艾森豪威爾離任時，越南的局勢似乎相當穩定。到了1963年秋，局勢急劇惡化。南越出現了重大的叛亂。肯尼迪向那裏派遣了1.6萬名美軍，但西貢的政治陰謀層出不窮，愈演愈烈。越南發生了軍事政變，吳庭豔被殺。早在1954年時，吳曾使艾森豪威爾一度非常振奮。人們猜測中情局與此次暗殺有關。艾森豪威爾在給尼克鬆的一封信中寫道：“我很懷疑吳庭豔事件能否長時間掩人耳目。不管美國政府和他的分歧有多大，我不相信國內有人會讚成冷血地殺死吳庭豔。”
同月，暗殺事件再次發生，同樣地神秘莫測，但更加令人震驚。1963年11月22日，艾森豪威爾正在紐約聯合國總部出席午餐會，這時他獲悉了肯尼迪遇刺身亡的消息。
11月23日，艾森豪威爾前往華盛頓向肯尼迪的遺體告別，並向其遺孀表示慰問。隨後，他應新總統的要求，穿過街道來到行政大樓與林登·約翰遜開會。
在此次會議中，約翰遜向艾森豪威爾表示，他想經常登門請教，希望他能給予支持。一開始，他請艾克給他一份包括具體建議的備忘錄。艾森豪威爾當天晚上口授了一封電報作答。他建議，約翰遜召開一次參眾兩院聯席會議，發表一篇不超過十分鍾的演說。艾森豪威爾建議：“首先要指出，您出任總統純屬意外，也接受上帝的決定。”並讓他承諾，“無意對施政的目的或政策作革命性的改變，也不會出現這種情況。”約翰遜還要承諾讓預算保持平衡。
在擔任總統的第一年中，約翰遜全力處理國內問題。在艾森豪威爾看來，他的內政政策與計劃過於自由化。約翰遜對此也是心知肚明，所以沒有垂詢艾森豪威爾的意見，隻是每年送上生日和節日禮物、聖誕祝福及措辭謙卑的信件。他討好艾克的方法包括無數邀請他參加白宮宴會的邀請信，以各種借口給瑪米送花，並將古德帕斯特晉升為三星上將（並不是古德帕斯特不應該得到提升，而是約翰遜有意讓艾森豪威爾知道自己在這件事上賣了個人情）。1964年2月，約翰遜不管山高路遠，專程趕到棕櫚沙漠前來問候艾克。
每次采取重大行動之前，約翰遜都會給艾森豪威爾寫信或打電話，彙報自己的意圖，尋求艾克的支持，征詢他的意見。雖然約翰遜寫給艾森豪威爾的信中全是一些阿諛奉承之詞，但他請求艾克給予指點的態度卻相當誠懇，對於收到的意見也很重視。畢竟約翰遜入主白宮的時候，在外交事務方麵幾乎全無經驗。在整個50年代之中，他在每場外交政策危機中都聽從艾森豪威爾的判斷。像其他政界人士一樣，他將艾森豪威爾將軍視為美國最智勇雙全的軍人。他顯然注意到，艾森豪威爾公開支持的越南政策對自己有著非同尋常的意義，他在這方麵利用艾克無非是為了他自己的利益。有關記錄證明，當約翰遜就越南戰爭作出重大決定時，他征詢了艾克的意見，並且受到了後者的影響——隻是在越南作戰這個基本問題上沒有得到指點。
艾克的意見還是一如既往地好戰。艾森豪威爾對約翰遜越南政策的批評，重點就是約翰遜沒有盡力而為。艾克對肯尼迪的外交政策也持同樣的意見。作為一個局外人，艾克在這兩件事情上顯得非常好戰，更願意采取激進行動。
1964年，約翰遜開始實施“滾雷行動”，對越南進行轟炸。他還不管顧問們的反對，開始派美國作戰部隊進入越南。1965年3月12日，艾克給約翰遜去信表示完全支持，並稱總統做得對。約翰遜在回信中寫道：“您總是能深知我心。能夠得到您的指點、關注與友誼，這對我意義非凡。”
1965年2月起，約翰遜每隔兩周，就會派古德帕斯特前往棕櫚沙漠或葛底斯堡向艾克介紹當前的局勢，並聽取他的意見。這些會議通常要持續兩至三個小時。在首次會議中，艾克告訴古德帕斯特，“他強烈建議，要擺脫製約，延遲辦事過程。在許多情況下，華盛頓在管理中過於注重細節才造成了這種局麵。之所以有這種行為，通常是因為政府官員缺乏經驗。”艾克請古德帕斯特告訴約翰遜，“讓威斯特摩蘭放開手腳。”總統應該為最近出任駐越美軍司令的威廉·威斯特摩蘭將軍提供他所需的一切，然後讓他放手作戰。他覺得這“非常重要”。
