“八月失敗”後，特委在永新召開了一次緊急會議，陳正人也參加了。總結了紅軍去湘南的失敗教訓，決定迎還紅軍。紅軍主力在8月23日會合桂東，經崇義、上猶回井岡山。敵湘贛兩軍各一部乘我軍未歸之際，攻擊井岡山。我守軍不足一營，在地方赤衛隊配合下，進行了有名的“黃洋界保衛戰”，保存了井岡山。9月13日，我軍重新占領遂川，9月26日回師井岡山。10月1日，又恢複了寧岡全縣。
1928年10月4日，在茅坪召開了湘贛邊界黨的第二次代表大會。開了3天會，通過了《政治問題和邊界黨的任務》等決議，選舉了毛澤東、朱德、陳毅等19人為湘贛邊界特委委員，5人為常委。譚震林為書記，陳正人為副書記。11月，紅軍進占永新，再退回寧岡。至此，井岡山根據地又恢複到“南自遂川井岡山南麓，北至蓮花邊界，包括寧岡全縣，遂川、酃縣、永新各一部，成一南北狹長的整塊。”此外還有蓮花、永新部分山區和整塊不甚連屬的地區。“邊界紅旗子始終不倒”，羅霄山脈中段紅色政權在擴大。
1929年1月4日，毛澤東在井岡山柏露村主持了前委、特委、紅五軍和紅四軍軍委、邊界各縣縣委負責人聯係會議，與會者共60餘人。會議決定：紅四軍主力向贛南、閩西進軍，紅五軍彭德懷、紅四軍三十二團的王佐和湘贛邊界特委的陳正人等留守井岡山，領導群眾堅持鬥爭。
“柏露會議”後，在特委組織、發動下，井岡山群眾紛紛行動起來築工事、設防線、造武器、寫標語，與紅五軍協同備戰，準備迎接來犯敵人的“會剿”。
1月下旬，湘、贛敵軍18個團分五路向永新、寧岡、遂川、酃縣進攻。根據地軍民奮起抗戰，經7天7夜激戰，終因敵眾我寡和叛徒帶路，紅五軍和赤衛隊、廣大群眾才不得不撤退下來。
陳正人這時“正在緊張地指揮群眾撤退和堅壁清野。在凜冽的寒風中，他穿著綻開了棉絮的破棉襖，臉上被硝煙和戰火熏黑了，嗓子也嘶啞了，唯有那雙烏黑的眼睛閃閃發光，仿佛在傾泄著對敵人的深仇大恨和對群眾受損失的無比難過。”
部隊打散了，陳正人與彭儒突圍後，遇上了特委委員王佐農，三人翻山越嶺，甩掉尾追的敵人，轉移到山林去了。後王佐農要求回老家遂川去。特委陳正人等仍帶領著群眾，與敵人周旋數十天。他們踏積雪、宿岩洞、蓋樹葉、餐野菜，曆盡艱辛，鬥誌不移。陳正人找到了荊竹山的鄉長、支部書記，他們機智避開敵人，照常發動群眾，堅壁清野，並逐漸組織了一些群眾，收容了一些打散的部隊，恢複了遊擊隊。
陳正人在井岡山一帶堅持鬥爭的消息，傳到了當時寧岡中心縣委書記兼遊擊隊長何長工那裏。何長工即派人上山把陳正人等找了回來。3月14日，在永新由於原特委五個常委有四個重新會合，於是就在永新召開了會議，決定原特委恢複工作，領導湘贛邊界工農群眾開展遊擊戰爭。5月10日，又在寧岡召開了原特委擴大會議。決定將原特委及三縣聯席會產生的臨時特委取消，另組建湘贛邊界特委，以朱昌偕、陳正人、何長工、宛希先、劉珍為常委，劉宗義、王懷、龍超清、譚思聰為後補常委。紅軍在短期內，由百餘人擴大到1500多人。井岡山革命根據地的形勢又恢複到紅軍主力在時的局麵，發展成為中央蘇區的一翼。
1959年7月13日早晨，也就是毛主席秘密約見賀子珍的第3天，彭德懷到美廬別墅想找毛主席當麵談自己的想法，警衛員告之主席剛睡。13日晚飯後，彭德懷開始寫信，14日讓參謀送給毛主席。
