這是個令人不安的消息，但未讓人感到驚慌。如果飛機失事或被擊落，駕駛員弗朗西斯·鮑爾斯不可能僥幸逃得活命。此外，中情局曾向總統保證：“如果飛機墜落，它不是在空中解體就是在地麵撞毀，因此不會留下多少間諜活動的證據。機上安了自毀裝置。”中情局沒有告訴艾森豪威爾，“自毀裝置”必須由駕駛員啟動，而且它裝載的炸藥隻有2.5磅，無法“摧毀”一架U2這樣大的飛機，也沒說幾百英尺卷得緊緊的膠卷會在飛機墜毀或著火時留存下來，給蘇聯人提供他們所需的全部證據。艾森豪威爾認為，鮑爾斯已死，U2飛機已經燒為灰燼。他感謝古德帕斯特向自己報告這一情況，然後就繼續處理其他事務。
第二天上午，5月2日，古德帕斯特來到橢圓形辦公室。他說道：“總統先生，我接到中情局的報告，我昨天提到的U2偵察機仍然下落不明。飛機進入蘇聯境內一千三百英裏處的時候，駕駛員報道發動機起火，此後再無音訊。根據飛機攜帶的油量來看，他不可能仍在飛行。”如果鮑爾斯不在飛行，他就已經死亡，飛機也已經墜毀。因此艾森豪威爾決定什麼也不做，讓赫魯曉夫來走下一步，並認為（或希望）他也會保持沉默。蘇聯擊落一架U2飛機，已經表明了自己的態度。如果赫魯曉夫對會談有誠意，他就會低調處理這件事，或是將它放諸腦後，隻會希望在巴黎時私下裏和艾森豪威爾就此事說上一兩句。
5月5日，赫魯曉夫在最高蘇維埃發表演說，稱蘇聯已經擊落一架入侵蘇聯領空的美國間諜飛機。赫魯曉夫憤怒地譴責美國在蘇聯上空實施“強盜飛行”的“侵略性挑釁”。在這個長篇演說中，赫魯曉夫說美國挑選“五一”節實施偵察，希望蘇聯那時防備鬆懈，結果沒有得逞。赫魯曉夫對這一挑釁性飛行作出了自己的解釋：“美國的帝國主義侵略勢力最近一直在積極活動，企圖破壞首腦會談，或至少阻止美蘇達成任何協議。”但他沒有指責艾森豪威爾，相反，他說軍國主義分子在總統不知情的情況下采取了行動。
艾森豪威爾總統決定不作任何反駁或解釋。他本可以立即反駁這些指責，也可以發表聲明，承擔所有責任，說明隻有得到他的親自批準，U2飛機才能起飛。他也可以堅持說，由於蘇聯凡事秘而不宣，美國擔心受到核彈的突然襲擊，高空偵察對美國的國家安全而言不可或缺。在此過程中，他可以提醒全世界，人盡皆知，克格勃對西方實施間諜活動，遠比中情局對蘇采取行動要活躍得多。
但是這些事情他一件都沒做，因為他固執地要保守U2的秘密。而令人奇怪的是，U2對蘇聯來說並不是什麼秘密，甚至早在1956年飛機首次飛行時，它就已經不是秘密了。實際上，所有與此事有關的政府——英國、法國、土耳其、挪威、台灣及其他國家和地區都知道U2的事。不知道情況的，反倒是美國民眾及他們選出來的官員。
艾森豪威爾的另一個選擇，就是發表聲明，稱由於蘇聯拒絕“開放領空”的建議，因此他決定單方麵執行這一政策，然後讓赫魯曉夫隨意派飛機對美實施偵察。但是，要這樣做的話，艾森豪威爾必須公開U2飛行的情況。雖然我們現在很難判斷這樣做會造成何種損失，但艾森豪威爾當時決定，不顧一切保守高空偵察的秘密，至少要否認這種行為的存在。於是，他不但不承認，反而想掩蓋真相。
他這麼做，是因為他以為謊言能夠發揮作用。艾森豪威爾以為鮑爾斯已死，飛機已經墜毀，赫魯曉夫抓不住什麼把柄。具有諷刺意味的是，艾森豪威爾本人曾說，自己唯一的，也是最大的資本就是“誠實的聲譽”，“當我們正在坦誠相對時”，如果有一架U2被擊落，“它可能被放在莫斯科展覽，破壞總統的聲譽。”但是他仍然抱著一絲希望，以為沒有任何實物證據的赫魯曉夫不能令人信服。