6月16日，古德帕斯特在葛底斯堡介紹情況時說，總統想知道艾克對於派往越南的美國援軍的使用與規模有何看法。參聯會隻想派空降師的一個旅，用它來保衛沿海基地。威斯特摩蘭想要整個師，並用這個師在南越發動攻勢。艾克“對這問題思考了很長時間”。隨後他說“我們如今在南越動了武，因此必須取得勝利。為了實現這一目標，隻是固守或靜觀待變並不可取。他還說，如果沒有充分使用基地，那麼設立這些基地也就沒有什麼用。建立這些基地的唯一理由，就是為了發動攻勢，消滅這一地區的敵人。”因此他認為“威斯特摩蘭將軍的建議應該得到支持”，並說“他對威斯特摩蘭將軍印象深刻”。
1965年7月2日，艾森豪威爾打電話給約翰遜。羅伯特·肯尼迪和邁克·曼斯菲爾德參議員對於越戰升級的批評越來越強烈。艾森豪威爾請約翰遜不要理會他們。他說：“一旦你在國際局勢中動用武力幫助一個國家，你就必須全力以赴！這是戰爭，隻要敵人正在向那個地方派兵，我的建議就是你要盡力而為！”他建議，約翰遜應該告訴蘇聯人，如果他們“不達成某些共識，我們就不得不全力出擊”。
當時約翰遜曾憂慮地問艾森豪威爾：“您真的以為我們能夠打敗越共嗎？”這是他第一次在艾克麵前流露出不自信。艾克回答得非常謹慎。他說，這一點很難判斷，因為這取決於北越和中國的立場及約翰遜的決心。仍然愁眉不展的約翰遜說，如果他進一步升級戰爭，“我們會失去英國和加拿大的支持，在世界上成為孤家寡人。”艾克立即答道：“我們還有澳大利亞人和韓國人，還有我們自己的信念。”
1965年8月，艾森豪威爾一直都保持著好戰的立場。8月3日，他告訴古德帕斯特：“我們不應根據最低需求采取行動，而是應該用壓倒性的力量橫掃敵人。”他想“立即對港口布雷，告訴世界各國將船艦撤離海豐，明確表示該地區不受保護”。他抱怨“對他來說，我們做任何事都有太多的阻力。”古德帕斯特說，參聯會擔心美軍在越南分散了力量，蘇聯可能會趁機在歐洲發動進攻。“艾森豪威爾將軍說，他不擔心這一點。如果我們卷入歐洲戰爭，他不會派大批部隊前往歐洲，而是會動用手中的所有核彈。”
8月20日，古德帕斯特報告美軍在朱萊實施了“搜索與摧毀”行動。艾森豪威爾說，“就應該這樣做。這才顯得很專業，做得既快又好。”他請古德帕斯特告訴約翰遜，“他完全支持總統所做的一切。他堅決支持。”
到了1965年10月，約翰遜的主要地麵增援部隊開始進入越南。艾克大為振奮。他告訴古德帕斯特：“我們現在必須投入足以贏得勝利的兵力。寧多勿少。他認為，我方壓倒性的力量能夠使敵人喪失士氣，減少傷亡。”艾克警告說，向越南派遣兵役製部隊將引發重大的公共關係問題，但他認為約翰遜應該隻派正規軍或誌願兵以避免這一問題。古德帕斯特說，上麵兩種兵員存在不足。
1966年1月，約翰遜征求艾森豪威爾的意見，問是否要向某些參加過二戰的退休將領谘詢對越作戰的問題。艾森豪威爾表示反對。“他說，沒有人比得上威斯特摩蘭。關鍵在於為他提供方便，讓他能夠自主行事。”兩周之後，約翰通過古德帕斯特問艾克如何評估“固守”戰略，也就是在基地和城市周圍挖掘戰壕，同時放棄在後方的攻勢。“艾森豪威爾將軍表示，他堅決反對這樣的建議。它們將使我們失去獲勝的希望，實際上隻會導致我方的徹底失敗。”
艾森豪威爾開始擔心曠日持久的戰爭將影響到民眾的支持度，並預見到了反戰示威，但隨著反戰聲浪的高漲，他也越來越憤怒。1966年10月，他在給尼克鬆的信中寫道：“看起來，越南戰爭使某些沮喪的黨派分子叫苦連天，而沒能使所有美國人團結起來解決國家難題。”他抱怨道，“某些學生自私、懦弱地大發牢騷。雖然他們出於無知與魯莽，但他們不負責任地對高層官員大加批評，對美國支持國際友人的守信行為大加譴責。”
但是不管反戰如何高漲，艾森豪威爾不相信美國會落荒而逃。1967年2月，他在給喬治·漢弗萊（他曾告訴艾克，說他擔心約翰遜會展開談判，“讓孩子們回家”，借此再度當選）的信中寫道，“美國在越南犧牲了許多人，我不相信它會接受任何協議。我們的民眾會認為這種協議‘不可信’。”
