但盡管如此，在最後投票的時候，還是隻通了成立工業司、對外貿易交流司這兩個部門，而礦產冶金司、紡織司則被否決掉。
當然如果商毅一定要硬行，也可以利用自己的威信影響，強行通過成立這兩個部門，但從維護投票製度的角度出發，也就順應眾人的意見，收回了自己的方案，並且立刻拿出一個備選方案，即變冶金司、紡織司為冶金所、紡織所，冶金所將歸屬在工業部下，而紡織所則歸屬在商業司下。
這一點到是得到眾人的同意，因為眾人也都清楚，從現在的發展情況來看，冶金業和紡織業也確實需要有專門的組織來進行管理，這一點在過去的明朝也是一樣。因此也得到了通過。
當然這些事情，並不是在一天通過，而是經過了三天的時間，進行了無數的討論、爭辯，說明解釋，總算是對商毅集團下一步的發展，以及行政組織結構都製定了一個明確的目標。
而在會議的最後，商毅也正式宣布，在以後的主要行政決策時候，都用這種無記名投票的方式來解決，做為一種正式的決策製度保留下來。
同時商毅也製定出無記名投票的暫行製度：
一、投票方式為無記名投票，內容包括“同意”“反對”“棄權”三種，任何決意都必須超過半數的有效“同意”票，才能夠獲得通過。而某些重大決策，則需要超過七成有效“同意”票，才能夠獲得通過。
二、參與投票的人由目前成立的十一個部門主事，再加上屬於行政司的周士奇、王夫之、李岩、以及商毅或葉瑤瑱，一共是固定十五人，另外在某些重大決策方麵，還有可能邀請一到兩名相關人員參與。而商毅或葉瑤瑱則允許投出兩張票。這是他們唯一的特權。
三、進行投票的提案，可以由投票人提出，也可以由非投票人提出，首先可以進行討論，由提案人說明提案理由，並回答其他投票人的相關詢問，直到無人提問時，才進行投票決策。
四、在目前階段投票僅限於行政事務，**部的決策將由**部來製定，不在投票決定的範圍以內，行政部必須無條件服從。
五、某一決策，連續經過三個方案都無法通過的時候，商毅或葉瑤瑱有權力直接決定選擇其中方案之一或是新方案，無需再進行投票。
在以前的時候，雖然毎一次開會決議時，商毅都會盡力征求每一個人的意見，但最終的決定權，仍然在商毅一個人的手上，從理論上說，就算是所有的人都反對，但隻要是商毅堅決要求執行，還是能夠最終通過。隻不過商毅基本沒有做得這麼極端。
而現在隨著自己的勢力擴大，國家體係己經漸成雛形，商毅也要開始考慮未來的國家製度。因此從這時開始，首先引入投票決策製度，實際少數服從多數，以群策群力代替獨策的原則，是建立自己的國家製度的第一步。
當然在目前的情況下，不可能完全以群策代替獨策，由其是在戰爭的時候，個人獨策要比群策更有效率，也更有用，就是這個道理，總不能說仗怎麼打，由大家來投票決定，因此商毅在製定投票決策的暫行製度中，也給自己和**部，留出了很大的一塊特權出來。
不過眾官員對這五點暫行方案都沒有任何疑義，都認為這種無記名投票決策的方法很不錯，一來是可以減少了許多扯皮拉筋的事情，另外也說明商毅的開明態度和胸襟，並不是一個喜歡獨攬大權，任何事情都獨斷專行的人。畢竟沒有人希望自己事奉這樣一名君主。
而且對商毅擁有兩票的特權，以及後兩條權利，眾人也沒有任何反對的態度，一來是現在確實還是戰亂時期，一切都是優先考慮戰爭，而在這方麵，十個庸將加在一起，也敵不一個名將，行政部的官員也顯然沒有專業的武將在行。二來這個時代的中國人還沒有什麼**概念，皇帝說了算是天經地義的事，官員隻有建議、勸告的義務，誰也不能當皇帝的家，能夠分到有一點決策權力就己經很滿足了。
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