5月5日下午，艾森豪威爾回到華盛頓後，批準了一項由國家宇航局發表的聲明。聲明稱：“從1956年以來，一直執行國家宇航局高空氣象研究項目的一架U2飛機自從5月1日以來下落不明。駕駛員曾報告，他在飛越土耳其凡湖地區時發生了氧氣故障。”由此推測，U2偏離航線後，可能越過邊境進入了蘇聯。言外之意就是說，鮑爾斯的氣象飛機就是蘇聯擊落的那一架。
第二天，赫魯曉夫公布了一張飛機殘骸的照片，並稱它就是鮑爾斯駕駛的那架U2飛機。但實際上，這並非U2，而是另一架飛機。赫魯曉夫設下了一個圈套。他希望艾森豪威爾繼續以為鮑爾斯已經機毀人亡，這樣美國就會堅持“氣象研究”的說法。
接著，在5月7日，赫魯曉夫突然亮出了他的殺手鐧。他興高采烈地向“一片歡呼”的最高蘇維埃報告：“我們得到了飛機的殘骸，也抓住了駕駛員。他仍然活得好好的。他和飛機的殘骸都在莫斯科。”
得知鮑爾斯被蘇聯生擒這個他認為“難以置信”的消息後，艾森豪威爾認為，既然赫魯曉夫手中人機（以及膠卷）並獲，美方繼續否認高空飛行的真正目的已經沒有什麼意義。但他還沒有準備告訴美國人民和全世界，他本人卷入了令人厭惡的間諜活動。杜勒斯、赫脫及其他高級官員千方百計來保護總統。根據赫脫的建議，艾森豪威爾授權國務院發表聲明，否認鮑爾斯得到飛越蘇聯上空的任何授權。
這一聲明寫得非常拙劣，而且發布的時機也不對，結果使得局勢更加糟糕。詹姆斯·賴斯頓在《紐約時報》的報道中寫道：“美國今晚承認，自己一架用於搜集情報的飛機‘可能’飛越了蘇聯領土。”
“然而，官方聲明強調，華盛頓當局‘沒有批準任何此類飛行’。”
“至於批準此次飛行的人到底是誰，官員們拒絕發表評論。如果美國沒有批準此次U2飛行，我們隻能認為，在中東或歐洲指揮係統中的某個人下達了這一命令。”
當天下午，美方仍然企圖掩蓋事實。古德帕斯特打電話給赫脫，說艾森豪威爾要國務院發表聲明，稱U2飛機實施偵察“是遵照總統在其執政初期下達的一份一般性指示而行事，目的就是為了保護我們免受突然襲擊。”但古德帕斯特還說：“總統不希望此事和他有任何牽連。”
最後發表的聲明增添了民眾羞辱與混亂的情緒。賴斯頓在報道中寫道：“今夜，華盛頓深陷在悲哀與茫然之中。民眾紛紛指責政府管理不力，判斷失當，不講信譽。”
艾森豪威爾本人依然鎮定自若。他告訴懷特曼：“我很想辭職。”懷特曼覺得總統當天上午有些沮喪，“但是到了下午，他又恢複了處變不驚的能力，沒有一蹶不振，而是繼續向前。”當天下午，艾森豪威爾向國會領袖作了情況彙報。他對U2作了說明，簡單介紹了它的曆史，肯定了高空偵察搜集到的情報，承認自己中了赫魯曉夫的圈套。他最後說道：“我們現在隻能承受這場風暴。”
在接下來的兩天之中，由於報紙上的頭條新聞說得越來越嚇人，羞辱變成了恐懼。5月10日，《時代》雜誌稱：“赫魯曉夫警告，將對美國間諜使用的基地發動火箭襲擊”。第二天早上，頭條新聞的標題是：“如果蘇聯襲擊基地，美國誓言保衛盟國。”赫魯曉夫在莫斯科的一次臨時記者會上宣布，他將對鮑爾斯實施審判，並說：“你們知道，這種侵略行為繼續下去的話，有可能會引發戰爭。”艾森豪威爾也舉行了記者招待會，宣讀了事先準備好的聲明。艾森豪威爾的語氣堅定，很有分寸，毫無後悔或道歉之意。他說，赫魯曉夫對於“一架沒有武裝的非軍用飛機”如此大肆喧嘩，“隻能反映出竭力掩蓋事實的態度。”由於蘇聯凡事遮遮掩掩的本性，間諜活動“雖然令人生厭，但卻極有必要。”有人問，他訪問蘇聯的計劃是否準備取消。他答道：“我準備去。”有人問，首腦會談的前景是否發生了變化，他答道：“沒有決定性的變化，沒有。”
