7月22日，當參議院繼續展開辯論時，艾森豪威爾給已經在北卡羅萊納州住了二十年的斯韋德寫了一封信。總統說：“我認為，多年來沒有一件事像1954年最高法院在學校種族隔離一案中所作的裁決那樣困擾著國內政局。”他認為，“除非法律代表多數人的意誌，否則極難發揮作用。”此外，“當人們感情處於激動時”，大家應當循序漸進，並且應當考慮“人的感情”。否則，“我們將……麵臨災難。”南方作為需要遵守“普萊西案”的地區已經存在了六十年，因此，“不可能希望僅依靠最高法院的裁決就可能立即、完全地改變南方的行為。”
在接下來的一段話中，艾森豪威爾向斯韋德以前所未有的雄辯和簡潔的語言，說明了最高法院在美國生活中的作用。他一開始說道：“我堅信這樣的基本觀念，那就是憲法——即最高法院對憲法的解釋——必須得到尊重，否則我們就會發生混亂。我們不能想象，一個成功的政府形式中，每個公民都有權根據他自己的信念、信仰和偏見來解釋憲法。混亂就會蔓延。我真心誠意地相信這一點——並將永遠照此行事。”
這是一封給普通公民的私人信件。在總統寫這封信的當天，他收到了一封來自南卡羅萊納州州長傑米·貝爾納斯的信（已經公開），支持陪審團實施審訊的神聖權利。艾森豪威爾在回信中說道：“在我讀您的信時，我覺得您真正反對的，似乎是授權司法部長來規定民事行為。”艾森豪威爾告訴貝爾納斯，選舉權才是真正神聖的權利。他還說，雖然“我最不願意做的就是起訴某人，但對我們的生活方式而言，選舉權比其他東西都要重要”。
總而言之，總統對於民權問題的種種聲明，不管它們是私下的談話，會議上的講話，給南方州長的信或是在記者招待會上的發言，都隻會使人感到混亂，而不是說明問題。南方的政客隻聽到了他正在說的話，那就是總統將堅決遵守憲法，但這更多的是禮節性的表示，而不是積極采取行動。他們聽說的，是艾森豪威爾同情南方白人，極不願意動用武力來要求民眾執行“布朗案”。南方人覺得，總統的溫和態度給了他們藐視法庭和閹割民權法案的許可。
7月17日的記者招待會上，艾森豪威爾直接表達了自己的意見。梅裏曼·史密斯提出了第一個問題。總統是否意識到，根據“重建時期”的法律，他有權使用軍事力量來廢止種族隔離？艾森豪威爾說，他知道自己有這樣的權力，但是他又說：“我想不出有什麼情況會使我派遣部隊進入任何地區強製執行聯邦法院的命令，因為我相信美國人的常識不需要這種做法。”幾乎沒有人注意到他的資格問題，因為他在回答後續問題時說道：“我相信，在美國做這樣的事並不明智。”
對艾森豪威爾而言，這是他一生中最痛苦的經曆之一。他想支持最高法院，卻又不願冒犯許多南方的朋友。他想執行法律，但又不願動用武力。他不想與任何人為敵，但別人似乎總是來自南方的白人種族隔離分子。他兩次成功地當選為國家領袖，卻又不願在民權問題上發揮領導作用。他自相衝突的情感和言論最終引發了混亂，使得種族隔離分子以為總統決不會采取行動。
1957年8月和9月，南方種族隔離分子為抵製“布朗案”及其相關判決全力出擊。8月2日淩晨，高潮終於到來。參議院對艾森豪威爾的民權法案進行了精疲力竭地辯論，然後舉行投票，以51票對42票通過了該法案關於陪審團審訊的修正案。
