛有著些許的衝突，因此，說清少納言飽受白眼，倒也是不足為奇的。
清少納言在宮中的七年，幾乎可以說是和定子皇後息息相關的七年，在這七年中，她不僅於定子皇後親如姐妹，更能夠明白皇後的內心。因此，當時定子皇後身邊的女官都不得不說出像“畢竟侍侯中宮，少納言是最佳人選”這樣的話。而從日後傳為千古佳話的“香爐峰雪”一則故事中則更可以看出少納言異於常人的敏銳和細致。
然而，正當清少納言在宮中過著無憂無慮的生活時，風雲突變。長德元年（公元995年），京中疫病流行。定子皇後之父、中之關白藤原道隆亡故[5]，按照嫡長子襲爵的傳統，本應由道隆之子伊周繼承關白之位。但此時道隆的四弟道長卻聯合其同母的親姐姐、一條天皇禦母詮子共同發難，聯合排擠其侄子伊周[6]，使關白之位傳於道隆之弟道兼。道兼承襲兄爵，稱粟田關白，但旋即染病身故，時人譏之為“七日關白”。
由於兩位兄長的逝世，使得原本是年齡最小的嫡子的道長成為當時藤原家的氏長者並且成功繼承關白之位。就在此時，本應成為關白的伊周與道長的矛盾激化，而這場宮廷鬥爭的結果是伊周由於其弟隆家的家人箭射花山法皇而遭到牽連，並被以“大不敬”的罪名流放到孤島。雖說道長對伊周並未趕盡殺絕，還施以小恩，於翌年將伊周赦免回京。但遭此打擊的伊周已經是一蹶不振，而作為伊周的妹妹的定子皇後，也是從此開始家運衰微。而定子本人也遭不幸株連，先是遭到幽閉，後來甚至被一度遣出皇宮。而也就在此時，宮中流言四起，謠傳清少納言暗通政敵道長。清少納言一怒之下辭官還家，直到定子皇後還宮才重新回到宮中繼續任職。清女對定子皇後之忠誠，由此可見。
為鞏固自己一係的地位，長保元年（公元999年），藤原道長將自己十一歲（一說十二歲）的女兒彰子送入宮中作為一條天皇的女禦，後又不顧定子皇後已有一子（即敦康親王）的事實，逼迫其使一條天皇做出“一帝二後”的承諾，分立中宮與皇後。以自己的女兒彰子為中宮，而定子隻是皇後。定子連遭打擊，精神抑鬱，於次年十二月十六日產下第二個女兒之後含恨去世，十載榮華，恍如一夢。
定子皇後的去世對於清少納言打擊極大。在其去世後，清少納言拒絕了彰子中宮的邀請，並於長保三年（公元1001年）出宮還家。後因為家境貧困，生計艱難，曾經在其兄長家過過一段寄食的生活，晚景孤獨，但仍然憑借記憶補完了《枕草子》全書。最後削發為尼，不知所終，據說可能是隱居在一個名叫“月輪”的地方（至於“月輪”的確切地點，已不可考），並且曾留下一首和歌，歌中言道：“老者望月空悲切，隱居山中甚孤寂。”大約在公元1025年左右，一代才女在孤獨中謝世。其遺體葬於何處，至今不明。