然而，情況的確發生了變化。在華盛頓，所有人都認為，赫魯曉夫既然已經人機俱獲，而且又抓住了對手說謊的事實，必定會好好利用這兩點。艾森豪威爾的一些顧問要求他利用赫魯曉夫提供的機會，將計就計，表示自己對這些飛行一無所知，並為此處分某個人（比如杜勒斯）。這些顧問說，這樣做仍有可能拯救首腦會議。艾森豪威爾拒絕了這一建議，首先因為這並非事實；其次因為這顯然對杜勒斯不公平；第三，如果他真的這樣做，赫魯曉夫可能在首腦會議上拒絕與艾森豪威爾打交道，因為他顯然無法管控自己的政府。
離首腦會議還有幾天的時間，赫魯曉夫不但繼續發表好戰言論，而且對艾森豪威爾本人是不知道此次飛行繼續表示懷疑。他甚至說，克格勃常常進行一些他不知道的活動。美方很難理解赫魯曉夫的動機。他似乎決心要阻止首腦會議，但他卻又一直堅持要召開此次會議。他想必知道，自己決不可能使艾森豪威爾承認U2飛機這樣的重大行動無須經過總統批準，艾森豪威爾也不會親自道歉，但他仍然堅持這兩點。一方麵假裝表示憤怒，另一方麵讓衛星每天飛過美國的上空——實際上，蘇聯報紙曾經刊登過衛星攜帶的照相機所拍攝的照片。
這場危機使西方盟國團結得更加緊密。
艾森豪威爾、麥克米倫和戴高樂三人首次在巴黎見麵時，艾森豪威爾說道：“我不知道別人怎樣，但是我自己變老了。”戴高樂微笑著回答：“您看上去一點也不老。”
艾森豪威爾說：“我希望別人不會想象我會爬著去見赫魯曉夫。”戴高樂又微笑著說：“沒人會這樣想。”戴高樂提到，赫魯曉夫威脅攻擊位於土耳其、日本及其他地方的U2基地。艾森豪威爾麵無笑容地回答：“我們也能用火箭還擊。”麥克米倫點頭表示讚同，並保證他將全力提供支持。
戴高樂對艾森豪威爾說：“對我們來說，事情並不難辦。”因為，“曆史把你我緊緊聯係在一起。”在這次危機中，北約團結一致，這使艾森豪威爾倍感安慰，因為這證明，1950年12月之後他為西方同盟所付出的全部精力與希望都是值得的。
5月14日，艾森豪威爾及其一行飛往巴黎。第二天下午，他會見了赫脫、美駐蘇大使奇普·波倫和古德帕斯特。他們告訴總統，先期抵達巴黎的赫魯曉夫對戴高樂說，他準備參加首腦會議。但他交給戴高樂一份六頁紙的聲明，稱如果艾森豪威爾不譴責U2飛行那樣的行動，不在今後放棄這樣的行動並處分相關責任人，那麼蘇聯將不會參加首腦會談。艾森豪威爾很想知道，赫魯曉夫為什麼不在五天前就提出這樣的具體要求——省得他到巴黎來跑一趟。波倫說，這份聲明的內容以及它采用的書麵形式，都表示赫魯曉夫早已決定破壞首腦會議。
會議的東道主戴高樂還沒來得及宣布開會，赫魯曉夫就要求發言。戴高樂有些困惑地看著艾森豪威爾。艾克點頭表示同意，於是戴高樂請赫魯曉夫發言。赫魯曉夫開始指責艾森豪威爾和美國，聲音越來越大。戴高樂打斷了他，轉身對蘇方翻譯說道：“房間裏的聲響極好，我們都聽得清主席的話。他不需要這樣大聲說話。”翻譯轉身對著赫魯曉夫開始翻譯。戴高樂阻止了他，並向自己的譯員示了一下意。譯員準確地翻譯了他的話。赫魯曉夫衝戴高樂憤然看了一眼，然後壓低聲音繼續發言。
他很快進入了更加激動的狀態。他手指頭頂喊道：“有人對我實施高空偵察！”戴高樂再次打斷了他的話。他說自己也有相同的遭遇。
赫魯曉夫懷疑地問道：“是你的美國盟友做的嗎？”戴高樂答道：“不是，是您做的。昨天您離開莫斯科之前為了給我們留下深刻印象而發射的衛星，沒有得到我的允許，飛越法國上空18次。我怎樣才能知道衛星上沒有對我國進行攝像的照相機？”艾森豪威爾迎著戴高樂的目光，衝著他咧嘴笑了笑。
赫魯曉夫雙手舉過頭頂：“上帝作證，我的雙手是幹淨的。你難道認為我會做這樣的事？”