艾森豪威爾早上醒來後，得知投票情況，非常憤怒。在上午9時召開的內閣會議上，他說這次投票是“過去四年中最嚴重的一次政治挫折，主要是它嚴重違背了美國的一項基本原則”，那就是選舉權。艾森豪威爾說，他絕不會原諒那些在投票中與南方議員站在一起的人（共和黨參議員這樣做的有十二人，其中包括亞利桑那州的巴裏·戈德華特）。在當天上午晚些時候發表的聲明中，總統宣布陪審團審訊修正案將使司法部無法對拒絕登記黑人的南方選民登記員定罪。他說，參議院的投票結果使千百萬“繼續……被剝奪權利的美國同胞”感到“極其失望”。
盡管總統的言辭比較激烈，但參議員還是在8月7日以72票對18票通過了被閹割的民權法案。接著，法案被提交至參眾兩院協商會議（眾議院原先已經通過了艾森豪威爾想要的法案），解決兩院之間存在的分歧。
如果眾議院同意這個有缺陷的陪審團審訊修定案，他不知道如何應對。他得到的建議自相矛盾。白宮收到的信件要求他不可簽署這個“空頭”法案，知名的黑人領袖也讚同這樣的意見。拉爾夫·邦奇寫道：“有一個被參議院閹割過的法案，還不如根本沒有好。”棒球運動員傑基·魯賓遜致電表示反對。他說：“我等待一個有意義的法案已經用了很長時間。我可以再等些時候。”魯賓遜是最近出現的民權領袖之一。民權運動元老，也是資格最老的領導之一菲利普·倫道夫也讚同魯賓遜的反對意見。倫道夫說：“這比根本沒有法案更糟。”但全國有色人種協進會認為，有總比沒有好，想讓艾森豪威爾簽署這一法案。小馬丁·路德金也表示讚同。
沒有人對協商會議通過的法案感到滿意。法案規定，法官有權決定被告是否需要接受陪審團的審訊；它還設立了一個為期兩年的民權委員會；並在司法部設立了一個民權處；授權司法部長，當個人投票權被剝奪時，可以發布強製令。但是，對破壞選舉權的處罰非常輕，司法部長麵對的障礙又非常多，結果這個最終通過的法案，遠遠不能為基本民權提供保障，雖然艾森豪威爾堅持說這種民權是所有美國人的天賦權利。部分民權領袖指責南方的參議員要對這一結果負責，但其他民權領袖說這是艾森豪威爾的責任，因為他沒有在這個問題上發表堅定、明確的意見。
這份千瘡百孔的法案很難說完全是艾森豪威爾一個人的過錯，但是這個法案對於民權問題的含糊、猶豫的處置的確反映了總統個人優柔寡斷的態度。他仍然猶豫是否要簽署這個法案。等到他9月9日決定要簽署的時候，小石城事件已經使法案蒙上了陰影，它得到簽署一事基本上無人關心。這一法案的生效也未能引起多少關注或實際行動。可以說，艾森豪威爾把維護黑人公民憲法權利的問題交給了他的繼任者。
9月4日，對國會紛爭深感厭倦的艾森豪威爾和瑪米飛往羅德島的紐波特，在那裏海軍基地過暑假。抵達紐波特後，艾森豪威爾在市長和其他當地知名人士舉行的招待會上說：“我向你們保證，這次休假非常順利。”
實際上，這次休假非常多災多難，因為就在前一天，阿肯色州州長奧瓦爾·福伯斯給艾森豪威爾製造了他千方百計想要回避的問題，那就是州長公然對抗法院的命令。福伯斯調集阿肯色州國民警衛隊，將它部署在小石城中央高中的周圍，並且命令部隊阻止十來名黑人學生進入該校。
經過幾番司法協調，一位聯邦法官於9月20日禁止福伯斯和阿肯色州國民警衛隊幹涉中央高中的種族融合過程。福伯斯發表聲明，對聯邦法院的權威提出質疑。當天下午，艾森豪威爾打電話給布勞內爾。後者向總統彙報了福伯斯的行為，並說州長可能會撤走警衛隊，將中央高中周圍的街道交給種族主義暴徒。他也可能走上“直接對抗”的道路。布勞內爾說，不管如何，總統都需要作出一些艱難的決定，包括動用美國陸軍來執行法院的命令。
