艾森豪威爾也反對增加對空間競賽的投入。尼克鬆、共和黨領導人及國防部門都在敦促他全力支持將人送入繞地軌道的“水星計劃”及登月計劃。艾森豪威爾將此類計劃稱作“花費數十億美元但不具直接價值的計劃”。
對艾森豪威爾來說，1960年的總統競選受到三種想法的支配。第一，他極其關心國家的未來，而這種關心表現在他的黨派之見上。他深信，民主黨的勝利意味著美國的災難。第二，他覺得，這次選舉是對自己過去七年半來相關政策的一次信任投票。如果他自己是候選人，選舉結果將毫無疑問。他知道這種想法愚蠢，甚至非理性，但還是無法擺脫這種念頭。第三，他對尼克鬆心存疑慮。
自從1952年競選期間尼克鬆發表那次著名的電視講話之後，他一直忠心耿耿、任勞任怨地為艾森豪威爾工作，尤其是在1955年艾森豪威爾患心髒病期間。對艾森豪威爾來說，尼克鬆的問題在於，他似乎從來沒有成熟起來，每次考慮問題，都會帶著黨派之見，似乎從未做好接任的準備。但他同時又認為尼克鬆比其他候選人要優秀得多，艾森豪威爾決定全力支持他。
競選使得艾森豪威爾與尼克鬆兩人之間原來就不融洽的關係更加緊張。尼克鬆不可避免地要強調他在政府工作中的經驗，聲稱自己在政治的決策過程中發揮了領導作用。但這恰好是艾森豪威爾極其敏感的地方。民主黨經常批評艾森豪威爾統而不治，不願親自進行決策，而尼克鬆的說法恰好為他們提供了口實。艾森豪威爾免不了想到此次選舉是對他執政工作的一次全民公決，而他不能，也不會允許別人說他沒有行使決策權。當然，尼克鬆不太可能認為選舉是針對艾森豪威爾的一次投票。這是尼克鬆與肯尼迪的對決，而他需要艾森豪威爾的全力支持。他不希望艾森豪威爾根據當前政府的成績來展開競選，而是希望他能列舉自己重大貢獻，並稱讚自己“不可或缺”，“有政治家風範”，“卓有遠見”等等。但艾森豪威爾卻在競選活動中一心維護自己的政績。
第二個重大問題，是兩個人存在認識上的差異。艾森豪威爾出馬競選總統時，他本能地保持中間道路，目的顯然是爭取無黨派人士的選票。雖然遭遇了保守派的強烈反對，但他還是贏得了1952年的總統候選人提名；他不是一個職業政客，並沒有從共和黨得到力量或勢力，根本不是一個黨員。而相形之下，尼克鬆是一個典型的黨員，他的力量與勢力來自共和黨。如此一來，尼克鬆的做法更體現了黨派作風，在1960年競選中更是如此，與艾森豪威爾的期望並不相同。
尼克鬆覺得，有必要團結共和黨。他還認為，選民想要了解國防事務。而這一切對兩者造成了最深的傷害。尼克鬆在防務問題上開始疏遠艾森豪威爾。從理智上來講，艾森豪威爾知道這一步勢在必行，因為眾人都在吵著要求增加國防開支，這一趨勢不可阻擋。他還知道，尼克鬆不得不保持自身的獨立形象，而不僅僅充當“艾克的手下”，同時必須表明共和黨不是一個墨守成規的政黨。但是在感情上而言，艾森豪威爾覺得這麼做像是在無情地拒絕過去七年半時間中他為之努力奮鬥的一切。
所有這些根本性的矛盾和艾森豪威爾對尼克鬆的曖昧態度，對尼克鬆的競選產生了不利影響。這不僅使尼克鬆失去了部分選票，他最終敗選可能也有這方麵的原因。
國防開支是競選的主要話題。民主黨候選人在各國各地的競選演說中都提到了這一問題。他們指責艾森豪威爾允許“導彈差距”和“火箭差距”的出現，結果導致了美國在全國收縮勢力。納爾遜·洛克菲勒也隨聲附和。6月8日，他提出，國防預算應該增加35億美元（約9%）。艾森豪威爾在一次共和黨領導人的會議上說：“我懷疑納爾遜一直對那些缺乏常識的顧問們言聽計從。”
