第二，乾初不完全否認人死之後靈魂的存在。他在《複朱康流書》中說：“若夫父子祖孫，一氣之相感，理不可誣者，亦有二端，而葬地不與焉。一則祖宗積德深厚，慶流苗裔，近者數世，遠者至數十世尚蒙遺蔭，所謂‘子孫保之’是也。一則子孫之仁孝，事死如生，其大者郊事宗事，配帝配天，其下者亦祭廟祭寢，盡誠盡敬，則幽明相感，其祖考亦必來格而佑之，所謂‘祭則受福’是也。二者，古之君子嚐言之，而於葬地何有焉！蓋人之死也，魂升而魄降，其降者終化為黃土，而升者則無所不之。故為之舍重、舍主，以求其神於廟寢者則有之，不聞其於塊也。”乾初此說與其“形魄既痿，即同溝斷”之說並無矛盾。因為“形魄”與“魂靈”並非一事。《禮記·郊特牲》說：“魂氣歸於天，形魄歸於地。”雖然乾初認為死後形魄終化為黃土，但不否認升騰之魂靈“無所不之”、可以感格。由此可見，不可據乾初論葬言論遽定其為“唯物主義思想家”。
乾初雖然對宋儒“人生而靜以上不容說”、“性通於無極”、氣質之性、義理之性等說法作過嚴厲批評，但他並不否認良知、良心。而且他所說的良知、良心與孟子之良知一樣，也是先驗性的。乾初反對前儒之性論，大致屬黃梨洲在乾初墓銘中所說“主張太過，不善會諸儒之意者亦有之”之列。今日衡定乾初思想，不必因其誤解而誤解之（參下文）。
總之，乾初思想不屬“實學”、“考據”或“唯物”，沒有脫離宋明儒學之大傳統。
二乾初思想可歸心學一係
拜師後，乾初走向了“聖學”，但其具體學問路徑短時間內尚未定型，這從其記其癸未拜師之行的《秋遊記》中漫然調和於程朱陸王之間的態度中可以明顯看出。後來乾初逐漸折向了心學。順治十六年，五十六歲的乾初作《輯祝子遺書序》，在文中談到了他的這一思想轉變：
開美邃於理學，而確素不悅理家言，故不甚悉其是非。崇禎癸未八月，與開美同舟入剡。開美自言“吾學本象山、陽明”，而謂程朱之說非是。確時不甚為然。開美則頻舉先生（引按：指蕺山）之言為證，確亦不甚為然。蓋以習聞良知之學之近禪，而程朱之言久為儒者所宗，必有取爾也。
既從蕺山先生遊，開美亦時理前說，確猶未深省。又後十許年，而確有《大學》之辨，於是益參以諸子之說（引按：指程朱之言），乃徐覺其舛謬。雖陽明子之所謂致良知，合之《大學》殊落落難合，然以之詮《大學》則不可，以之救俗學則無不可。非惟無不可而已，其知行合一之論，雖謂與孟子道性善同功可也。良知非他，即吾所謂本心是也；致良知非他，即吾所謂兢兢無負其本心是也。此吾開美之學之所為本之陽明、象山也者，而非如世儒之所謂致良知者也。（《陳確集》上冊，頁239。）
按：祝開美在蕺山門下最稱好學，其學屬心學一係。乾初與開美道交最深，兩人之學也非常相近。此段文字純係乾初自敘，述其入蕺山之門後，短時間內猶未能“深省”程朱之說之不當，至作《大學辨》時，廣參諸儒之說，才逐漸覺察程朱之說之“舛謬”以及陸王之學“以之救俗學則無不可”。末一句意味深長，有弦外之音：以前我疑陸王是禪，那是為世儒所惑、以王學末流之弊為陽明本色所致，現在翻然醒悟了。“吾開美”之學本之陽明象山，我乾初何嚐不是如此！
《輯祝子遺書序》是一篇乾初集中剖白、昌言其思想傾向的文獻，對了解乾初思想至關重要。他在文中極力主張，為學當以本心為首出：
學失教養，無人不昧其本心，無事不喪其本心，而猶覆之以義理之言，玄之以性命之旨，若可跨孔、孟而上之。言以近佛者為精，書以非聖者為經，晦蒙蔽塞，積五六百年。人安得不禽，而中國安得不夷狄乎！於此時而猶然與學者說本體，說作用，說未發已發，動靜顯微，轉增幻惑。惟有亟提起本心之良，使之自證自合，庶其將有真學術、真人品出於其間。不寧惟是，儒者果有意窮理盡性之學，而將究所謂博學、審問、慎思、明辨、篤行之功也者，舍吾本心之良，又複何所致其力哉！舍之，則博是徒博，學是偽學，而凡所謂問、思、辨、行者，亦無之而非偽也。