戰鬥進行的很激烈，從清晨一直持續到傍晚，最後鄭軍主力喪失殆盡，隻有守將劉國軒帶部分隨從逃回了台灣。而在此時，固守孤島的鄭經的繼承人鄭克，不得不派人向清軍送上降表。收到降表後，康熙諭準鄭軍投誠，並決定對投誠的官員加恩予以安置。康熙的諭旨打消了鄭克的疑慮，遂於八月十三日率屬下列隊恭迎清軍登上台灣島。至此，台灣又回到了祖國的懷抱。為加強對台灣的控製，玄燁決定設置台灣府和台灣、鳳山、諸羅三縣，隸屬福建省，並向台灣派遣8000名駐兵，向澎湖派遣2000名駐兵。這樣就大大加強了東南海防，並且促進了台灣經濟文化的發展。
清朝的巨大版圖注定了會是一個戰亂紛爭的國家。對北方的沙俄，康熙早就注視著了，他隻是抽不出手來而已。現在三藩和台灣都得到了根本的解決。康熙考慮到了沙俄。
而東北地區是滿族祖先的發祥地。在17世紀，正值明清交替之際，沙俄乘虛而入，把侵略的魔爪伸向了這塊肥沃的土地。到17世紀80年代初，也就是康熙十九年至二十四年年間，沙俄進一步加強了對黑龍江地區的侵略活動，建立了以尼布楚城為中心的東進據點，補充兵力，擴大征稅區，還組織俄國移民，先後在烏第河至精奇裏江等很多地方建立城堡，其中以接近額爾古納河的雅克薩最為重要。對沙俄的侵略，玄燁一直視為心腹之患。他親政後，曾於康熙八年、九年先後兩次派出使者，到尼布楚與沙俄進行交涉。沙俄也曾派人到北京，與清廷交涉。但均無任何效果。康熙十四年，沙俄派出了以尼果賴為團長的使團來華，玄燁在大和殿接見了他們，指出：沙俄應停止邊界侵擾，歸還通逃。而尼果賴除大談兩國自由通商，要求中國釋放俘虜外，對玄燁提出的要求，一概不予理睬。不久，從黑龍江傳來了沙俄無故燒死20餘名中國獵人的消息。對此，玄燁感到十分震驚，決心嚴飭守備，不惜采取武裝手段驅逐沙俄侵略者，保衛邊疆安寧。康熙有所行動了，在康熙二十一年四月，玄燁以三藩平定，借祭告祖先的名義出關巡行，在吉林烏喇檢閱水師，接見寧古塔將軍巴海、副都統薩布素等。巴海曾長期戍守邊疆，熟悉邊情，還曾率兵與俄國軍隊交過手。薩布素世居吉林，了解東北邊疆的山山水水。玄燁多方麵詢問他們情況，目的在於為武裝抗俄進行相應的部署，在戰爭之前有一個充足的準備。
康熙二十二年，玄燁設了黑龍江將軍，加強東北地區的統治，並任命薩布素為首任將軍，從寧古塔調兵1500名，從盛京調兵600名駐戍，在吉林烏喇遣船艦100餘艘建立水師營。接著薩布素又在黑龍江處建額蘇裏城和呼瑪兒城，以加強攻守。為了保持黑龍江與吉林、盛京及京師的聯係，玄燁發三藩降為站，設置驛站，開辟驛道；派人勘察黑龍江、鬆花江和遼河水道，溝通東北三大水係的水運。為了解決軍糧問題，調遣兵了進行屯墾，教導索倫、達斡爾人屯田耕種。玄燁所采取的這一係列措施，極大地穩定了東北邊疆各族人民的民心，為以後的戰爭作了很有用處的工作。
玄燁一麵紮紮實實地進行各項基本部署，同時又遣人偵察俄羅斯方麵的動靜。郎談等奉命後，依計而行，一直到達雅克薩城下，然後再由黑龍江順流而回。根據郎談的報告，玄燁大體了解了雅克薩及周圍地區的俄軍情況。自康熙二十二年至二十三年間，清軍在當地各族人民的配合下，先後蕩平了除雅克薩以外黑龍江地區的俄軍各軍事據地。攻打雅克薩的時機已經到來，康熙這時候的目光是堅定的。
根據俄方的建議，談判原定於貝加爾湖東南的楚庫柏興（色楞格斯克）舉行。康熙二十七年三月，玄燁派領侍衛內大臣索額圖、都統公佟國綱及尚書阿喇尼等前往參加談判。行前玄燁諭旨：“尼布潮（楚）、雅克薩、黑龍江上下，以及通此一河一溪，皆我所屬之地，不可少棄之於鄂羅斯”，一要求照此“劃定疆界，準其通使貿易”。六月，由於噶爾丹叛亂，索額圖一行赴楚庫柏興受阻。後清廷於俄方商定於次年元月在尼布楚舉行談判。此次，玄燁又密諭索額圖：“彼使者若懇求尼布潮（楚），即可以額爾古納（河）為界”，在領土問題上較前有很大鬆動。正是由於玄燁的這一切實的讓步，才使談判最終取得成功。