赫魯曉夫最後發表聲明，稱艾森豪威爾不再在蘇聯受到歡迎，就此結束了他的發言。艾森豪威爾隨後發言。他說，赫魯曉夫沒有必要取消邀請；自己來到巴黎，盼望能夠參與嚴肅的商討。他希望，此次會議現在能夠開始討論實質性問題。赫魯曉夫和蘇聯代表團大步離開了房間。艾森豪威爾站起來也想出去時，戴高樂抓住他的胳膊，把他拉到了一旁。戴高樂對艾森豪威爾總統說：“我不知道赫魯曉夫準備做什麼，也不知道會發生什麼，但不管他做什麼，不管發生什麼事，我想告訴您，我始終與您站在一起。”
首腦會議尚未開始就宣告結束。緩和與裁軍的一切希望都成了泡影。艾森豪威爾由於隻剩下8個月的任期，沒有機會再次推動真正的和平進程。他回到國內，忍氣吞聲地向各個團體及公眾遞交一係列報告。
5月23日，赫脫向總統報告，中情局和國防部想繼續U2的飛行。艾森豪威爾答道：“他不再考慮批準此類飛行……他們最好認識到，接下來8個月內不能恢複這種飛行。”到了1960年8月，美國已有投入運作的偵察衛星，而直至今天U2仍在繼續提供高質量的照相偵察。最後鮑爾斯與一名蘇聯間諜魯道夫·阿貝爾上校做了交換（但鮑爾斯的U2究竟發生了什麼事，迄今仍然是謎）。
5月下旬，艾森豪威爾與基斯佳科夫斯基進行了一次秘密談話。總統說科學家們令他失望。基斯佳科夫斯基反駁說，科學家們曾多次發出警告，U2早晚會被擊落。“這是計劃的安排上出了問題。總統非常生氣，顯然以為我在指責他，說了一些非常不客氣的話。”基斯佳科夫斯基解釋道，應該負責的應該是下麵的行政人員，而不是總統。艾森豪威爾平靜了下來。他“開始滿懷感情地談到最近數年中他如何傾注全力結束冷戰。他本以為自己取得了很大的進展，結果U2這樣的倒黴事使他的所有努力毀於一旦。最後，他非常傷心地說，他覺得自己在卸任之前已經無所作為”。
艾森豪威爾的沮喪情緒是真實而自然的。在艾森豪威爾漫長一生所經曆的所有事件中，這件事與眾不同。如果艾森豪威爾沒有批準最後一次飛行，如果赫魯曉夫沒有小題大做，如果兩位領導人能夠相信自己的直覺，而不是相信他們的技術人員和將領，事情將會全然不同。艾森豪威爾差一點就批準不受監督的核禁試，而赫魯曉夫也很有可能同意向蘇聯境內派駐核查小組。沒有人知道，這一趨勢將把冷戰和核軍備競賽帶往何處。但是，這兩個年老的領導人任憑他們的恐懼壓倒了心中的希望，於是首腦會議告吹，而緩和60、70和80年代軍備競賽的最好機會也隨之消失。
艾森豪威爾回到華盛頓後，更多的問題接踵而至，古巴就是其中之一。雖然艾森豪威爾及其顧問還不能斷定卡斯特羅究竟是不是共產黨人，但他們仍想除掉他，消除他所代表的危險。艾森豪威爾認為，最糟糕的情況就是卡斯特羅允許赫魯曉夫把古巴當成蘇聯戰略力量的基地。但他認為，出現這種情況的可能性很小。6月29日，艾森豪威爾在會見戈登·格雷時表示，“他不相信赫魯曉夫會與卡斯特羅簽訂共同安全條約。”他還說，奇普·波倫與自己觀點一致。艾森豪威爾說，赫魯曉夫肯定知道，美國“不能容忍”古巴和蘇聯之間締結軍事同盟。
7月6日，艾森豪威爾簽署了相關法規，大幅度削減古巴糖的進口份額，並在1961年完全停止進口。他承認，“這一行為等於是對古巴實施經濟製裁。”
為配合反對卡斯特羅的外交及經濟手段，艾森豪威爾策劃了一係列軍事或準軍事行動。在7月7日的國家安全委員會會議上，蓋茨向他簡要彙報了可以采取的行動，包括撤離在古巴的美國僑民，到大規模入侵及占領。財政部長安德森“發表了殺氣騰騰的長篇演說，稱有必要宣布全國進入緊急狀態……並說，古巴正在發生的一切其實是蘇聯的一種侵略行為。”
艾森豪威爾還不想吹響號角，朝聖胡安山發動衝鋒。共和黨領導人都像尼克鬆一樣，急於在11月選舉之前對卡斯特羅采取某些明確的行動，但艾森豪威爾解釋道：“如果我們企圖通過武力達成目標，我們就會看到全部拉美國家都會遠離我們，部分國家可能在兩年之內被共產黨控製……如果美國不以正確的方式對待古巴，我們就會失去整個南美洲。”
