康熙一朝發生10多次的文字獄，其中最典型的則是康熙五十年至五十二年的戴名世一案。戴名世，晚年身居故裏，整理了記載南明諸王史事的《南山集》一書，不料被人告發為誹謗清廷之書。結果，戴名世被處死，戴氏家族中16歲以上的男子全部被處斬，女子及15歲以下的男子被沒為家奴，平時與戴有交往的幾百人受到牽連。出於鞏固統治的需要，玄燁確實為清王朝籠絡了一批人才，而他對漢人的防範也是縝密的。
康熙初年，廣大農村滿目瘡痍，農民不得溫飽，國家財政收入入不敷出。於是，康熙采取了一係列措施恢複和發展農業生產。
玄燁曾先後三次明令禁止圈地，並要求將圈占的土地還給農民，使農民能夠在自己的土地上安居樂業。
減免了地錢糧，是玄燁為了恢複生產采取的又一項重要措施。康熙二十六年，玄燁第一次下令免去江寧等7府及陝西全省600多萬兩白銀的錢糧，後來又先後減免過其他各省的錢糧，且數額在不斷增多。盡管得到減免政策實惠最多的是錢多地廣的富戶，貧苦農民相比之下獲利甚微，但是不能否認，減免在一定程度上減輕了農民的負擔，得到了農民的肯定。
清初的賦役製度沿襲明製，隨著農業生產的發展和人口的增多，已經不能適應實際情況。康熙五十一年，玄燁對賦役製度進行了重大改革，規定：以康熙五十年的全國丁銀數為標準，以後“滋生人丁，永不加賦”。後來，玄燁又在廣東試行了“攤了入畝”的征稅方法，即把全省丁稅全部歸入田賦。“地了銀”的實行和“攤丁入畝”的采用，在一定程度上改變了賦役不均的現象，使四處流浪的農民，重新回到了土地上來。
治河和漕運都是玄燁十分重視的大事，而漕運的恢複又在於治河的成功，因此，玄燁在興修水利上傾注了許多心血。玄燁在位期間治理的河流主要是黃河、淮河和運河，尤其注重治理黃河。為根治黃河水患，他任命水利專家靳輔為河道總督，全權負責治河工程。靳輔沿用明人“以堤束水，借水攻沙”的方法，又采用開中河、修堤坡等方法作輔助。一年之後，飽受水患之苦的7個州縣的土地便得以重新耕種。後又經過十幾年努力。水歸故道，漕運暢通。
由於玄燁采取了一係列重農貴粟的措施，因而促進了農業生產的恢複和發展。至康熙末年，耕地麵積和人口大幅度增長，國庫收入十分充裕，國庫存糧達幾千萬石。
在恢複和發展農業生產的同時，在商業和手工業方麵，玄燁提出了“恤商”和“利商便民”的口號。他禁止關津渡口對商人征收名目繁多的雜稅，反對官吏克扣勒索商人。他將“不虧行戶”定為整飭吏治的標準之一，嚴厲查處了一批違令的官吏，從而使商業開始恢複和發展起來。
康熙二十三年，玄燁一改清初寸板不許下海的禁令，廢止了禁海令。清政府在廣東澳門、福建漳州、浙江寧波、江蘇雲台山四處開設海關，管理往來商船，征收關稅。開放海禁30餘年，南洋的藥材、香料、棉花，西歐的呢絨、自鳴鍾、玻璃、儀器源源不斷地流入中國，而中國的茶葉、生絲、綢緞、陶瓷也大量輸入世界各地。海外貿易的發展，使清政府獲得了相當可觀的財政收入，促進了東南沿海地區手工業的發展，湧現出來一批如南京、廣州、佛山、廈門等新興的工商業城市，使資本主義的萌芽在這些地區得以發展。
當封建經濟發展到一定水平，玄燁認為開海、開礦在政治上的危害遠遠大於經濟利益時，他又做出了禁礦、禁海的決定。康熙五十四年，玄燁以礦產采盡、礦工難以遣散及礦工造反為由，禁止任何人再興開礦。這樣，剛剛發展起來的礦業重新衰落下去，雲南的鋼產量下降到每年100萬斤。康熙五十五年，玄燁又以防止海盜騷擾為由，一概禁止商船前往南洋各地，隻允許去東洋貿易。這樣，曾經開啟的古老帝國的大門，最終又關閉起來，玄燁的功過是非是很明顯的。
玄燁愛好讀書，一生好學不倦。他所讀之書涉獵的範圍極廣，從中國的四書五經、詞章、曆算等傳統文化到西方的天文、地理、醫學、幾何等自然科學知識，無不進行研讀，尤其注重研究儒家的經典子集。