通常情況下，任何重大曆史事件的發生，都有其深刻的社會、曆史原因，都是多種因素綜合作用而形成的結果。廬山會議也是如此。我們甚至設想，如果彭德懷13日早上找到了毛主席並當麵談了自己對當前國內形勢的看法，也就不會有彭德懷的那封信，八屆八中全會也就不會糾左變成反右。隨後，在對彭德懷的批判中，實行對事又對人，新帳老帳一起算。其中也涉及井岡山鬥爭時期錯殺袁文才、王佐事件。
彭德懷在其《彭德懷自述》一書說：
“一九三○年三月初，我們將在三、四縱隊集結於永新、吉安、安福邊境，在進行奪取安福城的攻城練習。某晚深夜，邊區特委書記朱昌偕、秘書長陳正人（似乎還有王懷或其他人，記不清楚了）來我軍部，向軍委報告情況。當時公略已去六軍，代遠、鄧萍和我在。他們談袁文才、王佐要叛變。說袁、王在永新縣城縣聯席會議上，強迫特委決定把邊區地方武裝歸他們改編統率。王佐在講話時，把駁殼槍在桌子上一擺。現在永新城內駐的是袁文才、王佐部隊，如不承認這一條件，袁、王有將參加邊區縣以上聯席會議的同誌一網打盡的可能。事情萬分危險，請求五軍立即出動挽救這一危局。我說：‘去年五、六月間，王佐率特務營和五軍共同行動打酃縣、桂東、城口、南雄時，還不壞，不算太蠻橫，不致如此嚴重吧！為什麼變化這樣快呢？’朱昌偕說，這完全是袁文才從紅四軍逃回以後挑撥起來的。……事情這樣突然，時間這樣緊迫，這樣的事情，很不好處理。當時，軍委開了臨時會議，我與特委共同決定，派四縱隊黨代表劉宗義（張純清）帶四縱隊一部分（離永新城三十裏）接近縣城，守住浮橋。等天明時再和他們談判，弄清情況後，再行決定。據說四縱隊一部剛到浮橋邊，袁、王察覺，即從城內向橋上衝來，一在橋上被擊斃，一落水淹死。袁、王部有二十餘人係井岡山老土匪，衝出城外逃回井岡山去了。其餘部分在城內未動。……在廬山會議以後，在北京召開的軍委擴大會上，有人說彭德懷為吞並袁、王所部，不惜殺害袁、王。此案必須請求審委弄清楚，我要是從袁、王所部拿回一杆槍，甘願償命賠罪。此事還有陳正人活著可查明。假使當時特委同誌所報非實，那就特委同誌也有責任，我們也有輕聽輕信的責任。”
《彭德懷自述》一書由人民出版社出版發行後，給社會造成錯殺“袁文才、王佐”與陳正人有密切關係的不符合當時客觀事實的不正確的影響。
1981年出版的後人整理的《彭德懷自述》一書中說，當年紅五軍決定殺袁、王，完全是因為聽了湘贛邊界特委負責人的彙報之故。說彙報者有時任特委秘書長的陳正人。後又說可能記不清楚了。以後有些再版和引述者就幹脆說是陳正人等人彙報的。這與事實不符，因為袁、王被殺之前，陳正人已於1930年1月調離湘贛邊界特委，轉任中共安福中心縣委書記一職了。
1982年4月，陳正人夫人彭儒專為此事給時任中共中央總書記的胡耀邦寫信，要求澄清事實。5月5日，胡耀邦批示說：“《自述》我也未看過。《彭德懷）是在隔離的情況下寫的，沒有人幫助，沒有參考材料，難免有不正確的地方。此次已印了，再版時應該請了解情況的同誌對重大問題做注釋。……”
