五天之後，就在赫魯曉夫尚未對艾森豪威爾的建議作出答複時，麥科恩與艾森豪威爾會麵，要求“再進行一次核試驗”。他說，自己需要總統“立即”作出決定。艾森豪威爾“大感惱怒，說自己已經宣布中止核試驗，而現在‘他們’還想再進行一次大規模試驗”。但麥科恩堅持己見，終於使不耐煩的總統同意了。8月22日艾克發表聲明當天，英國開始了新一輪核試驗，在聖誕島上進行了一次核爆炸。
8月29日，赫魯曉夫表示他願意在10月底舉行談判。同一天，原子能委員會開始新一輪試驗，正式名稱為“硬餅幹二號”，但報界稱之為“最後期限”行動。“硬餅幹二號”測試了19次核爆炸，大部分是低當量爆炸，其中包括一枚用火箭筒發射的核彈，可由兩人在不到二英裏的射程外發射。蘇聯也抓緊時間進行核試驗，從9月30日起開始一係列試驗，連續測試了14次爆炸，在此過程中，釋放出大量放射性物質。自1945年以來，美蘇在1958年終於首次中止核試驗，但在這一年中，三個核大國引爆的核炸彈要多於以往任何一年（僅在1958年10月一個月內，蘇聯實施的核爆炸就超過了1957年全年核爆的數量）。據統計，全年共有81次核爆炸。輻射水平達到了頂峰。但是，至少人們看到了結束這一切的真正希望。
與此同時，隨著中期選舉的臨近，共和黨內彌漫著一片絕望情緒。第一個原因是艾森豪威爾否決農業法案；第二，共和黨提出的候選人相對較為平庸。小石城事件和蘇聯發射衛星更使共和黨感到苦惱。民主黨急於擴大他們在國會中的領先地位，希望為1960年的總統選舉打下基礎。他們正在積極展開競選，改變他們在1952年大選中的劣勢，反守為攻。在這種情況下，民主黨似乎必將大獲全勝。
幾乎所有共和黨人都想找一個替罪羊。多數人責怪舍曼·亞當斯。9月初，要求他辭職的壓力令人無法抵擋。但艾森豪威爾仍然不願意讓亞當斯離開。作為將軍和總統，艾森豪威爾發現很難撤換一名恪盡職守、忠心耿耿的部下，不管這個人已經成了多大的障礙。他對待亞當斯就是如此。
9月17日，艾森豪威爾會見了亞當斯表示，他願意遞交辭呈，但他想再等一個月左右，以便處理好個人的事情。艾森豪威爾告訴他：“如果我們辦了什麼事，或是我們做了某個重要決定，就像我一直說的那樣，你必須自己采取主動。”但會見之後，總統改變了主意。他打電話給亞當斯，說自己不能讓這事再拖上一個月。隨後他又說，他會保護亞當斯“不受任何冷遇”。
五天之後，也就是9月22日，亞當斯宣布辭職。艾森豪威爾“極為惋惜”地接受了辭呈。膿瘡已經割除，但這次手術能否治愈病入膏肓的共和黨，仍然難以預測。
盡管舍曼·亞當斯已經辭職，但艾森豪威爾和共和黨在中期選舉前夕仍然感到前景黯淡。民主黨人正在選舉中大肆攻擊共和黨，主要罪狀就是“六年來缺乏領導的搖擺不定，使我們差點……在沒有做好充分準備的情況下單獨打一場核戰爭。”他們指責艾森豪威爾允許美蘇“導彈差距”繼續擴大。這一招史蒂文森在1956用過，但並未取得多大成功。接著賽明頓繼續窮追猛打，終於使民主黨在1958年選舉中看到了成效。
艾森豪威爾試圖把這個問題排除在政治之外。他首先努力糾正民主黨批評者的錯誤看法。為此，他派艾倫·杜勒斯給他們做了一次情況說明。但他不允許杜勒斯透露任何關於U2計劃的確切情況，因此無法說明消息來源的杜勒斯缺少說服力。與此同時，艾森豪威爾在記者招待會上，總會讚揚一下美國的國防，對“導彈差距”表示不屑。但是他說得十分含糊，又不引用數字或說明消息來源，因此，他也同樣無法說服別人。
民主黨喜歡指責的另一件事，就是共和黨內已經分裂成保守派與艾森豪威爾中間派。艾森豪威爾極想把這樣的指責轉移到民主黨頭上。10月20日，總統在洛杉磯的一次重要競選演講中，稱民主黨“不是一個——而是兩個——有著同一名字的政黨。他們隻是兩年一次聯合起來進行政治競選活動”。其中一翼是南方保守分子，而另一翼是大肆揮霍的“政治激進分子”。民主黨的勝利意味著無數新的社會項目，更高的國防開支，還有降低稅收，而這一切將引發無法控製的通貨膨脹和聯邦政府的不斷擴大。