那天晚上，洛克菲勒打電話給艾森豪威爾。他想知道，艾森豪威爾是否認為自己應當再次出馬競選總統。艾森豪威爾趁機就國防開支問題給洛克菲勒上了一堂課。據懷特曼記載，“總統說，他相信毫無必要地驚嚇並不正確。他認為，問題應當是我們是否正在迅速地處理這些事情。”對於洛克菲勒再次參選，“總統說自己擔心他會白忙一場……並認為納爾遜勝選的機會非常渺茫。”艾森豪威爾告訴洛克菲勒，任何人想在今後四、五年中得到共和黨的提名，“必須得到總統的支持。他說，他希望納爾遜能夠采取他所主張的合理而積極的措施（而不是責怪所有人）。”
第二天，洛克菲勒宣布，盡管他以前退出競選的聲明依然有效，但他願意接受挑選。在同一天，6月11日，艾森豪威爾與霍比夫人通話。她曾打電話給總統，對洛克菲勒在國防開支問題上所作的聲明表示惋惜。但她也說：“另一個人（尼克鬆）也不容易取勝。”艾森豪威爾安慰她，“迪克的水平每天都在增長。”霍比抱怨，尼克鬆的黨派意識趕跑了曾投票給艾森豪威爾的獨立選民和德克薩斯州。她請總統告訴尼克鬆，做事應當有建設性，而且沒有黨派之見。艾森豪威爾按要求行事，給尼克鬆口授了一封信，重提了霍比的要求，並寫上：“我個人也有同感。”
與此同時，民主黨人在洛杉磯開會，提名肯尼迪參議員為候選人，而肯尼迪挑選了林登·約翰遜作為他的競選夥伴。艾森豪威爾雖然預見到了這一結果，但仍然有些吃驚。
根據魯賓遜的日記，艾森豪威爾這樣評價約翰遜：“他是個小人，而不是個心胸開闊的人。他既沒有深刻的思想，也沒有開闊的眼界來擔負重大的職責。不管他如何無能，作為參議院多數黨的領袖在表麵上總是不錯的。約翰遜為人膚淺，而且善於投機。”
艾森豪威爾更不喜歡肯尼迪。他告訴喬·肯尼迪的朋友埃利斯·斯萊特，說自己擔心如果肯尼迪家庭一旦進入政界，“我們就無法把他們請出去——除非有比坦馬尼大廳還要大的機器……”艾森豪威爾對他的一位商界朋友說道：“我會竭盡全力，避免總統職位和國家落入肯尼迪手中。”他與基斯佳科夫斯基“長談了一次，並說，與尼克鬆相比，肯尼迪是多麼地無能。即使是比較有頭腦的民主黨人，也對他這一選擇感到吃驚。他還說，約翰遜是國會中最狡猾，最不可靠的政客”。1956年，艾森豪威爾把史蒂文森與基福弗兩人稱為民主黨曆史上“最令人失望的”組合。1960年，他認為，肯尼迪與約翰遜比前者更遜。
但在1956年，他能夠直接與史蒂文森與基福弗進行較量；1960年，他隻能通過尼克鬆來對抗肯尼迪與約翰遜。但他能夠（也的確做到了）使尼克鬆以他所能接受的綱領來實施對抗。7月25日，共和黨全國代表大會召開。此前一個星期，艾森豪威爾每天至少兩次通過電話與尼克鬆交談。總統告訴比爾·魯賓遜，他“相當滿意尼克鬆的立場”。但是7月22日，尼克鬆出乎意料地飛往紐約與洛克菲勒會麵。他們擬定了一個共同聲明。記者們立即稱其為尼克鬆的妥協，因為在多數問題上（公民權利、住房、教育及就業），這份聲明反映了洛克菲勒更為自由的觀點。但真正使艾森豪威爾感覺沮喪的，是與國防問題有關的部分：“美國能夠承擔，也必須提供更高的支出，來全麵實施加強我國國防態勢的計劃。為了維護美國的安全，必須不惜一切代價。”
艾森豪威爾承認，自己覺得這份受到肯尼迪批評的聲明“有些令人吃驚”。發表聲明的這兩個人“長期在政府部門工作。至少當我在場時，他們從未對美國國防是否處在合適的程度表示過懷疑”。蓋布·豪格“有些驚慌地”打電話給魯賓遜。他告訴魯賓遜，這份聲明“確實批評了總統在防務方麵的立場”。更糟糕的是，洛克菲勒堅持要將保證增加國防經費的承諾寫入黨綱。魯賓遜與艾森豪威爾商談後，總統說道：“如果黨綱含有批評政府工作的內容，尼克鬆很難利用自己的政績推動競選。”艾森豪威爾說，他還要當六個月的總統，而且還想堅持自己的原有政策。“尼克鬆的立場或競選綱領如果對這些政策提出批評，就會導致共和黨的競選出現不協調與不團結。”