尼克鬆想要采取公開行動，但艾森豪威爾繼續予以拒絕，他準備以秘密手段對付卡斯特羅。8月18日，他與蓋茨、杜勒斯和比斯爾開會，商討他在3月批準的四點方案的實施問題。比斯爾報告，第二點，實施強大的宣傳攻勢，正在進行之中；第三點，在古巴內產成立抵抗組織已慘遭失敗，主要原因是卡斯特羅在國內嚴加監管。比斯爾說，在第四點，即在古巴流亡人員中建立準軍事力量方麵，他們取得了一些進展。他將原先位於邁阿密市外的訓練營遷往巴拿馬運河地區，然後又遷往危地馬拉。在那裏，中情局與米格爾·富恩特斯總統的關係非常好。
比斯爾想擴大培訓計劃。艾森豪威爾表示同意。中情局向他提供的照片顯示，有捷克武器在古巴出現，這在說服總統的過程中發揮了作用。他給比斯爾批準了1300萬美元的預算，授權他在此次行動中可以動用國防部人員與設備，然而他堅持，“不得在作戰中使用美國軍事人員。”後來，他還批準美國海軍前往危地馬拉沿海巡邏，名義上是阻止古巴的入侵，實際上是為了保守危地馬拉訓練基地的秘密。
在批準比斯爾的擴張計劃後，艾森豪威爾問到了原方案中的第一點問題：“我們需要的流亡政府呢？”比斯爾和杜勒斯解釋道，要讓古巴人齊心協力工作非常困難，因為他們有些人屬於親巴蒂斯塔派，多數人則反對巴蒂斯塔。這些人性情暴躁，頑固不化，願意妥協的人少之又少。因此，並沒有出現真正的領導人。艾森豪威爾不耐煩地說：“弟兄們，如果你們不想辦這件事，那就別談它了。”他堅持說，如果沒有一個得到普遍支持的、真正的流亡政府，自己就不會批準手下采取任何行動。
巴黎會談失敗後，艾森豪威爾做了一些並不認真的嚐試，企圖讓日內瓦裁軍談判繼續進行下去。但6月27日，蘇聯代表團退出談判，這些會談就此告終。艾森豪威爾雖然對此有些防備，但仍然受到打擊。1953年，他就將裁軍作為自己的主要目標之一，到了1960年，他不得不承認軍備競賽已經失控。到了1960年，美國的核武庫已大大超過1953或1954年的標準，艾森豪威爾稱它已經到了“不可思議”、“瘋狂”和“不合情理”的地步。8月15日，麥科恩告訴他，美國現在每年生產的炸彈數量，已經超過50年代中期估計所需的總量。部分原因在於，艾森豪威爾多年來未能頂住原子能委員會和國防部的壓力，未能阻止核武庫的擴大。但正如艾森豪威爾所說，“他隻是孤身一人，無法對抗全體同事的共同意見。”
艾森豪威爾認為，美國的核威懾能力已經遠超所需，但又沒有到達先發製人的地步。美國投入了巨額開支，為核武庫（現在它擁有六千多枚不同規格的核彈）承受了巨大的壓力，但與1953年時相比，它卻更不安全。艾森豪威爾痛恨這一結果，卻又無能為力。
在他執政的最後半年中，艾森豪威爾在裁軍提案上的談話隻關心宣傳方麵的好處，或是某個提案對選舉的影響，而不再尋求能夠打破談判僵局的妥協。他有史以來首次很不情願地同意給國防部增加撥款，主要原因是民主黨人在國家安全問題上大肆炒作。艾森豪威爾在增加15億美元的撥款時承認，從軍事目的上來說，增加武器並無必要，但它們也許“具有足夠的可信度，能夠製造我們所需要的心理影響”。
雖然艾森豪威爾對蘇聯人的態度越來越好戰，但他拒絕在國家安全問題上任憑別人做主。國家安全委員會、國防部、原子能委員會與亨利·盧斯都催促他製定一個全國性民防計劃。納爾遜·洛克菲勒也隨聲附和。艾森豪威爾的答複是，這樣一個計劃將使聯邦政府花費100多億美元；不管如何，修建放射性塵埃躲避所是“地方政府和私人”的責任。艾森豪威爾不願將聯邦政府的錢用在躲避所上。