艾森豪威爾說自己“討厭動用部隊”。他擔心“行動會升級，暴力也會出現”。隨後，艾森豪威爾說出了他一直以來最擔心的事。他問布勞內爾：“如果孩子們上了學，而福伯斯州長關閉學校，他這樣做是不是合法呢？”布勞內爾說，他要去查一下。艾森豪威爾擔心，一旦南方取消公立學校，聯邦政府將毫無辦法。而一旦有了聯邦政府的權威受到違抗的先例，這將對黑人，對南方貧窮的白人和整個國家產生災難性的後果。
9月23日（周三）上午，一群大喊大叫的種族主義暴徒聚焦在中央高中周圍，狂叫著反對取消種族隔離。暴徒人數估計有五百至“數千人”之多。這幫暴徒突然襲擊了兩位黑人記者。當暴徒們把記者們推翻在地並且實施毆打時，九名黑人學生從側邊溜進了學校。得知這一消息的暴徒們更加憤怒。他們衝過警察設置的路障，想要闖進學校，發誓要“絞死黑鬼”。警察根據小石城市長的命令，轉移了這些黑人學生。中央高中的種族融合隻持續了三個小時。
在擔任總統的四年半時間中，艾森豪威爾渡過了許多次危機，辦法就是拒不承認危機的存在。他最喜歡的辦法就是照常行事，盡可能地按慣例辦事，講話做事有節製，等待激烈情緒最終冷卻下來。但是他任由事態自由發展，企圖和福伯斯進行談判，對種族融合問題未能發表強硬講話，或是在道德問題上發揮真正的領導作用，結果他發現自己深陷於自己一直想避免的麻煩之中。他似乎有些不知所措。曼市長的電報使他別無選擇，隻能動用武力。
但他可以選擇使用哪一種武力。中午12時08分，他打電話給布勞內爾，稱終於決定動用武力。他說，他想使用美國陸軍。他接受了布勞內爾的建議，同時命令阿肯色州國民警衛隊聽從聯邦政府，與正規軍並肩行動。12時15分，他通過電話向泰勒將軍下達了命令。他要求泰勒立即行動，以顯示陸軍能迅速作出反應。數小時之內，第101空降師的500名傘兵按照泰勒的命令抵達小石城；另外500名士兵於日落前到達。
整個南方的白人種族隔離分子都被“入侵”所激怒。遊行示威的人舉著橫幅，嘲諷陸軍的招募口號：“參加陸軍，看好中學！”林登·約翰遜稱：“雙方都不應有部隊在校園內巡邏。”伊斯特蘭參議員說：“總統之舉是想摧毀南方的社會秩序。”奧林·約翰斯頓參議員大膽地宣稱：“如果我是州長，而他闖了進來。我一定和他好好打上一仗。”
第二天上午，第101空降師的部隊驅散了暴徒，隻發生了很小的事故（有一人被刺刀紮傷），有九名黑人學生進入中央高中，在軍隊的保護下，完成了一天的學業。中央高中實現了種族融合。這是種族隔離分子發誓要阻止的結果，而艾森豪威爾的命令使之成為現實。福伯斯迫使艾森豪威爾麵對這樣一個重大問題：南方的州長是否可以動用州武裝力量來阻止種族融合？但是，由於福伯斯被迫在公然蔑視聯邦法院命令的情況下提出了這個問題，從而使得艾森豪威爾除了行動，別無選擇。艾森豪威爾在采取行動之前，已經被逼得走投無路，但在關鍵時刻，他履行了自己的就職誓言。他逐漸使多數南方的白人意識到，他們不能使用武力阻止種族融合。
危機逐漸消除。福伯斯繼續叫嚷，不願服從命令，但到了10月14日，局勢已經相當穩定，艾森豪威爾撤回了一半陸軍兵力，並解除了百分之八十州警衛隊員的聯邦職責。接下來一周，布勞內爾實現了他長期以來的辭職意願，重操舊業。這一做法有助於平息民間的激動情緒，因為許多南方人認為布勞內爾是這次事件中的反派角色。10月23日，黑人學生不需軍隊保護就可進入中央高中。11月，第101師最後一批部隊撤離。由聯邦政府控製的國民警衛隊仍然留守直到1958年6月學年結束。當年9月，福伯斯做了艾森豪威爾最擔心的事情——他完全關閉了中央高中（1959年秋該學校在實現種族融合後重新開學）。