第二天，艾森豪威爾打電話給尼克鬆。尼克鬆稱，洛克菲勒單方麵發表了那則聲明。他說：“我想做的是，找到某些納爾遜能夠讚同我們，而不是反對我們的基礎。”艾森豪威爾對尼克鬆說，他覺得“很難……積極支持一個不尊重共和黨政績的黨綱……”尼克鬆隨後指示手下刪去了指責他人的文字，代之以妥協：“美國能夠，也必須提供必需的一切，來保障其自身安全……增加必需的開支，以適應新的形勢……多則浪費，少則導致災難。”這是艾森豪威爾可以接受的言辭。
7月26日，艾森豪威爾在全國代表大會上發言。他沒有談尼克鬆入主白宮的資格，而是回顧了自己的政府所取得的成就。尼克鬆輕鬆獲得了提名，並挑選小亨利·洛奇擔任自己的競選夥伴。艾森豪威爾感到失望。他一直希望副手人選是阿爾·安德森，懷疑洛奇並不是一個得力的競選人。不過，他接受了尼克鬆的決定。
在共和黨全國代表大會之後，艾森豪威爾想要說服肯尼迪減少對國防政策的批評。他指示艾倫·杜勒斯給肯尼迪和林登·約翰遜介紹情況。艾森豪威爾要求杜勒斯強調美國國防態勢如何強大。但在情況介紹中，杜勒斯隻想談柏林、古巴、伊朗、中東、台灣、北約和剛果。兩位共和黨參議員隻對競選期間可能出現的情況感興趣。肯尼迪直截了當地問杜勒斯：“我們在導彈競賽中的形勢如何？”杜勒斯在遞交給總統的情況介紹會備忘錄中寫道：“我回答，國防部是有權回答這一問題的部門……”這樣的回答實在難以令人滿意，因此肯尼迪覺得仍然可以繼續談論“導彈差距”。
肯尼迪的競選活動進一步使艾森豪威爾堅定了阻止他的決心。艾克與尼克鬆會麵，一致認為，總統應該保存體力，到競選的最後幾天再出擊。當時他將為尼克鬆四處遊說。但是，艾森豪威爾早就暗中開始勸說自己的富翁朋友，要求他們為選舉投入金錢與精力。
除了刺激經濟與籌集競選資金外，艾森豪威爾還可以通過召開記者招待會的辦法來幫助尼克鬆，但實際上成效不大。當有人問到尼克鬆，或他企圖表達某點意見時，他的答案似乎總是顯得模棱兩可，而不是尼克鬆迫切需要的明確而全麵的支持。總的效果幾乎是毀滅性的。
8月10日，一名記者問艾森豪威爾，“鑒於尼克鬆擔負起了候選人的職責……他是否會一改以往的做法，給予尼克鬆更多表現自己的機會。”艾森豪威爾答道，他獨自一人就能作出決定。他會一如往昔，繼續谘詢尼克鬆的意見，但如果必須作出決定，“我會根據自己的判斷行事。”當問到他是否覺得尼克鬆對洛克菲勒作出了太多的讓步時？艾森豪威爾答道：“唔，我認為他沒有覺得自己在妥協。”彼得·利薩戈問，艾森豪威爾是否反對尼克鬆舉行自己的記者招待會。艾森豪威爾說自己不反對：“事實上，我十分肯定，除了細節之外，他要說的正是我想講的話。我不反對他發表任何公開講話……”
莎拉·麥克倫登問，艾森豪威爾最近要求增加軍事撥款“是根據世界形勢而作的改變，還是您受到尼克鬆先生或洛克菲勒先生的影響而如此行事”。艾森豪威爾當即答道：“除了我自己的軍事顧問和國務院的顧問，我隻服從自己的判斷，不受別人的影響。”查爾斯·巴利特問，尼克鬆和總統在核試驗問題上是否存在分歧。艾森豪威爾答道：“我想不起來他對地下核試驗具體說過些什麼。”
在與肯尼迪的較量中，尼克鬆強調自己在實施艱難決策方麵經驗豐富。但在半個小時的記者招待會上，艾森豪威爾否認尼克鬆或其他人真正參與過決策。他特別指出，在增加軍事預算方麵並沒有征求尼克鬆的意見，並承認，他甚至不記得尼克鬆在核試驗問題上提出過什麼意見。