1958年11月4日，盡管艾森豪威爾事先作出了警告與努力，但是共和黨仍然遭遇了“大蕭條”以來最嚴重的失敗。在新一屆國會中，民主黨人在參眾兩院都以接近兩比一的優勢超過共和黨。民主黨擁有35名州長，而共和黨僅有14名。洛克菲勒在紐約州的勝利被諾蘭在加利福尼亞競選州長的失敗所抵消。總而言之，這是共和黨的一次慘敗。雖然共和黨的領導人是一位受人擁戴的總統，但它仍然受到了民眾的唾棄。這也使艾森豪威爾成為第一個在任期內，連續三屆國會都被反對黨控製的總統。
自從1954年以來，由於艾森豪威爾和杜勒斯將注意力放在歐洲、中東和亞洲，美國或多或少忽視了拉丁美洲。美國政府，尤其是拉丁美洲專家米爾頓·艾森豪威爾，曾呼籲增加對該地區的經濟援助，但是從國會得到撥款極其困難，因而成效不大。像以往一樣，拉丁美洲的激進分子指責美國應對普遍的貧困與不滿負責，而美國也像往常一樣，隻要這些人沒有威脅要推翻親美政府，總不會去理會這樣的煽動。
但在古巴這個最繁榮的西班牙語國家，這一政策慘遭失敗。在那裏，菲德爾·卡斯特羅發動了一場叛亂，對抗腐敗和反動的獨裁者富爾亨西奧·巴蒂斯塔。巴蒂斯塔聲名狼藉，而卡斯特羅年輕、浪漫，充滿活力。
1959年元旦，巴蒂斯塔逃離古巴，菲德爾勝利地進入哈瓦那。美國與其他美洲國家一起承認了新政權。卡斯特羅任命古巴自由派人士在他的新政府中擔任高級職務，這使華盛頓產生了希望。但1月中旬，卡斯特羅使共產黨在古巴合法化。而到了月底，他的首任總理辭職，抗議處決巴蒂斯塔的支持者，反對卡斯特羅演說中越來越強的反美立場。2月13日，卡斯特羅親自出任總理。接下來的數周時間中，處決和針對美國的攻擊不斷升級。
美國對拉美激進主義的傳統做法是派海軍陸戰隊出擊。這是艾森豪威爾根本不予考慮的選擇，因為卡斯特羅不僅在古巴，甚至在整個拉丁美洲和美國都很受歡迎，而且派兵也可能對世界輿論產生不良影響。除了派兵之外，中情局給了他另一個選擇。
在艾倫·杜勒斯的領導和艾森豪威爾的鼓勵下，中情局一直在世界各地進行秘密活動。有過1953年的伊朗政變和1954年危地馬拉行動那樣最為成功和出色的成績，但是有些行動（例如1956年在匈牙利）卻遭受慘敗。不管如何，秘密行動仍然是艾森豪威爾在冷戰期間的主要武器。現在問題是如何通過中情局來除掉菲德爾。
1958年10月31日，“禁止核武器試驗會議”在日內瓦召開。一周之前，艾森豪威爾會見戈登·格雷，商討美國談判小組應該遵循的原則。格雷對國家安全顧問一職非常重視。在與艾森豪威爾談話時，他比卡特勒更加直率，也更加好戰和活躍。與福斯特·杜勒斯相比，他更不信任蘇聯。他提醒艾森豪威爾，要對核禁試談判保持高度謹慎。但艾森豪威爾認為，有必要冒些風險。雖然他堅持稱自己絕對不會危害美國真正的安全利益，但艾森豪威爾說，由於這類武器武器數量大，運載手段不斷改進，“他希望在談判中做法可以寬鬆一些。”他說，繼續進行核試驗和軍備競賽，“使他感到恐懼”。
盡管艾森豪威爾總統表示了明確的態度，但談判開局不利，在第一天就陷入了僵局。問題出在日程上。蘇聯希望談判開始時討論全麵核禁試，而美方堅持要討論核查製度。雙方各自堅守自己的立場，沒有給談判留下多大餘地。但至少大家都自願暫停核試驗。雖然蘇聯玩弄花招，在日內瓦談判的第一周內進行了兩次核試驗，但艾森豪威爾承諾，如果蘇方停止試驗，他也會照辦。因此，11月3日之後蘇聯不再進行核試驗。這樣，正如《時代》雜誌所言，艾森豪威爾做了他一直來自稱不會做的事，“在沒有任何核查條款的情況下，主要憑借誠信停止了（美國的）核試驗。”