1982年5月4日，彭德懷夫人浦安修給彭儒打電話說：“找你幾次都未找到，你家的電話號碼改了，今天才知道。楊尚昆同誌把你寫的材料轉給了我們。我們很抱歉！對不起！出版前也沒有征求你們的意見。前一段（指《往事回憶》）是1959年寫的，後一段（指《自述》）是文化大革命時寫的，我們也沒有整理。井岡山那段經曆，我們也不知道，那是在‘文革’中寫的，條件困難，手頭又無資料，記憶難免有誤，請原諒！還要請你們指點幫助。”沒想到，隨後浦安修病倒，之後就去世了，兩人再未麵談。可《彭德懷自述》一版再版，發行達數百萬冊，以訛傳訛者就更多了。
1996年，彭儒再次給中央領導寫信要求澄清此事。5月29日，中央辦公廳正式回函彭儒。信中說：“您給曾慶紅主任兼江總書記的信收悉。曾慶紅同誌召集有關同誌進行了認真研究，並著專人辦理。一、請中央檔案館的同誌查了三十年代的曆史檔案。從特委的報告看，錯殺袁、王，確與陳正人同誌無關。二、由中央檔案館同誌就錯殺袁、王事件寫一文章，在文章裏說明此事與陳正人同誌無關。三、《彭德懷自述》再版時，加一個注釋，予以更正。……”
1930年夏天，陳正人調往北路任行委書記，工作數月。10月初，紅軍一、三軍團攻克吉安城，江西省行委成立，陳正人任省行委宣傳部部長。此時中央蘇區已發展到擁有20個縣、250萬人口的紅色版圖，主力紅軍也達4萬人左右。10月23日，毛澤東率領紅一軍團來到羅坊，總前委在此召開了擴大會議。到會都是部隊軍以上幹部，作為江西省地方黨負責人的陳正人參加了會議，會上集中圍繞著打不打南昌、九江，如何粉碎敵人“圍剿”的問題，展開了激烈的爭論。陳正人堅決支持了毛澤東的不打大城市，誘敵深入的正確主張。會議經過激烈的爭論，終於通過了決議，接受了毛澤東的意見。羅坊會議不僅為三次反“圍剿”奠定了勝利的基礎，而且對中央紅軍的發展和革命根據地的鞏固與擴大，都起著十分重要的作用。
1931年1月，陳正人回總前委。時值贛西南特委成立，陳正人任宣傳部部長。後又因工作需要，調永吉泰特委任書記。第三次反“圍剿”勝利後，蘇區中央局決定成立中共江西省委，任弼時任書記，陳正人任組織部長。不久，任弼時調回中央工作，陳正人任代理省委書記。
同年冬，召開蘇區中共江西省第一次代表大會，正式成立中共江西省委，李富春任書記。在李富春未到任之前，組織部長陳正人仍代理省委書記的職務。
11月7日至20日，在瑞金召開了中華蘇維埃共和國第一次全國代表大會。大會選舉了項英、周以栗、朱德、陳正人、曾山、張鼎承、鄧廣仁七位同誌為主席團常務主席。後陳正人又當選為中華蘇維埃共和國中央工農民主政府執行委員。在興國召開的江西省蘇維埃第一次代表大會上，陳正人又被選為省蘇維埃副主席並兼任“省蘇”黨團書記。曾山在回憶過去這段曆史時說：“當時我是省蘇主席，陳正人同誌是黨團書記。在黨內，我們大家是在正人同誌領導下工作的。他思想敏銳，能力強，在他領導下，大家心情舒暢，勁頭十足，工作大有起色。”這當然是曾山過謙之辭，但也可見當時他們工作的協調、默契。
1932年夏，由於受王明路線的打擊，陳正人肺病加重，吐血不止，生命垂危，就完全處在養病之中了。人們都耽心他緩不過氣了，可他卻頑強地活了下來。