兩周後的一次記者招待會上，情況更加糟糕。莎拉·麥克倫登請艾森豪威爾“告訴我們尼克鬆先生曾經參與的一些重大決定……”艾森豪威爾答道：“我不明白為什麼人們不能理解這種情況：除了我之外，沒有人能夠做決定……我有各個方麵的顧問，而其中之一就是尼克鬆先生……現在，如果你們說還有其他人參與決策，這怎麼可能呢？沒有人能夠做到，因為誰來負責呢？”
在同一個記者會上，《時代》雜誌的查爾斯·莫爾再次提到了這一話題，並說“尼克鬆很想說自己已經有了許多從事總統工作的實踐。”總統能否舉例說明尼克鬆如何參與決策過程？艾森豪威爾說，尼克鬆參加會議並發表意見，“而且他從不遲疑……勇於發表自己的觀點。當別人垂詢他的意見時，他會為決策提供建議。但是（會議上）其他人……並無決定權。不會投票表決……尼克鬆先生完全參與了每次重大的討論。”
此時，艾森豪威爾顯示開始為一再回答同樣的簡單問題而動了氣。但莫爾緊追不放。他說：“總統先生，我們知道決策權完全在您。不過我仍然想問，您能否給我們舉一個例子，說明您曾經采納過他的重要意見，而他則是決策者與最終的……”
艾森豪威爾打斷了他的話。他說：“如果你給我一周時間，我可能會想到一個例子。現在我記不起來。”他說完這番話，會議就此結束。
艾森豪威爾立即意識到了這番話的嚴重性。回到橢圓形辦公室後，他打電話向尼克鬆道歉，表達了自己的悔意。民主黨和報界當然對此大肆炒作。此後不久，尼克鬆直截了當地懇求艾森豪威爾，希望“通過某種方式參與總統針對古巴采取的行動”。（尼克鬆要求對卡斯特羅采取果斷行動，並希望艾森豪威爾能把這功勞讓給他。）艾森豪威爾予以拒絕，並說：“很難以可以接受的方式來做這件事。”艾森豪威爾向懷特曼抱怨道，尼克鬆在1956年犯了一個大錯。艾森豪威爾說，當時自己曾讓尼克鬆擔任國防部長，如果他能出任該職，就能得到必要的決策經驗，“在現在的總統競選中，形勢也會有利得多。”
競選的高潮是尼克鬆與肯尼迪的辯論。艾森豪威爾建議尼克鬆不要接受辯論，因為尼克鬆的名氣遠遠大於肯尼迪，因此不應給予肯尼迪這麼多宣傳自己的機會。尼克鬆拒絕了總統的建議，認為辯論正是自己最擅長的項目。艾森豪威爾隨後建議，他“要談積極的方麵……不要顯得過於老練。”尼克鬆答道：“他要表現出君子風度，等候肯尼迪發動攻擊。”第一輪辯論結束後，尼克鬆打電話給艾森豪威爾。艾森豪威爾說“他沒能聽到那場辯論……”，這肯定使尼克鬆頗為沮喪。隨後，艾森豪威爾開始建議他“在回答問題前，要時不時……想一下，裝作正在思考問題的樣子。不要顯得過於伶牙俐齒。”這些話也肯定傷了尼克鬆的心。
10月下旬，艾森豪威爾終於開始積極為尼克鬆輔選。但他說的，並不是尼克鬆已經為總統一職作好了準備，而是自己政府的成績。例如，他對費城的聽眾說，在以往八年中，個人收入增長了48%，個人儲蓄增加了37%，學校建設增長46%，大學入學人數增長75%；政府興建了900萬套住房，是建房數裏最多的十年；國民生產總值增長45%；通貨膨脹得到控製；州際公路係統變成了現實，聖勞倫斯海道也已經通航。總之，過去八年政府取得的成就非同尋常。對此，大家並無異議，但尼克鬆可能會說，現在的問題是關於選舉誰將領導美國進入60年代，而不是回到50年代。
但是，艾森豪威爾這些演說確實引起了反響。艾森豪威爾決定，他要參加更多的輔選活動，並表示他希望自己能多發表演講。尼克鬆當然全力讚成。但是在投票前第八天（10月30日），瑪米打電話給帕特·尼克鬆，說她想到自己的丈夫需要承受額外負擔就擔心不已。她對尼克鬆夫人說，艾森豪威爾“不能承受競選可能對他的心髒造成的沉重負擔”。她曾試圖勸阻丈夫，但是沒有成功，因此“懇求”帕特，讓尼克鬆去說服艾森豪威爾改變主意，但不能讓艾克知道瑪米插手此事。第二天上午，斯奈德醫生也發表意見，讓尼克鬆“為了總統的健康著想，說服他不要繼續輔選，或者幹脆不讓他做這件事”。