艾克想要勝利，而不是談判。而且他想速戰速決。1967年4月，他請古德帕斯特告訴約翰遜，“‘漸進主義’……注定毫無效率。”為了說明問題，他引用了自己最喜歡的例子：如果某位將領派一個營去攻占一座山，他能夠完成任務，但在此過程中會遭受重大傷亡。如果他派出一個團，傷亡就會大大減少。
7月，艾森豪威爾感到萬分沮喪。他告訴記者，自己強烈反對“漸進主義戰爭”，催促國會對北越定點。他說，這場戰爭“將成為首要任務。其他的目標不管有多麼誘人，都應退居二線”。10月，他說美國應該“千方百計贏得勝利”。當被問到他是否將為核武器的使用劃定界限時，他答道：“我不想自動排除某些可能。當你在國外動用武力推行美國的政策時，你沒有什麼約束。”
1967年11月28日，艾森豪威爾和布雷德利在葛底斯堡通過全國廣播公司發表了電視講話。這兩位老將軍有段時間曾與杜魯門一起參加過一個“爭取越南和平與自由公民委員會”的團體。布雷德利說，這個委員會的宗旨是幫助美國人民了解越南戰爭，因為“我們認為，當他們理解這場戰爭時，就會支持它。”艾森豪威爾認為，如果調整戰略與戰術，美國能夠取得軍事勝利。他說，“我覺得你們可以不用太在意地圖上的邊界線。”他提議“從海上或山上”對北越實施突然襲擊。“……我讚成采取被大家稱作‘窮追猛打’的戰術，直取柬埔寨和老撾。”最後，他激烈批評了“吸毒者”、“嬉皮士”及其他談論投降的人。
但艾森豪威爾心裏明白，想要退出戰爭的人並非隻是吸毒者和嬉皮士。他私下裏告訴古德帕斯特，“來看望他的人，有許多既不是鷹派也不是鴿派，但他們都在沮喪地談論越戰的進程。他們說，諸事不利，可能現在撤出比繼續打下去要好。”古德帕斯特慷慨激昂地作了回答。他堅持說，一切進展順利，勝利已然在望。艾克受到了鼓舞。“他說，他對我們贏得這場戰爭持樂觀態度。”
又一場總統選舉即將到來。越戰帶來的痛苦顯然將成為重要議題。1967年10月，艾森豪威爾泛泛地談到了他理想中的候選人。他說：“我沒有將自己視為傳教士，不想改變任何人的信仰。但是如果有共和黨或民主黨建議我們撤出越南，背誦在越南犧牲的一萬三千名美國人的名字時，他們將與我展開較量。這將是使我走遍全國進行演講的少數幾件事之一。”
1968年初，艾森豪威爾在《讀者文摘》上發表了一篇論述戰爭的文章。他在寫到反戰運動時說，“當前甚囂塵上的對抗遠遠走出了體麵的爭論……這是造反，近乎叛國……我個人不會支持所有鼓吹投降，放棄南越，希望不惜代價換取和平的候選人。”
與此同時，越共發起了春節攻勢。他們傷亡慘重，但這在美國產生了近乎恐慌的反應。無人預料到，也沒有人想到越共人數如此眾多，行動如此協調一致。這使艾森豪威爾想起了人們對“突出部戰役”的反應。當時他要求增援，以便擴大阿登地區的戰果時，盟國政府給了他完成戰役所需的兵力。但是在1968年，約翰遜政府非但沒有給威斯特摩蘭派出他擴大戰果所需的增援部隊，反而限定了駐越美軍的兵力。與此同時，采用反戰綱領的尤金·麥卡錫參議員在新罕布什爾民主黨的初選中與約翰遜對決，表現極其出色。羅伯特·肯尼迪參議員也出馬反對總統。
約翰遜曾向艾森豪威爾承諾，他將堅持到底。但是卻在全國電視講話中宣布，將停止對北越多數地區的轟炸，而且將退出競選。艾森豪威爾大為惱怒。他大罵約翰遜臨陣脫逃的話實在不宜見諸報端。古德帕斯特接受了新的任命，艾森豪威爾與約翰遜政府的關係就此終結。
越南是艾森豪威爾在60年代中期感到不快的主要原因之一。對艾森豪威爾來說，長發、嬉皮士、搖滾樂、大量青少年吸毒及貧民區騷亂都是令人深感惋惜的事。1965年，他在一封給英國友人的信中寫道：“蔑視法律，衣著、外表、思想和舉止方麵的散漫，學生運動和其他不服管束的群眾運動都有一個共同的原因：不關心古老美德，不尊重法律、長者和傳統愛國主義思想。”
他認為，道德墮落、品位喪失的主要原因是國家領導人素質的下降。這一點至少在1968年的總統選舉中能夠看出來。他無法回避共和黨1964年敗選的個人責任，因為他沒有批評巴裏·戈德華特，也沒有支持某個他自己選擇的候選人。他決心不再重蹈覆轍。