蘇聯人從艾森豪威爾那裏得到了他們想要的不受監督的核禁試，終於在日內瓦首次同意將核查製度提上日程。談判人員接受了設有180個哨位的檢查係統。但後來蘇聯堅持否決由七個國家組成的控製委員會，談判再次陷入僵局。因此，急於打破僵局的艾森豪威爾接受美駐日內瓦代表團成員艾伯特·戈爾參議員在11月中旬提出的建議。戈爾認為，由於核查問題的存在，雙方不可能達成全麵核禁試協議。他懇請艾森豪威爾宣布一個為期三年的單邊保證，在此期間不在大氣層中進行對全世界具有輻射危害的核試驗。戈爾告訴艾森豪威爾，蘇聯人一直在放射性塵埃問題上猛烈攻擊我們，但是如果美國隻開展地下試驗，“蘇聯將不得不這樣做，或是在宣傳上處於守勢。”
艾森豪威爾大為苦惱。他很想達成核禁試協議。實際上，他要的不僅是這個，而是想實現真正的裁軍。但他覺得自己不能信任蘇聯。
1月12日，總統科學顧問委員會委員、烏克蘭出生的喬治·基斯佳科夫斯基博士提醒總統，指出蘇聯擁有了一支能夠作戰的洲際彈道導彈力量。艾森豪威爾說，情況可能屬實，但他仍然懷疑蘇聯導彈數量不足，精度不夠，無法造成太大的破壞。“他然後問道，如果蘇聯對準我們發射這些武器，將會出現何種結局。他們仍然難以逃過被消滅的命運。他懷疑，這並不是一種可行的作戰方式。雖然他承認，這是一種摧毀美國大部分力量的辦法，但接下來的報複將使戰爭變得毫無意義。”
早在1956年，後來加入總統科學顧問委員會的科學家中，多數人都反對進一步開展核試驗，基利安尤為突出。1958年春，基利安及其他人再次斷定，核禁試對美國有利；利用較少（180處）的核查點，就能發現低當量地下爆炸之外的所有核試驗。根據這一分析，艾森豪威爾同意美國參加日內瓦談判，並單方麵暫停核試驗。
但是當這些科學家們成為總統的正式顧問後，部分人士在基利安和基斯佳科夫斯基的領導下，開始覺得核禁試並非明智之舉。12月下旬，委員會向總統報告，稱它無法探測2萬噸當量的地下核爆炸，因此，要監視全麵核禁試，就需要數千個核查點。可想而知，艾森豪威爾對這些科學家大為不滿，因為他知道大幅增加核查點會給蘇聯提供被美欺騙的口實。他也不喜歡有人向他提供錯誤情報。更糟糕的是，他還據此采取了行動。
但他認為自己還是要聽從科學家的意見，因此1959年1月5日，日內瓦的美國代表團公布了最新發現的結果，要求增加核查點。蘇聯拒絕討論這些數據，談判再次陷入僵局。艾森豪威爾指示基利安成立一個新的委員會，尋找通過少數核查點實施可靠核查的辦法。
1月16日，麥科恩向總統提交了一個申請，要求建造一個新的反應堆，以便按照國防部的需求生產更多的核彈。艾森豪威爾大發雷霆，稱未經自己批準，根本不存在任何“需求”，並說當時每天生產近兩枚核彈，提高生產速度毫無意義。他說，國防界的人正在“使自己處於一個難以置信的地位。他們擁有的武器不僅足以摧毀全世界所有目標，而且儲備的武器足以摧毀世界三次”。
美國早已具備了攻擊蘇聯的強大能力。1958年11月下旬，總統評估了國防部對1960財年的預算要求。參聯會需要500億美元，國防部將其減少至438億美元，而艾森豪威爾想將它減少至400億。參聯會和國防部仍然什麼都想要，包括製造第二艘核動力航空母艦。艾森豪威爾表示反對。他說自己“想象不出一場爭奪海麵的戰爭”，現有的常規航空母艦提供了充足的機動力，能夠滿足任何小規模戰爭的需求，或是從事像出兵黎巴嫩那樣的幹涉行動。他堅持暫緩製造航母，削減其他開支，將總支出減少至400億美元，因為“除非（聯邦）預算能夠收支相抵，否則國防係統的采購毫無用處。”
艾森豪威爾大力追求財政統一，甚至動用否決權，這一切發揮了作用。民主黨人建議，四年之內每年花費4.5億美元進行城市改造。艾森豪威爾表示了強烈的抗議，並從南方議員得到了足夠的支持，否決了這項提案。當國會最終在開支已經減少的情況下通過了一個住房法，艾森豪威爾投了反對表。由於存在來自南方的選票，參議院無法推翻總統的否決。這一年中，這樣的情景反複出現。令艾森豪威爾高興的是，1960財年他手中有了10億美元的盈餘。