幾次成規模的戰爭，充分顯示了康熙的雄才智慧。他在治理國家方麵也有很成功的措施。
玄燁深知，“民生安危視吏治”，貪官汙吏的勒索和壓榨是激起民變的直接原因，因此他十分重視整飭吏治，主要表現在以下諸方麵：
第一，玄燁非常的注重充實對官吏的各種考核製度，清入關定都北京之初，沿用明例對文職官員實行“京察”、“大計”。京察就是考察在京官員及三品以上的地方官；大計則是針對地方州縣至府、道、兩司官員的考核。但由於種種原因，考核有名無實，致使吏治敝敗不堪。鑒於此，玄燁決心嚴申考核，並整頓“京察”、“大計”製度。
第二，玄燁注重懲治貪官汙吏。他認為，對那些被糾劾出來的貪官汙吏，必須嚴懲。
第三，玄燁重視選拔官員，其中對大員，更是慎而又慎。他認為：督撫清廉，下麵的屬員就會交相效法，皆為良吏。為了考察各地官員的實際政績，玄燁還常常通過派遣到外地去的欽差大臣，或借外官升遷調動、來京朝覲等機會，向他們打聽各地督撫等官的表現。
第四，玄燁注重獎掖廉潔、表彰清官。認為，為官之人“德勝於才，始稱可貴”。這種“德勝於才”的官即為清官。玄燁在位時，他曾多次訓諭臣下，要向朝廷多薦舉清官。因此，一大批清官得以施展才華。玄燁不僅要臣下薦舉清官，自己也親自表彰清官。據粗略統計，經他親口稱讚的清官就有230人之多。如他稱讚於成龍為“今時清官第一”；彭鵬“居官清正，不愛民錢”；稱道陳賓“從古清臣亦未有如伊者”。
玄燁整飭吏治，構成了他整個政治生活中的重要組成部分。盡管在很多具體作法上，並沒有超出傳統的封建統治者所倡導的範圍，他所處的地位又使他不能看得更深更遠。但是，玄燁整飭吏治所收到的效果則是明顯的。從康熙二十年至四十年中，貪風有所抑製，官場也比較清明，達到了一個盛世就局麵。
玄燁處於一個非常特殊的曆史時期，而清朝的製度也使他這一時期的治理非常的困難，幾乎所有的漢族文人都不願做清朝的官員。他親政後，否定了輔政四大臣獨崇滿洲、貶抑漢臣等錯誤作法，目的在於緩和滿漢民族矛盾，消除對清王朝的潛在威脅。他認為，士為四民之首，要爭取民心，扭轉漢族人民的反清情緒，關鍵在於籠絡漢族知識分子。因此，他采取了種種措施爭取和使用知識分子。
玄燁南巡時，曾多次拜謁明太祖的陵墓，並親筆書就“治隆唐宋”的匾額，懸掛在祭殿之上。他還曾提出要查訪明室後人，授予官職，讓予官職，讓其看守陵墓。後來由於沒有查到，便改派清朝官員按時致祭。他還親自到孔廟祭孔，對孔子的後代廣施恩寵，從感情上對漢族士大夫進行籠絡，這種做法從後來看出，是非常的可取的。
玄燁還於康熙十七年特設“博學鴻詞科”，千方百計吸引明代的遺老和各種人才。玄燁要求各級官員將品學兼優之士薦舉給朝廷；以便他親自考察錄用。但應試的這些人也隻是當時漢族學者中的二三流人物，如顧炎武、黃宗羲、李頤等人始終拒絕參加應試。康熙對他們也采取了寬容的態度。關中大儒李頤托病拒絕應試，被人強行抬到西安，李頤便連續六天湯米不進，以示抗議。清朝官員無可奈何，隻好又派人將他送回家鄉。後來，玄燁巡幸西安，點名要見李頤，李頤托病推辭。康熙不僅沒有降罪，還親題了“誌操高尚”的匾額賜給他的兒子，以示褒揚。
玄燁對漢族知識分子的懷柔政策是有前提的，這便是要有利於鞏固清王朝的統治。一旦漢族士大夫的言行被認定危及了清王朝的利益，就會遭到殘酷鎮壓。