尼克鬆在他的回憶錄中寫道：“當天下午我來到白宮時，難得看到艾森豪威爾如此興奮。”他讓尼克鬆看了一份增加了內容的日程安排。尼克鬆開始解釋總統為什麼不應承擔額外的負擔。尼克鬆說，“他受到了傷害，接著就開始發火。”但是尼克鬆堅持己見，艾森豪威爾“終於默然接受。出於自尊，他什麼話都沒有說，但我知道，我的行動使他覺得既驚訝又沮喪”。
尼克鬆不想為了自己的競選而讓艾森豪威爾的健康承受風險，但對於肯尼迪參議員的健康，他卻準備提出質疑。11月4日，懷特曼寫道，尼克鬆陣營出現了“一種背水一戰的氣氛”。她舉了尼克鬆要白宮發表的一項聲明為例。國內四處流傳著肯尼迪罹患阿迪森氏病的謠言。尼克鬆遞交的聲明提到了1956年艾森豪威爾麵臨的情況，當時他公布了全麵身體檢查的結果，並要求1960年的候選人也照此辦理。尼克鬆表示，總統簽署並發表這一聲明後，他將立即公布自己的健康狀況。
吉姆·哈格蒂大感惱怒。他認為這種行為是“低劣卑鄙的政治花招”。艾森豪威爾也有同感。當一名手下想對總統解釋關於阿迪森氏病的傳聞時，艾森豪威爾製止了他，說道：“我個人不想涉及任何與候選人健康有關的事情。”這個想法就此煙消雲散。
哈格蒂和艾克的態度令人費解。尼克鬆指出艾克在1956年已有先例是正確之舉，而且肯尼迪早就開始質疑約翰遜的健康問題（約翰遜曾得過心髒病。在舉行全國代表大會前，肯尼迪曾質疑過他從事全職工作的能力。）在70與80年代，總統候選人的健康成了眾人討論與考慮的正式話題。
11月4日，尼克鬆的手下打電話給懷特曼，提出了一個新建議。尼克鬆想在當晚的演講中說，如果當選，他將派艾森豪威爾前往共產黨國家進行友好訪問。艾森豪威爾“感到驚訝，不喜歡以這種方式‘拍賣總統職位’。他談到了自己卸任後外出訪問的困難，認為這是背水一戰的過激行為”。他告訴哈格蒂打電話給尼克鬆的手下予以拒絕。
兩天之後，尼克鬆的秘書羅斯瑪麗·伍茲打電話給懷特曼，請她提醒總統收聽當晚9點尼克鬆的廣播講話。艾森豪威爾收聽了廣播，再次驚訝地聽到尼克鬆承諾，將派艾森豪威爾出訪。艾森豪威爾大為生氣，要哈格蒂打電話給尼克鬆，讓他取消這一承諾。哈格蒂讓總統平靜了下來。懷特曼寫道，“總統口授了……一封給此次演說的賀電……發給尼克鬆。”對所有企圖了解艾森豪威爾與尼克鬆兩者關係的人，以及所有企圖理解美國政治的團體，懷特曼的一句話道出了他們的心聲。她說：“我不懂。”
11月8日是選舉日。艾森豪威爾和約翰夫婦一起跟蹤投票結果。初步報告令人沮喪，肯尼迪正在橫掃東部地區的選票。晚上11時，艾森豪威爾憂心忡忡地上床就寢。第二天早上他醒來時，尼克鬆在選民投票方麵趕了上來，差距基本消失，但在選舉人票上仍然毫無希望。午後不久，尼克鬆從加利福尼亞州的總部打來電話。他認為自己將拿下加州、伊利諾伊和明尼蘇達州，但票數仍然不夠。尼克鬆指出，他得票超過共和黨得票率大約百分之七，但是輸在“共和黨的軟弱”。艾森豪威爾請尼克鬆好好休息一下。隨後他很好地總結了自己對此次競選的看法：“我們能為過去這八年時間感到自豪。”尼克鬆答道：“您做了件了不起的工作。”
尼克鬆後來告訴艾森豪威爾，他從來沒聽到總統說話如此沮喪。艾森豪威爾承認事實的確如此。出現這種情況的原因，他沒有告訴尼克鬆，卻告訴了懷特曼。令他難受的，與其說是尼克鬆的失敗，不如說是他被人遺棄的感覺。懷特曼寫道，整個上午“總統不停地說，這是對他八年來所做工作的否定”。