第二天三月初二中午，福臨親自訊問了陳名夏，陳名夏極力為自己辯白。福臨又遍召群臣，突臨內院，讓侍臣當眾宣讀寧完我的劾奏，陳名夏不等侍臣讀完，就逐條反駁寧完我的指責，福臨大怒道：“即使要辯解，為何不等宣讀完畢？”於是命九卿彙集左闕門，環坐會審，陳名夏跪著與寧完我對質，並扣押了陳名夏的二個班役、二個仆人作證。當日審完，陳名夏被拘禁在宮內。
三月初三，張天植和王崇簡因涉案被逮捕。初四，他們與陳名夏一起被帶到午門，福臨親自聽訊。一開始，審問並沒有按照福臨期望的方向進行，諸臣對陳名夏並沒有太嚴厲的斥責，刑科右給事中劉餘謨、禦史陳秉彝甚至還替陳名夏說好話，福臨於是把劉餘謨召到跟前去，責備他，但劉餘謨卻不服氣，仍然申辯不休，福臨一氣之下，當場革了他的職。當日審訊的結果，釋放了張天植，其他幾名牽涉的官員也都被證明無罪。陳名夏則被轉押到吏部。初五，滿漢科道官因未能早日彈劾陳名夏種種不法而分別遭到降職和罰銀的處分。十日和十一日，吏部等衙門與議政王大臣等先後兩次在內殿審訊陳名夏，都認為寧完我劾奏陳名夏諸款屬實，應該論斬。十二日，福臨令改斬為絞。當天，陳名夏被從吏部帶走的時候，還以為是要正式關押自己，讓使者拿鐵索來，使者說不用，於是陳名夏明白自己凶多吉少了，向其門客柳生說：“我色竟不動也。”路過宣武門的天主堂，看見湯若望的仆役，他大聲問：“你的主人在嗎？”仆役說：“主人出去了。”陳名夏說：“我走了。以後恐怕再不能相見了，我含笑任之。”陳名夏最後死在宣武門內靈官廟，臨死再沒有說一句話。
從陳名夏案發作到結束的十餘天內事情的進展看，福臨很早就動了殺心，傾向十分鮮明，態度也很堅決。除了“留頭發複衣冠”的話，陳名夏對寧完我指責他的其他所有罪行概不承認，但在福臨看來這恰又一次證明了他是個“輾轉矯詐之小人”。福臨對陳名夏的為人十分清楚，認定即使寧完我所劾並非完全事實，陳名夏也必犯有類似罪行。問題隻在福臨想不想認真和他清算。前幾次張煊案、任珍案等等，證據確鑿，陳名夏本人也認了罪，福臨卻都放過了他，這次卻在短短十餘天之內在陳名夏並未認罪的情況下就將其處死，看起來有些奇怪，實際隻不過福臨下了決心要和他清算舊賬而已。寧完我等力證陳名夏有罪的“舊人”、“北人”在這個事件中不過是充當了些棋子。
寧完我在努爾哈赤時被擄為奴，後受皇太極賞識，召入文館。他在天聰年間非常活躍，曾率先提出“參漢酌金”，輔佐皇太極仿照明製，推行漢化，又作戰勇敢，屢立戰功，授二等甲喇章京，被譽為當時“漢官第一”。但是他直率敢言，得罪了許多權貴，又喜縱酒賭博，漸被皇太極所不喜。天聰十年二月，寧完我又與人賭博，受彈劾後，被重新貶為奴隸，從此一廢十年，在整個崇德時期銷聲匿跡。順治二年，多爾袞重新啟用寧完我，但寧完我吸取了以前的教訓，“忍性緘口”，又因深知多爾袞野心勃勃，極力與其疏遠，使自己遠離政治旋渦，所以在順治朝的十年間，直到福臨親政以後，也是默默無聞，沒有什麼建樹。
就是這個沉默了二十年的寧完我，卻在順治十一年三月掀起了轟動一時的南黨案，並且一劾即準，很快將陳名夏置之死地，寧完我也因此受到福臨至高的褒獎。但是從此，他又“忍性緘口”，直到康熙四年去世，再無作為。他這後三十年裏唯一的一次大動作，究竟是否真的如他自己所說“不憚舍殘軀以報聖主”，還是象有研究者猜測的是出於清廷的授意，又或者是看清了當時朝內的權力之爭，自覺主動地充當了福臨的先鋒呢？再仔細看看從寧完我上疏，到陳名夏問絞，很象君臣之間配合默契的一場戲。
不過，福臨畢竟賞識陳名夏的學問，當年冬天在南海子又向“北黨”馮銓誇讚起陳名夏，說：“陳名夏多讀書，問古今事了了。即所未見書能舉其名。”馮銓回答說：“陳名夏於舉業似所長。餘亦易見。”福臨沉默了一會兒，說：“陳名夏終好。”