清廷與俄方經過緊張激烈的談判,於康熙二十八年七月二十七日正式簽約,這就是曆史上著名的《尼布楚條約》。條約中明確規定,以外興安嶺至海、格爾必齊河和額爾古納河為中俄兩國國界,確認了黑龍江流域和烏蘇裏江流域都是中國的領土。中國將尼布楚割讓給俄國。條約還就兩國貿易、邊民等事宜做出明確規定。條約的內容曾用滿、漢、蒙、俄、拉丁五種文字刻成界碑,高高矗立在中俄邊界上。它帶來了中俄東部邊境100多年的和平,成為玄燁抵抗沙俄侵略、維護國家主權的曆史記錄,也是康熙在其位時的有名的功績之一。
西北方的領地也並不太平,康熙十年,噶爾丹奪取了準噶爾部的統治權後,便用武力吞並了厄魯特蒙古的其他各部。當時,我國蒙古族除了漠西厄魯特蒙古外,還有漠南蒙古和漠北喀爾喀蒙古。漠南、漠北蒙古分別居住在內蒙和外蒙,早就歸順了清朝。為了吞並喀爾喀蒙古,噶爾丹與沙俄相互勾結。康熙二十七年,噶爾丹在沙俄軍隊的配合下,發動了對喀爾喀蒙古的戰爭。一時間,喀爾喀蒙古戰火紛飛,民不聊生。這時沙俄乘機脅迫喀爾喀蒙古的上層人物叛國投俄,遭到了宗教首領哲布尊巴丹等人的堅決抵製。在哲布尊巴丹率領下喀爾喀蒙古又一次歸附了清朝,被玄燁諭旨安排在科爾沁草原。康熙二十九年,噶爾丹以追擊喀爾喀為名,率2萬叛軍殺進了內蒙古地區,其前鋒一直打到了距北京900裏的烏珠穆沁。
噶爾丹的叛亂,玄燁在規勸的同時,積極準備了平叛的舉措。當時朝野上下對平定噶爾丹叛亂意見不一,玄燁認為噶爾丹一日不除,西北邊垂就一日不寧,遂決定率軍親征。
康熙二十九年元月,玄燁親臨塞北,指揮大軍迎戰噶爾丹,由裕親王福全和皇長子率左翼軍從古北口出擊,由大將軍常寧率右翼軍從喜峰口出擊。右翼軍出師不利,玄燁遂決定改由康親王傑書率領,駐守歸化,截住叛軍退路。八月,清軍在烏蘭布通與叛軍展開了一場血戰,大敗噶爾丹。噶爾丹左右拚殺,好不容易才突出重圍。為了獲得喘息的機會,他派人假意向清軍乞和。噶爾丹的乞和正中了怯懦無能的福全等人的下懷,他擅自同意同叛軍講和,結果使噶爾丹得以東山再起。鑒於叛軍已經遠逃,玄燁又身患重病,清軍遂班師回京。
噶爾丹逃回老巢後,表麵上對清廷恭順,實際上在養精蓄銳,意欲卷土重來。果然,康熙三十四年,噶爾丹又率3萬大軍在沙俄的支持下,在克魯倫河畔發動叛亂。康熙三十五年,玄燁決定第二次親征噶爾丹。
他依舊分三路進兵,命令薩布素、費揚古分別率領東西兩路大軍,自己統帥中路軍,約定三路大軍在翰海之地會師,夾擊叛軍。由於路途遙遠,中路軍失去與其他兩路大軍的聯係,玄燁臨危不懼,率軍繼續向克魯倫方向進發,結果與噶爾丹相遇。懾於玄燁的威嚴,噶爾丹未敢交鋒。即率軍加速逃遁。
很幸運的是,在昭莫多附近,叛軍遇到了先期到達的清西路軍。西路軍以逸待勞,將叛軍團團包圍,致使叛軍幾乎全軍覆沒。最後,噶爾丹隻率幾十名殘兵逃走。昭莫多一戰,清軍給叛軍以沉重打擊,噶爾丹從此一蹶不振。
但被打得潰不成軍的噶爾丹,並沒有因此而悔改,他首先欲投沙俄,遭拒絕後又對玄燁的招撫置若罔聞。
康熙三十五年,玄燁進行了第三次親征,依舊是三路大軍。此時的噶爾丹仍負隅頑抗,他派使者麵見玄燁,表示願意投降,但為了征得部屬的同意,希望玄燁將投奔清軍的噶爾丹部眾發還。玄燁當即識破了噶爾丹的緩兵之計,決定對叛軍窮追不舍,噶爾丹在絕望中急病而死,其部從紛紛向清軍投降。
經過三次親征,延續10年的噶爾丹叛亂終被平息,粉碎了沙俄分裂中國的陰謀,使西北邊疆得以鞏固。後來,噶爾丹的侄子妄阿拉布坦又在沙俄的支持下在西藏發動叛亂,玄燁遂派皇十四子前往平叛,結果一舉取勝。為此,玄燁親自撰寫碑文,在西藏立碑紀念。