1932年5月，陳正人到福建汀州傅連璋同誌的福音醫院治療，同周以栗住在一所山邊的小屋裏。後來，受到王明路線打擊和排斥的毛澤東也來到這裏。那時，他們同遭“左”傾機會主義路線打擊。患難之中，革命友誼更加可貴、深厚。他們經常一起散步、談心、互相鼓勵，一起看書、學習、總結革命經驗教訓。1933年3月以後，陳正人隨醫院遷至瑞金、於都等地治病，又同毛澤東在一起。治病期間，他們仍然深入尋烏、安遠一帶農村，進行調查研究，寫出調查報告。
1933年初，“左”傾機會主義路線的代表開始批判福建省委的所謂“羅明路線”，其矛頭實際上是針對毛澤東的正確路線的。不久，又進而發展到江西批判鄧（小平）、毛（澤覃）、謝（維俊）、古（柏），說“他們是羅明路線在江西的創造者，同時，是反黨的派別和小組織的領袖。”中央組織局通知陳正人，說他亦屬“同夥”，勒令寫檢查，發聲明。陳正人拒絕寫任何一個字的檢查和聲明，堅定地支持了以毛澤東為代表的正確路線。
在“左”傾機會主義路線占上風的時候，當時的中央也認為中央蘇區的領導犯有機會主義的農民意識的錯誤。紅軍主力中的黨和江西蘇區黨內發生了嚴重爭論。這是關係到分裂紅軍、蘇區發展前途的重大關鍵問題。陳正人在江西黨的組織中是極力支持黨的正確路線的。另外在幾個重大問題上，陳正人也堅持了正確的意見，它就是反對建立集體農場，堅持平分土地，反對絕對集中地方武裝，反對隻要奪取城市，不要鞏固後方以及堅持婚姻自由，反對絕對自由的口號等。
早在井岡山鬥爭開始時候，湘贛邊界黨的統一領導問題是當時黨內重大爭議問題之一。由於敵人封鎖嚴密，鬥爭環境艱苦，邊界的黨組織與中央不容易聯係，與湘、贛兩省省委的聯係也很困難，同時中央又沒有明確規定，毛澤東領導的前委是否可以指揮地方黨。但是，陳正人從實際情況出發，為了創造革命根據地，建立羅霄山脈中段政權的迫切需要，首先讚成毛澤東的正確意見，堅持前委對湘贛邊界黨的統一領導，對井岡山鬥爭的發展起了重要作用。
正因為陳正人堅持了黨的正確路線，在蘇區受到了“左”傾機會主義路線代表的種種打擊、迫害。先是在井岡山鬥爭時期以“包辦特委”、“副書記專政”的罪名，留黨察看一個月（此事當時總前委毛澤東就表態說這處罰是不對的）。後又以“鄧、毛、謝、古”的“同夥”而受株連，更有甚者，當時團中央報紙還公開點名，造謠生事，對陳正人進行人身攻擊。直到中共中央六屆六中全會才給予重新審查並決定將此批判取消。中共中央書記處於1938年為此還專電告知正在新疆養病的陳正人。
從萬安暴動到井岡山鬥爭，到中央蘇區土地革命，陳正人一直堅定地站在黨的正確路線一邊，盡管受到打擊迫害，而且還身患重病，但他始終堅強不屈，矢誌不移，表現了一位共產黨員的革命堅定性和高度的黨性原則。
1934年10月，中央紅軍主力開始長征，正在病中的陳正人和周以栗要求隨軍遠征，由於當時“左”傾機會主義占統治地位，未獲批準，中央組織局表示：“你們沒有資格隨軍隊走，沒有什麼可以說的。”於是陳正人隻好留下。彭儒已隨軍長征，後因途中瘧疾發高燒，經董必武再三動員，並派擔架把她送回蘇區，找到中央分局的陳潭秋等，和陳正人會合在一起。紅軍主力開拔後，蘇區中央分局由項英、陳毅負責，陳毅十分關心陳正人，勸他按中央分局意見轉移到白區治病，並介紹自己的兄弟和好友，要陳正人有困難時可找他們幫助。陳毅還說：“魯迅和宋慶齡是同情我們黨的，與黨有聯係。如果你們到上海能找到他們，就有可能找到黨的關係。”